在實踐之前,我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點:(參考文章:http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c) 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型(異...
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基因表達趨勢分析-1:TCseq[http://www.itdecent.cn/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識別表達譜的潛在時間序列模式,并將相似模式的基...
基因表達差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步,edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù),將對這個過程進行梳理,讓你明白limma包的why,what,h...
該腳本適用于featureCounts數(shù)counts后的cpm和tpm計算 setwd("~/Desktop")#設(shè)置工作目錄 countdata<-read.table("...
Circexplorer2 參考文檔: CIRCexplorer2手冊 tophat的安裝與使用 這個主要記錄一下使用Circexplorer2的流程 目前已經(jīng)通過之前的步驟...
劉小澤寫于2020.8.12 1 注冊NCBI GEO賬號 先注冊NCBI賬號,在:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 然后注冊GEO賬號,在:htt...
背景: 染色質(zhì)和染色體的結(jié)構(gòu)和功能 每一條染色單體由單個線性DNA分子組成。細胞核中的DNA是經(jīng)過高度有序的包裝,否則就是一團亂麻,不利于DNA復(fù)制和表達調(diào)控。這種有序的狀態(tài)...
學習目標 學習用DiffBind流程評估兩個樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評估樣本間的關(guān)系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異peaks富集的工具 ATAC-...