在實踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...
發(fā)簡信
IP屬地：江西
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ChIP-seq實踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析) -
基因表達趨勢分析-2：Mfuzz基因表達趨勢分析-1：TCseq[http://www.itdecent.cn/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識別表達譜的潛在時間序列模式，并將相似模式的基...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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limma 差異分析透徹講解基因表達差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對這個過程進行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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featureCounts統(tǒng)計counts后的cpm和tpm計算
該腳本適用于featureCounts數(shù)counts后的cpm和tpm計算 setwd("~/Desktop")#設(shè)置工作目錄 countdata<-read.table("...
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200904 Circ之旅4.1-Circexplorer2
Circexplorer2 參考文檔： CIRCexplorer2手冊 tophat的安裝與使用 這個主要記錄一下使用Circexplorer2的流程 目前已經(jīng)通過之前的步驟...
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會了GEO數(shù)據(jù)下載，來看看怎么上傳吧劉小澤寫于2020.8.12 1 注冊NCBI GEO賬號 先注冊NCBI賬號，在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 然后注冊GEO賬號，在：htt...
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ATAC-seq數(shù)據(jù)分析
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收集一些生物信息學的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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Coexpression network Differential coexpressio network Protein interaction network functional interaction network transcriptional regulatoty network ceRNA network
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ATAC-Seq 數(shù)據(jù)分析（上）背景： 染色質(zhì)和染色體的結(jié)構(gòu)和功能 每一條染色單體由單個線性DNA分子組成。細胞核中的DNA是經(jīng)過高度有序的包裝，否則就是一團亂麻，不利于DNA復(fù)制和表達調(diào)控。這種有序的狀態(tài)...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學習目標 學習用DiffBind流程評估兩個樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評估樣本間的關(guān)系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異peaks富集的工具 ATAC-...
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