獲取Seurat氣泡圖的繪圖數(shù)據(jù) 創(chuàng)建x軸分類標(biāo)簽注釋 將注釋添加到data.usage方便繪圖調(diào)用 根據(jù)需求重排y軸繪圖標(biāo)簽順序 重繪氣泡圖并基于facet分面方法為x軸添...
IP屬地：廣東
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Seurat::DotPlot繪圖美化-facet方法添加X軸注釋標(biāo)簽 -
你好，我用docker裝了monocle3后，怎樣才能調(diào)用?。渴遣皇且幌履膫€路徑到哪個環(huán)境？
用docker安裝monolec3環(huán)境及入門
先現(xiàn)在鏡像 然后按照教程熟悉 Seurat to monocle3 https://satijalab.org/signac/articles/monocle.html[ht...
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@Kiwi945 暫時沒有~
Linux系統(tǒng)創(chuàng)建新的R環(huán)境及報錯
因為有的R包需要R4才能安裝使用，原本是想直接升級R版本的，但是又害怕環(huán)境什么的裝不對，牽一發(fā)而動全身，導(dǎo)致服務(wù)器的R用不了，大家干不了活，那我就罪大惡極了，所以曲線救國，在...
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單細(xì)胞軌跡推斷分析（擬時間分析）dyno使用教程作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個R包實現(xiàn)59種單細(xì)胞軌跡推斷分析)來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 在上一期的《單細(xì)胞軌跡分析...
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用你想用的版本的R覆蓋/usr/local/bin下面的R行不行（估計沒有管理員賬戶覆蓋不了，我還沒試過）？目前我的經(jīng)驗來看，都得需要管理員權(quán)限，否則自己的賬戶（普通用戶）只能在服務(wù)器linux自己的界面玩，用不了Rstudio
Linux系統(tǒng)創(chuàng)建新的R環(huán)境及報錯
因為有的R包需要R4才能安裝使用，原本是想直接升級R版本的，但是又害怕環(huán)境什么的裝不對，牽一發(fā)而動全身，導(dǎo)致服務(wù)器的R用不了，大家干不了活，那我就罪大惡極了，所以曲線救國，在...
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Linux系統(tǒng)創(chuàng)建新的R環(huán)境及報錯因為有的R包需要R4才能安裝使用，原本是想直接升級R版本的，但是又害怕環(huán)境什么的裝不對，牽一發(fā)而動全身，導(dǎo)致服務(wù)器的R用不了，大家干不了活，那我就罪大惡極了，所以曲線救國，在...
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這個世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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ggplot2畫tSNE（UMAP）的聚類點圖（帶圈帶陰影）今天我們學(xué)習(xí)一點簡單的，實現(xiàn)下面這張圖 繪圖： 1. 首先加載數(shù)據(jù)，然后用查看一下數(shù)據(jù)長什么樣子 2. 開始畫圖： 首先，可以看出這張圖是張點圖，而x軸、y軸和點的顏色分...
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R語言大小寫字母轉(zhuǎn)換
人類基因一般是全部字母大寫，而小鼠基因一般是首字母大寫。如果找一某種細(xì)胞的標(biāo)志基因，文獻(xiàn)沒有找到人的只找到小鼠的，那可以借來參考看看（類似情況），手動轉(zhuǎn)換就比較麻煩。我們可以...
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Linux系統(tǒng)下，將用戶的R包共享首先在RStudio下查看自己R包安裝的位置： 然后在Linux系統(tǒng)下查找.Renviron文件，這是個隱藏文件（前面帶.），所以ls和ll命令都不行，要用ls -al。 然...
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單細(xì)胞測序細(xì)胞類型鑒定——肥大細(xì)胞肥大細(xì)胞特性 肥大細(xì)胞（mast cell），發(fā)育源于骨髓CD34+前體細(xì)胞，廣泛分布于皮膚及內(nèi)臟粘膜下的微血管周圍，組織中肥大細(xì)胞不多，是連接神經(jīng)系統(tǒng)和免疫系統(tǒng)的橋梁。 形...
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詳細(xì)介紹新版SingleR進(jìn)行單細(xì)胞自動化鑒定
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 隨著10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及，現(xiàn)在的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析越來越普及，得到的單細(xì)胞數(shù)據(jù)越來越多。然而單細(xì)胞轉(zhuǎn)...
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記錄一個單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理遇到的問題昨天下午處理單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時，在我質(zhì)控完，標(biāo)準(zhǔn)化之后尋找高可變基因時，遇到這樣一個問題： 得到的圖是這樣的： 我很疑惑，我的黑色的那些不高變異的基因去哪了。我知道一個點可能...
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是針對小鼠，現(xiàn)改為人類當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝?，很多時候...
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Rmarkdown 設(shè)置工作目錄
Rmarkdown 怎么設(shè)置工作路勁 Rmarkdown里面setwd()沒用，個人感覺Rmarkdown里的路徑亂七八糟的，不知道自己的文件輸出到哪里去了，所以在使用Rma...
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單細(xì)胞測序細(xì)胞類型鑒定
細(xì)胞類型鑒定 細(xì)胞類型鑒定分兩種思路一種是基于Marker gene， 看某個亞群的差異基因（one to others）與數(shù)據(jù)庫中哪種細(xì)胞類型的 marker gene 比...
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君子之心事，天青日白；不可使人不知；君子之才華，玉韞珠藏，不可使人易知。
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sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)批次效應(yīng) 批次效應(yīng)是測量結(jié)果中的一部分，它們因為實驗條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式，并且與我們研究的變量沒有關(guān)系。不同平臺的數(shù)據(jù)，同一平臺的不同時期的數(shù)據(jù)，同一個樣品不同試劑...
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優(yōu)雅地做一名極客
