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dotPlotly 比較兩個不同組裝的效果可視化dotPlotly[https://github.com/tpoorten/dotPlotly]工具，是利用Ｒ語言寫的可視化Minimap2/mummer比對輸出的結果...
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重測序分析（1）軟件安裝
今天開啟重測序分析專題啦！懇請各位觀眾老爺點點關注！ 所有分析均在linux系統(tǒng)上完成整個重測序分析流程涉及到的軟件非常多，本節(jié)介紹重測序常用軟件的安裝方法。 安裝R包 使用...
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hifiasm軟件安裝與使用
HiFi測序以及hifiasm軟件的使用，目前是市場上二倍體動植物基因組組裝的最佳選擇，沒有之一，多倍體目前也是最佳選擇,也正因為HiFi跟hifiasm軟件，使得動植物基因...
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RagTag：同源錨定延申將基因組組裝到染色體水平無非就是兩種方式： 獨立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided）；** 即用近緣或者同一物種的基因組染色...
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沖積圖和桑吉圖的比較圖1是沖積圖，圖2室桑吉圖。 沖積圖（Alluvial plot）：（左右沒有先后順序，不存在箭頭表示先后，左右的位置可以隨意互換） 顯示如何跨類別維度分配事實群體。 左/右...
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群體結構——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標轉化為少數幾個綜合指標。 在統(tǒng)計...
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【軟件使用】PyMol入門教程主要講述PyMOL中常見的圖形界面（鼠標）操作 1.認識PyMol 1. 軟件界面介紹 1.2 內置demo介紹 打開PyMOL,點擊1.1菜單窗口的Wizard菜單，然后點...
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基因注釋：MAKER全記錄（參照徐洲更老師）
MAKER 目前支持 ??SNAP (效果好、易于訓練，但在長內含子的基因組上表現不如其他軟件）??Augustus (效果好、訓練麻煩但提升效果好)??GeneMark (自我訓...
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好物分享——R語言版本的bedtools不要重復造輪子 ——“哈嘍，能請教你一下怎樣在R server中調用Linux下的工具？”——“你為什么要這么做呢？”——“我想把Linux工具輸出的結果直接在R中分析，不想...
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SRA下載數據及轉化為fastq方法可參考http://www.itdecent.cn/p/0694fcb77157[http://www.itdecent.cn/p/0694fcb77157]的四種下載方...
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Python遠程連接服務器用它就夠了
1 簡介 日常工作中經常需要通過SSH連接到多臺遠程服務器來完成各種任務，當需要操作的服務器眾多，且要執(zhí)行的任務涉及命令繁多時，如果可以以自動化的方式模擬SSH連接及執(zhí)行命令...
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使用Kibana進行數據可視化分析1. 使用Index Pattern配置數據 索引模式(Index Pattern)是kibana與ES之間數據溝通的橋梁。Kibana允許將ES中相同的一組索引定義為一個索...
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序列比對 —— Hisat2HISAT2是一個快速和敏感的比對軟件，用于將二代測序數據（DNA和RNA）比對到基因組數據。 官網：http://daehwankimlab.github.io/hisat...
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跟著Nature Communications學畫圖：R語言ggplot2畫帶有底紋的柱形圖論文是 Bioactivity descriptors for uncharacterized chemical compounds 本地存儲文件名 s41467-021-2...
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手把手帶你繪制CNS級別的氣泡圖本節(jié)來介紹如何使用ggplot2繪制氣泡圖，下面通過2個小栗子來可視化2002年全球人均收入與預期壽命之間的關系 加載R包 自定義顏色 ggplot2繪制氣泡圖 可以看到通過...
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純生信發(fā)文的新技能，同一份GEO數據可以發(fā)兩篇SCI
為什么有些人總是能發(fā)好幾篇純生信SCI？因為人家掌握了方法，例如利用同一份GEO數據可以發(fā)兩篇SCI，具體操作如下： 第一篇純生信SCI可以這樣做： 第一步，數據下載處理、合...
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2021，這樣文獻檢索，厲害了！檢索實戰(zhàn)案例：近十年維生素C在普通感冒中的治療的文獻 大家好， 我們是科研風雨路，點擊右上方“關注”，每天為你分享一些科研知識，共同進步。劃重點啦！接下來主要講解的是：老板讓...