參考網(wǎng)站R獲取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集使用R進(jìn)行Gene Ontology(GO)富集分析過(guò)程中如何導(dǎo)出某一特定GO詞條下所有的...
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下載GO/KEGG某一pathway的genelist -
single cell marker 基因數(shù)據(jù)庫(kù)在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中一個(gè)重要的方面就是定義聚類得來(lái)的cluster，一個(gè)思考的方向就是根據(jù)marker基因來(lái)定義cluster的細(xì)胞類型（cell type）。怎樣才能建立c...
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R語(yǔ)言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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統(tǒng)計(jì)-R(相關(guān)系數(shù))與R^2(決定系數(shù))傻傻分不清讀文獻(xiàn)時(shí)，有時(shí)求相關(guān)系數(shù)，有時(shí)求擬合優(yōu)度，到底都是什么呢？ 先給結(jié)論，R與R^2沒(méi)有關(guān)系，就如同標(biāo)準(zhǔn)差與標(biāo)準(zhǔn)誤差沒(méi)有關(guān)系一樣。 1. 相關(guān)系數(shù)（R） 定義：變量之間線性相關(guān)的...
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轉(zhuǎn)錄組時(shí)間序列數(shù)據(jù)處理針對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，平時(shí)分析中最常見(jiàn)兩組之間的比較，比如不同處理或者不同突變體。面對(duì)這樣的數(shù)據(jù)用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果樣本量或者不同條件很多的話可...
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流式細(xì)胞儀分析技術(shù)及應(yīng)用在2019年的三月份我正式開(kāi)始做單細(xì)胞相關(guān)研究工作，有趣的同時(shí)也是朋友我們經(jīng)常誤會(huì)的是：你是不是用流式細(xì)胞術(shù)？而我在得知自己要做這單細(xì)胞（single cell ）的研究時(shí)，...
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Seurat Weekly NO.3|| 直接用Seurat畫fig2Seurat Weekly NO.0 || 開(kāi)刊詞[http://www.itdecent.cn/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
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DoHeatmap畫熱圖時(shí)應(yīng)該注意的點(diǎn)日常瞎掰 ??通過(guò)標(biāo)題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了。DoHeatmap這個(gè)函數(shù)來(lái)自于Seurat包，處理過(guò)單細(xì)胞的人應(yīng)該都知道這個(gè)函數(shù)就是用來(lái)畫每個(gè)cluster的m...
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R語(yǔ)言可視化（四十）：網(wǎng)絡(luò)圖繪制40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
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細(xì)胞通訊實(shí)戰(zhàn)演練參考鏈接：CellPhoneDB官方文檔[https://www.cellphonedb.org/explore-sc-rna-seq]單細(xì)胞數(shù)據(jù)高級(jí)分析——解碼細(xì)胞通信網(wǎng)絡(luò)...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋請(qǐng)一定看這里：寫下來(lái)只是為了記錄一些自己的實(shí)踐，當(dāng)然如果能對(duì)你有所幫助那就更好了，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
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君子之心事，天青日白；不可使人不知；君子之才華，玉韞珠藏，不可使人易知。
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表觀遺傳學(xué)-組蛋白修飾一、染色體簡(jiǎn)介 DNA Packing 1、如何將10,000公里長(zhǎng)的蠶絲(半徑~10e-5米)裝入一個(gè)籃球中。2、蠶絲的體積：3.14*10e-3 m33、折疊、纏繞......
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表觀遺傳如何“表觀”？眾所周知，細(xì)胞通過(guò)各種來(lái)源的新陳代謝對(duì)染色質(zhì)進(jìn)行調(diào)控是表觀修飾的一種重要方式，這展示了環(huán)境與細(xì)胞穩(wěn)態(tài)維持之間的關(guān)系。細(xì)胞通過(guò)動(dòng)態(tài)地修改DNA和組蛋白上特定核苷酸或氨基酸殘基，...
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Seurat Weekly NO.17 || 一個(gè)R包的CNS之路seurat發(fā)展歷史，cns之路 在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，特別是對(duì)初學(xué)者來(lái)說(shuō)，Seurat是一個(gè)教科書級(jí)別的工具。至于這個(gè)用來(lái)分析單細(xì)胞多組學(xué)的工具為什么叫這個(gè)名字，我想，與它問(wèn)...
