為什么有的基因組拼不出來？為什么有的突變二代測序永遠(yuǎn)看不見？答案可能藏在‘讀長’里。 在生命科學(xué)領(lǐng)域，測序技術(shù)的發(fā)展就像計(jì)算機(jī)芯片一樣日新月異。從最早的一代測序（Sanger...
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一文讀懂三代測序 ：PacBio 與 Nanopore
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refTSS：為轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)精準(zhǔn)“定位”的數(shù)據(jù)庫
轉(zhuǎn)錄從哪里起始？答案是——在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）。TSS 不只是一個(gè)位置符號，它把轉(zhuǎn)錄本、啟動(dòng)子、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合、染色質(zhì)狀態(tài)這些信息連成一條線。 在基因表達(dá)調(diào)控的研究中，轉(zhuǎn)錄...
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ROSE 軟件挖掘「超級增強(qiáng)子」實(shí)戰(zhàn)與代碼分享
一、ROSE 軟件是什么？----------------- ROSE 軟件挖掘「超級增強(qiáng)子」實(shí)戰(zhàn)與代碼分享================================...
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超級增強(qiáng)子：基因調(diào)控的"黑匣子"1. 超級增強(qiáng)子介紹 超級增強(qiáng)子的概念于2013年由美國學(xué)者Richard A. Young及其團(tuán)隊(duì)首次提出[https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/art...
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Ensembl數(shù)據(jù)庫|常用基因組數(shù)據(jù)庫介紹在現(xiàn)代生命科學(xué)研究中，基因組數(shù)據(jù) 已成為不可或缺的資源。無論是基礎(chǔ)研究還是轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)，如何快速、準(zhǔn)確地獲取并解析基因組信息，直接決定著科研效率。在眾多基因組數(shù)據(jù)庫中，Ensem...
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Bioconductor：助力你的生物信息學(xué)研究在當(dāng)今生物信息學(xué)飛速發(fā)展的時(shí)代，如何快速找到適合自己的分析工具、獲取最新的技術(shù)資源，成為了每位研究者都關(guān)心的問題。今天要向大家介紹的是生物信息學(xué)領(lǐng)域的重要資源網(wǎng)站——Bioc...
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MEGA：新版本12發(fā)布！分子進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)育分析軟件的強(qiáng)大升級，計(jì)算更快更智能！隨著分子進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)育研究的快速發(fā)展，對高效、準(zhǔn)確的軟件工具需求日益增加。2024年12月10日，備受矚目的MEGA軟件迎來了最新版本——MEGA12！相關(guān)文章于當(dāng)日上線bi...
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基因序列到進(jìn)化樹：輕松掌握多物種DNA序列比對與進(jìn)化分析
基因序列的多物種比對與進(jìn)化分析是研究物種間遺傳關(guān)系和功能保守性等的關(guān)鍵步驟。今天，我們將以T2R41基因?yàn)槔职咽纸檀蠹胰绾蜗螺d基因序列、進(jìn)行多序列比對，以及構(gòu)建分子進(jìn)化樹...
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MEGA:多序列比對軟件的下載與安裝在生物信息學(xué)研究中，多序列比對是解析生物序列功能和進(jìn)化關(guān)系的重要工具之一。而 MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) ...
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ESPript：輕松繪制多序列比對結(jié)果，打造出版級Figure！在上一期文章中，我們介紹了如何在線高效完成蛋白序列比對，并獲得了 .fasta 或 .fa 格式的比對結(jié)果文件。本期，我們將通過 ESPript 工具，將這些比對結(jié)果轉(zhuǎn)換成清...
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個(gè)人自用，不喜勿噴
2021-09-24 qiime2 DADA2 去噪、序列質(zhì)控和生成特征表
文字轉(zhuǎn)載 DADA2是用于檢測和校正（如果有可能的話）Illumina擴(kuò)增序列數(shù)據(jù)的工作流程。正如在q2-dada2插件中實(shí)現(xiàn)的，這個(gè)質(zhì)量控制過程將過濾掉在測序數(shù)據(jù)中鑒定的任...
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@今年你還可以修改億次昵稱 ？？？？
2021-09-24 qiime2 DADA2 去噪、序列質(zhì)控和生成特征表
文字轉(zhuǎn)載 DADA2是用于檢測和校正（如果有可能的話）Illumina擴(kuò)增序列數(shù)據(jù)的工作流程。正如在q2-dada2插件中實(shí)現(xiàn)的，這個(gè)質(zhì)量控制過程將過濾掉在測序數(shù)據(jù)中鑒定的任...
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快速在線完成多物種蛋白序列比對及進(jìn)化樹構(gòu)建！一文教你快速完成多物種蛋白序列比對及進(jìn)化樹構(gòu)建！ 當(dāng)我們研究一個(gè)蛋白時(shí)，探索其在不同物種間的保守性很關(guān)鍵。這不僅能幫助我們理解蛋白的功能和進(jìn)化歷史，還能為進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)提供線...
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安裝VMware Tools ：優(yōu)化 Ubuntu 使用體驗(yàn)在上一期教程中，我們在 VMware 虛擬機(jī)中成功安裝了 Ubuntu 系統(tǒng)。然而，許多朋友可能會(huì)發(fā)現(xiàn)，新安裝的 Ubuntu 系統(tǒng)在使用過程中存在一些小問題，比如屏幕邊緣有...
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從虛擬機(jī)到Ubuntu系統(tǒng)：全面配置教程，帶你輕松上手Linux
上期我們一起下載并安裝了VMware，您的電腦里已經(jīng)有了虛擬機(jī)，現(xiàn)在我們一起來為虛擬機(jī)配置Linux環(huán)境。 這里我們選擇使用Ubuntu桌面版系統(tǒng)。ubuntu系統(tǒng)是一個(gè)以桌...
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初入Linux：虛擬機(jī)從下載到安裝的全面教程
VMware Workstation介紹 VMware Workstation 在生物信息學(xué)中常用于模擬操作系統(tǒng)環(huán)境，例如在 Windows 上運(yùn)行 Linux 系統(tǒng)以支持特...
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組織特異性基因怎么確定？TissueEnrich包幫你上期我們介紹了TissueEnrich包的安裝方法以及對人鼠的基因列表進(jìn)行組織特異性基因富集分析，本期我們來學(xué)習(xí) TissueEnrich 包如何鑒定組織特異性基因，本期主要...
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TissueEnrich：基因集的組織特異性富集分析R包
科研數(shù)據(jù)分析中，如何知道你的差異基因或得到的基因列表富集在什么組織中？今天分享的TissueEnrich包可以輕松幫你解答這個(gè)問題。我們一起來學(xué)習(xí)一下這個(gè)R包。 Tissue...
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超全！R語言數(shù)據(jù)和圖像導(dǎo)出的12種方法上一期我們介紹了R語言數(shù)據(jù)讀取的方法，這期我們一起全面了解下R語言的數(shù)據(jù)與圖像輸出的方法。在數(shù)據(jù)分析和可視化過程中，輸出數(shù)據(jù)和圖像至關(guān)重要。R語言提供了豐富的函數(shù)和包，用于導(dǎo)...