主成分分析（PCA）是一種無監(jiān)督降維方法，能夠有效對(duì)高維數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。但PCA對(duì)相關(guān)性較小的變量不敏感，而PLS-DA（偏最小二乘判別分析）能夠有效解決這個(gè)問題。而OPLS-...
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R實(shí)戰(zhàn) | OPLS-DA（正交偏最小二乘判別分析)篩選差異變量(VIP)及其可視化 -
2022-07-05安裝R包報(bào)錯(cuò) 解決 Rtools42 for Windows (rstudio.com)[https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtool...
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R在數(shù)據(jù)框中按照要求提取指定行
我們這里的用到的是R自帶的數(shù)據(jù)集iris 1 指定值 2 grep gerp函數(shù)的使用如下：grep(pattern, x, ignore.case = FALSE, per...
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DAY6-yaoshan設(shè)置鏡像 為了加快R包的下載速度，一般都會(huì)設(shè)置幾個(gè)國(guó)內(nèi)鏡像。 程序中設(shè)置鏡像image.png 自定義下載鏡像 缺點(diǎn)：每次打開R都要運(yùn)行一遍鏡像設(shè)置 利用R配置文件.Rpro...
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day5-yaoshan學(xué)習(xí)筆記：學(xué)習(xí)R語言教程 (pku.edu.cn)[https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rb...
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DAY4-YAOSHANR 顯示文件列表 di() 賦值 按alt加上減號(hào) <- 刪除變量 使用rmrm(list = ls())清空所有變量 列出歷史命令 點(diǎn)擊History會(huì)列出使用過的命令，...
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Day3--yaoshanminiconda鏡像 查看服務(wù)器多少位 創(chuàng)建biosoft文件夾 mkdir biosoft 下載 使用 wget 下載 開始安裝 按enter繼續(xù) 同意協(xié)議輸入yes回車...
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DAY2——yaoshan常用Linux命令 ped 當(dāng)前工作路徑 mkdir創(chuàng)建空目錄 mkdir biosoft ls顯示列表顯示列表 rm刪除文件image.png直接用rm刪除空文件夾會(huì)報(bào)錯(cuò)，...
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免疫學(xué)筆記——day1免疫系統(tǒng) 先天免疫（固有免疫） 利用非特異性細(xì)胞和分子來試圖消滅入侵的病原體。參與先天免疫細(xì)胞，除了上皮細(xì)胞等天然的皮膚粘膜屏障外，還有DC細(xì)胞，吞噬細(xì)胞（巨噬細(xì)胞Macro...
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Day1_yaoshanmarkdown的基本格式操作 -左側(cè)為編輯區(qū)域-右側(cè)為預(yù)覽區(qū)域 標(biāo)題 在文本前面加上#即可，幾級(jí)標(biāo)題加幾個(gè)#，總共六級(jí)。文本和#之間要有一個(gè)字符的空格。 列表 列表分為 有...
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在火山圖上標(biāo)記基因要玩圖，離不開哈德雷大神的《R數(shù)據(jù)科學(xué)》，第1章和21章是專門講圖的，我寫過對(duì)應(yīng)的筆記：http://www.itdecent.cn/p/4a154f6f0de7https...
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遺傳學(xué) 博士
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使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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