為什么有的基因組拼不出來?為什么有的突變二代測序永遠(yuǎn)看不見?答案可能藏在‘讀長’里。 在生命科學(xué)領(lǐng)域,測序技術(shù)的發(fā)展就像計(jì)算機(jī)芯片一樣日新月異。從最早的一代測序(Sanger...
為什么有的基因組拼不出來?為什么有的突變二代測序永遠(yuǎn)看不見?答案可能藏在‘讀長’里。 在生命科學(xué)領(lǐng)域,測序技術(shù)的發(fā)展就像計(jì)算機(jī)芯片一樣日新月異。從最早的一代測序(Sanger...
轉(zhuǎn)錄從哪里起始?答案是——在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS)。TSS 不只是一個(gè)位置符號,它把轉(zhuǎn)錄本、啟動(dòng)子、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合、染色質(zhì)狀態(tài)這些信息連成一條線。 在基因表達(dá)調(diào)控的研究中,轉(zhuǎn)錄...
一、ROSE 軟件是什么?----------------- ROSE 軟件挖掘「超級增強(qiáng)子」實(shí)戰(zhàn)與代碼分享================================...
1. 超級增強(qiáng)子介紹 超級增強(qiáng)子的概念于2013年由美國學(xué)者Richard A. Young及其團(tuán)隊(duì)首次提出[https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/art...
在現(xiàn)代生命科學(xué)研究中,基因組數(shù)據(jù) 已成為不可或缺的資源。無論是基礎(chǔ)研究還是轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué),如何快速、準(zhǔn)確地獲取并解析基因組信息,直接決定著科研效率。在眾多基因組數(shù)據(jù)庫中,Ensem...
在當(dāng)今生物信息學(xué)飛速發(fā)展的時(shí)代,如何快速找到適合自己的分析工具、獲取最新的技術(shù)資源,成為了每位研究者都關(guān)心的問題。今天要向大家介紹的是生物信息學(xué)領(lǐng)域的重要資源網(wǎng)站——Bioc...
隨著分子進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)育研究的快速發(fā)展,對高效、準(zhǔn)確的軟件工具需求日益增加。2024年12月10日,備受矚目的MEGA軟件迎來了最新版本——MEGA12!相關(guān)文章于當(dāng)日上線bi...
基因序列的多物種比對與進(jìn)化分析是研究物種間遺傳關(guān)系和功能保守性等的關(guān)鍵步驟。今天,我們將以T2R41基因?yàn)槔职咽纸檀蠹胰绾蜗螺d基因序列、進(jìn)行多序列比對,以及構(gòu)建分子進(jìn)化樹...
在生物信息學(xué)研究中,多序列比對是解析生物序列功能和進(jìn)化關(guān)系的重要工具之一。而 MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) ...
在上一期文章中,我們介紹了如何在線高效完成蛋白序列比對,并獲得了 .fasta 或 .fa 格式的比對結(jié)果文件。本期,我們將通過 ESPript 工具,將這些比對結(jié)果轉(zhuǎn)換成清...
個(gè)人自用,不喜勿噴
2021-09-24 qiime2 DADA2 去噪、序列質(zhì)控和生成特征表文字轉(zhuǎn)載 DADA2是用于檢測和校正(如果有可能的話)Illumina擴(kuò)增序列數(shù)據(jù)的工作流程。正如在q2-dada2插件中實(shí)現(xiàn)的,這個(gè)質(zhì)量控制過程將過濾掉在測序數(shù)據(jù)中鑒定的任...
@今年你還可以修改億次昵稱 ????
2021-09-24 qiime2 DADA2 去噪、序列質(zhì)控和生成特征表文字轉(zhuǎn)載 DADA2是用于檢測和校正(如果有可能的話)Illumina擴(kuò)增序列數(shù)據(jù)的工作流程。正如在q2-dada2插件中實(shí)現(xiàn)的,這個(gè)質(zhì)量控制過程將過濾掉在測序數(shù)據(jù)中鑒定的任...
一文教你快速完成多物種蛋白序列比對及進(jìn)化樹構(gòu)建! 當(dāng)我們研究一個(gè)蛋白時(shí),探索其在不同物種間的保守性很關(guān)鍵。這不僅能幫助我們理解蛋白的功能和進(jìn)化歷史,還能為進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)提供線...
在上一期教程中,我們在 VMware 虛擬機(jī)中成功安裝了 Ubuntu 系統(tǒng)。然而,許多朋友可能會(huì)發(fā)現(xiàn),新安裝的 Ubuntu 系統(tǒng)在使用過程中存在一些小問題,比如屏幕邊緣有...
上期我們一起下載并安裝了VMware,您的電腦里已經(jīng)有了虛擬機(jī),現(xiàn)在我們一起來為虛擬機(jī)配置Linux環(huán)境。 這里我們選擇使用Ubuntu桌面版系統(tǒng)。ubuntu系統(tǒng)是一個(gè)以桌...
VMware Workstation介紹 VMware Workstation 在生物信息學(xué)中常用于模擬操作系統(tǒng)環(huán)境,例如在 Windows 上運(yùn)行 Linux 系統(tǒng)以支持特...
上期我們介紹了TissueEnrich包的安裝方法以及對人鼠的基因列表進(jìn)行組織特異性基因富集分析,本期我們來學(xué)習(xí) TissueEnrich 包如何鑒定組織特異性基因,本期主要...
科研數(shù)據(jù)分析中,如何知道你的差異基因或得到的基因列表富集在什么組織中?今天分享的TissueEnrich包可以輕松幫你解答這個(gè)問題。我們一起來學(xué)習(xí)一下這個(gè)R包。 Tissue...
上一期我們介紹了R語言數(shù)據(jù)讀取的方法,這期我們一起全面了解下R語言的數(shù)據(jù)與圖像輸出的方法。在數(shù)據(jù)分析和可視化過程中,輸出數(shù)據(jù)和圖像至關(guān)重要。R語言提供了豐富的函數(shù)和包,用于導(dǎo)...