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IP屬地：湖南
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dotPlotly 比較兩個(gè)不同組裝的效果可視化dotPlotly[https://github.com/tpoorten/dotPlotly]工具，是利用Ｒ語(yǔ)言寫(xiě)的可視化Minimap2/mummer比對(duì)輸出的結(jié)果...
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重測(cè)序分析（1）軟件安裝
今天開(kāi)啟重測(cè)序分析專題啦！懇請(qǐng)各位觀眾老爺點(diǎn)點(diǎn)關(guān)注！ 所有分析均在linux系統(tǒng)上完成整個(gè)重測(cè)序分析流程涉及到的軟件非常多，本節(jié)介紹重測(cè)序常用軟件的安裝方法。 安裝R包 使用...
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hifiasm軟件安裝與使用
HiFi測(cè)序以及hifiasm軟件的使用，目前是市場(chǎng)上二倍體動(dòng)植物基因組組裝的最佳選擇，沒(méi)有之一，多倍體目前也是最佳選擇,也正因?yàn)镠iFi跟hifiasm軟件，使得動(dòng)植物基因...
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RagTag：同源錨定延申將基因組組裝到染色體水平無(wú)非就是兩種方式： 獨(dú)立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided）；** 即用近緣或者同一物種的基因組染色...
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沖積圖和桑吉圖的比較圖1是沖積圖，圖2室桑吉圖。 沖積圖（Alluvial plot）：（左右沒(méi)有先后順序，不存在箭頭表示先后，左右的位置可以隨意互換） 顯示如何跨類別維度分配事實(shí)群體。 左/右...
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群體結(jié)構(gòu)——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo)。 在統(tǒng)計(jì)...
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【軟件使用】PyMol入門(mén)教程主要講述PyMOL中常見(jiàn)的圖形界面（鼠標(biāo)）操作 1.認(rèn)識(shí)PyMol 1. 軟件界面介紹 1.2 內(nèi)置demo介紹 打開(kāi)PyMOL,點(diǎn)擊1.1菜單窗口的Wizard菜單，然后點(diǎn)...
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基因注釋：MAKER全記錄（參照徐洲更老師）
MAKER 目前支持 ??SNAP (效果好、易于訓(xùn)練，但在長(zhǎng)內(nèi)含子的基因組上表現(xiàn)不如其他軟件）??Augustus (效果好、訓(xùn)練麻煩但提升效果好)??GeneMark (自我訓(xùn)...
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好物分享——R語(yǔ)言版本的bedtools不要重復(fù)造輪子 ——“哈嘍，能請(qǐng)教你一下怎樣在R server中調(diào)用Linux下的工具？”——“你為什么要這么做呢？”——“我想把Linux工具輸出的結(jié)果直接在R中分析，不想...
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SRA下載數(shù)據(jù)及轉(zhuǎn)化為fastq方法可參考http://www.itdecent.cn/p/0694fcb77157[http://www.itdecent.cn/p/0694fcb77157]的四種下載方...
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Python遠(yuǎn)程連接服務(wù)器用它就夠了
1 簡(jiǎn)介 日常工作中經(jīng)常需要通過(guò)SSH連接到多臺(tái)遠(yuǎn)程服務(wù)器來(lái)完成各種任務(wù)，當(dāng)需要操作的服務(wù)器眾多，且要執(zhí)行的任務(wù)涉及命令繁多時(shí)，如果可以以自動(dòng)化的方式模擬SSH連接及執(zhí)行命令...
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使用Kibana進(jìn)行數(shù)據(jù)可視化分析1. 使用Index Pattern配置數(shù)據(jù) 索引模式(Index Pattern)是kibana與ES之間數(shù)據(jù)溝通的橋梁。Kibana允許將ES中相同的一組索引定義為一個(gè)索...
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序列比對(duì) —— Hisat2HISAT2是一個(gè)快速和敏感的比對(duì)軟件，用于將二代測(cè)序數(shù)據(jù)（DNA和RNA）比對(duì)到基因組數(shù)據(jù)。 官網(wǎng)：http://daehwankimlab.github.io/hisat...
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跟著Nature Communications學(xué)畫(huà)圖：R語(yǔ)言ggplot2畫(huà)帶有底紋的柱形圖論文是 Bioactivity descriptors for uncharacterized chemical compounds 本地存儲(chǔ)文件名 s41467-021-2...
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手把手帶你繪制CNS級(jí)別的氣泡圖本節(jié)來(lái)介紹如何使用ggplot2繪制氣泡圖，下面通過(guò)2個(gè)小栗子來(lái)可視化2002年全球人均收入與預(yù)期壽命之間的關(guān)系 加載R包 自定義顏色 ggplot2繪制氣泡圖 可以看到通過(guò)...
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純生信發(fā)文的新技能，同一份GEO數(shù)據(jù)可以發(fā)兩篇SCI
為什么有些人總是能發(fā)好幾篇純生信SCI？因?yàn)槿思艺莆樟朔椒?，例如利用同一份GEO數(shù)據(jù)可以發(fā)兩篇SCI，具體操作如下： 第一篇純生信SCI可以這樣做： 第一步，數(shù)據(jù)下載處理、合...
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2021，這樣文獻(xiàn)檢索，厲害了！檢索實(shí)戰(zhàn)案例：近十年維生素C在普通感冒中的治療的文獻(xiàn) 大家好， 我們是科研風(fēng)雨路，點(diǎn)擊右上方“關(guān)注”，每天為你分享一些科研知識(shí)，共同進(jìn)步。劃重點(diǎn)啦！接下來(lái)主要講解的是：老板讓...