寫了個簡單的程序用于空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的和整合，包含的合并方法有以下幾種：1.CCA（基于Seurat）2.Harmony3.FastMNN（基于batchelor）4.scVI...
發(fā)簡信
IP屬地：新澤西州
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一行代碼合并多個空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
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EX-ST 膨脹的空間轉(zhuǎn)錄組最近Nature Method 發(fā)表了一篇很有意思的文章，講述了一個基于Visium改進(jìn)型的空間轉(zhuǎn)錄組，文章借用了Mechanical expansion microscop...
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空間轉(zhuǎn)錄組---特斯拉 TESLAforST
這里的特斯拉不是電動車，是一個最近（May 17，2023）發(fā)表在Cell Systems 上的一個用于空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的工具。TESLA (Tumor Edge Stru...
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特征選取直接決定模型表現(xiàn)，所以特征選取過程是不是有點(diǎn)模糊和主觀呢？都用機(jī)器學(xué)習(xí)了，不應(yīng)該堅持到底嗎？
環(huán)境與健康系列(四)——利用隨機(jī)森林算法和公開歷史數(shù)據(jù)解析日照市2013-2019年空氣污染特征
本文共計約七千字，讀完大概需要20分鐘。 謹(jǐn)以此文獻(xiàn)給我的26歲生日和這片土地。 一、背景介紹 山東省既是總GDP名列中國第三的經(jīng)濟(jì)大省、人口過億的人口大省，也是能源消耗...
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CellDancer細(xì)胞不會跳舞我不知道，但似乎nature biotech的文章代碼會有毒。。。 CellDancer是最新發(fā)表在nature biotechnology上的一個類似scVel...
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不好意思，好久沒登錄了，剛看見你的信息。spliced和unspiced 時需要將RNA-seq原始數(shù)據(jù)進(jìn)一步處理得到的，你可以用Starsolo ，也可以使用 velocyto 處理得到。具體請查閱相關(guān)教程。至于anndata里保存哪個數(shù)據(jù)，如果手動轉(zhuǎn)換，你是可以指定的，我不確定使用sceasy轉(zhuǎn)換時什么情況，應(yīng)該是都轉(zhuǎn)過去了，分成了不同的layer，你可以自己試試看。
CellRank
---我不生產(chǎn)代碼，我只是個代碼的搬運(yùn)工。 今天來盤盤這個新工具，這個工具的一大優(yōu)點(diǎn)就是在有或者沒有splicing數(shù)據(jù)的時候，都可以用，效果如何， 還在用自己的數(shù)據(jù)評測中。...
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科技已經(jīng)被智子鎖死nature 于2023 年年初發(fā)表了一篇文章，該文章評估了一下過去50年來科研文章的創(chuàng)新性。文章使用了一個叫做CD index 的打分系統(tǒng)：The CD index ran...
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智能繃帶Nature Biotechnology 發(fā)了一篇無線智能繃帶的文章，很有意思。萬物既可以智能化啊。其設(shè)計是在電路板上加入了若干感應(yīng)器，將其貼于創(chuàng)傷表面，檢測溫度來推斷可能的...
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為什么CytoTRACE會失效？CytoTRACE是 2020 年發(fā)表在Science 上的一個trajectory 推斷工具，其原理是基于一個經(jīng)驗(yàn)性的觀察，即基因表達(dá)數(shù)目和發(fā)育階段的相關(guān)性，differe...
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無知者無畏
最近在做一個SCENIC 下游的分析，看到了一個叫CSI（Connection specificity index）的東西，大概的原理就是利用AUC的分?jǐn)?shù)通過pearson相...
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CellRank
---我不生產(chǎn)代碼，我只是個代碼的搬運(yùn)工。 今天來盤盤這個新工具，這個工具的一大優(yōu)點(diǎn)就是在有或者沒有splicing數(shù)據(jù)的時候，都可以用，效果如何， 還在用自己的數(shù)據(jù)評測中。...
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Seurat 修改cluster的標(biāo)簽
修改cluster的標(biāo)簽前，先要確認(rèn)當(dāng)下的默認(rèn)ident是哪個:假設(shè)有個seurat object 叫做scRNA： 如果該默認(rèn)ident需不是想要進(jìn)行操作的，需要更改為想進(jìn)...
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DoubletFinder的可重復(fù)性問題
作為一個多細(xì)胞去除工具，DoubletFinder似乎很流行，另外有文章指出，這個工具相對于其他同類競品工具具有優(yōu)勢，詳見此文： https://www.sciencedir...
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985博士<br>頭條號：編程研究坊<br>每天專注分享人工智能技術(shù)<br>歡迎大家關(guān)注
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AddModuleScore 和AUCell 的本質(zhì)區(qū)別就是算法不同，不明白你為什么說“AddModuleScore函數(shù)僅僅是對選定的基因進(jìn)行評分，其意義有限”，你把AddModuleScore 用的基因集換成AUCell 用的Hallmark，不一樣嗎？求解
跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十一):單細(xì)胞基因評分|AUCell評分
更多精彩請至我的公眾號《KS科研分享與服務(wù)》 第一次接觸基因評分是在一篇文章中，也不知道這樣的叫法對不對，作者選定了幾個炎癥基因，利用seurat包的一個打分函數(shù)AddMod...
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也談火山圖逐漸感覺到，一些人正在將生信分析帶偏，他們著重強(qiáng)調(diào)圖片的觀賞性，而忽視了生信分心的本質(zhì)不是為了文章湊圖片，而是能利用大數(shù)據(jù)分析觀測到wet lab實(shí)驗(yàn)不能觀測的新視角，提供新...
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不知道這些包的作者到底在想什么
就是想吐槽一下，實(shí)在不明白以下這些包的作者想的是啥， 難道就是為了發(fā)個文章了事嗎？ 1.scDeepSort Nucleic Acids Research, Volume 4...
