Neighbor Joining是一種bottom-up的聚類方法，常被用于系統(tǒng)發(fā)育樹(phylogenetic tree)的構(gòu)建當(dāng)中。 Naruya Saitou[http...
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算法 | Neighbor Joining法建樹淺析 -
bioinfo100-第18題 高通量比對的質(zhì)量MAPQHello 大家好！ 我們又見面了！ 今天我們接著昨天的內(nèi)容，為大家介紹一下比對的質(zhì)量MAPQ。 在我們BBQ100的第1問中，我們就問了大家一個問題FASTQ格式中的第4行...
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scihub上搜一下應(yīng)該有，或者google搜一下。這篇文獻(xiàn)不難找，文獻(xiàn)名就文中第一個圖片
核酸熱力學(xué)介紹（DNA）
宏基因檢測病原已有多篇專家共識陸續(xù)發(fā)表，管理規(guī)定相對成熟。除了宏基因技術(shù)，多重PCR擴(kuò)增結(jié)合高通量測序因具有高性價(jià)比、分析速度快、靈敏度等優(yōu)勢在病原進(jìn)行檢測中具有重要地位。 ...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)01：DNA重復(fù)區(qū)域和二代測序粗讀了文章中的幾張圖片，整理筆記如下。 DNA重復(fù) 人類基因組包含大量DNA重復(fù)區(qū)域： 這些重復(fù)區(qū)域在染色體上分布情況如下： 重復(fù)區(qū)域的比對 雖然一個基因可能有多拷貝，當(dāng)拷貝...
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R讀取json
rjson讀取json文件的教程自行搜索。 以下為使用記錄： 如果僅僅加載rjson，讀取json文件報(bào)錯： 同時加載jsonlite順利讀取json文件：
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NGS的變異檢測高效工具Sentieon使用體驗(yàn)
安裝 以目前的20180806為例，下載并解壓縮 之后需要將軟件的安裝位置加入到環(huán)境變量PATH中。 此外需要申請一個許可證文件，并且輸出一個環(huán)境變量SENTIEON_LIC...
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GATK：HaplotypeCaller變異檢測本文是閱讀一個做算法的文章，有些收獲和想法，作為一種記錄我們在使用gatk call snp的時候，常常使用HaplotypeCaller這個參數(shù)，這個參數(shù)的目的是檢測出用來...
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conda遷移環(huán)境
conda-pack遷移免去安裝軟件的苦惱！具體教程可參考Conda 環(huán)境遷移 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/8...
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失業(yè)后如何快速找到下一份工作
針對剛畢業(yè)的小伙伴，好不容易憑著應(yīng)屆生身份找到一份心儀不錯的工作，結(jié)果沒想到實(shí)習(xí)期還沒過，就被公司裁員（ps：此處大聲哭泣??????） 這時候焦慮以及自我否定的感覺會占據(jù)我們的大...
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16S rRNA16s rRNA結(jié)構(gòu) 大體結(jié)構(gòu)如下： 不同物種高變區(qū)域起始和終止位置稍有不同。 16s rRNA序列提取 根據(jù)gff，基因類型只保留rRNA，剔除exon和CDS。githu...
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bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No ...
問題 artic（conda安裝）對新冠三代擴(kuò)增子數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，但是運(yùn)行artic minion流程時，調(diào)用bcftools出錯，內(nèi)容如下： 資料搜索 gsl是c語言編寫的與...
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Rmarkdown渲染pdf
根據(jù)鏈接[https://zhuanlan.zhihu.com/p/96993644]安裝rticles包，選擇CTeX Documents創(chuàng)建rmarkdown文件，可以避...
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用泊松分布解釋 NGS 測序數(shù)據(jù)的 duplication 問題
tags： NGS duplication 不管從哪個角度看我們都希望測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)中 duplicate 率盡量低。怎樣降低 duplicate 率？ 構(gòu)建文庫時，核酸提...
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核酸熱力學(xué)介紹（DNA）宏基因檢測病原已有多篇專家共識陸續(xù)發(fā)表，管理規(guī)定相對成熟。除了宏基因技術(shù)，多重PCR擴(kuò)增結(jié)合高通量測序因具有高性價(jià)比、分析速度快、靈敏度等優(yōu)勢在病原進(jìn)行檢測中具有重要地位。 ...
