###################################################################### ...
可視化dotPlotly[https://github.com/tpoorten/dotPlotly]工具,是利用R語(yǔ)言寫(xiě)的可視化Minimap2/mummer比對(duì)輸出的結(jié)果...
今天開(kāi)啟重測(cè)序分析專題啦!懇請(qǐng)各位觀眾老爺點(diǎn)點(diǎn)關(guān)注! 所有分析均在linux系統(tǒng)上完成整個(gè)重測(cè)序分析流程涉及到的軟件非常多,本節(jié)介紹重測(cè)序常用軟件的安裝方法。 安裝R包 使用...
HiFi測(cè)序以及hifiasm軟件的使用,目前是市場(chǎng)上二倍體動(dòng)植物基因組組裝的最佳選擇,沒(méi)有之一,多倍體目前也是最佳選擇,也正因?yàn)镠iFi跟hifiasm軟件,使得動(dòng)植物基因...
將基因組組裝到染色體水平無(wú)非就是兩種方式: 獨(dú)立組裝(de novo); 基于參考基因組的組裝(reference-guided);** 即用近緣或者同一物種的基因組染色...
圖1是沖積圖,圖2室桑吉圖。 沖積圖(Alluvial plot):(左右沒(méi)有先后順序,不存在箭頭表示先后,左右的位置可以隨意互換) 顯示如何跨類別維度分配事實(shí)群體。 左/右...
概念 PCA(principal components analysis)即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析,旨在利用降維的思想,把多指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo)。 在統(tǒng)計(jì)...
主要講述PyMOL中常見(jiàn)的圖形界面(鼠標(biāo))操作 1.認(rèn)識(shí)PyMol 1. 軟件界面介紹 1.2 內(nèi)置demo介紹 打開(kāi)PyMOL,點(diǎn)擊1.1菜單窗口的Wizard菜單,然后點(diǎn)...
MAKER 目前支持 ??SNAP (效果好、易于訓(xùn)練,但在長(zhǎng)內(nèi)含子的基因組上表現(xiàn)不如其他軟件)??Augustus (效果好、訓(xùn)練麻煩但提升效果好)??GeneMark (自我訓(xùn)...
不要重復(fù)造輪子 ——“哈嘍,能請(qǐng)教你一下怎樣在R server中調(diào)用Linux下的工具?”——“你為什么要這么做呢?”——“我想把Linux工具輸出的結(jié)果直接在R中分析,不想...
可參考http://www.itdecent.cn/p/0694fcb77157[http://www.itdecent.cn/p/0694fcb77157]的四種下載方...
1 簡(jiǎn)介 日常工作中經(jīng)常需要通過(guò)SSH連接到多臺(tái)遠(yuǎn)程服務(wù)器來(lái)完成各種任務(wù),當(dāng)需要操作的服務(wù)器眾多,且要執(zhí)行的任務(wù)涉及命令繁多時(shí),如果可以以自動(dòng)化的方式模擬SSH連接及執(zhí)行命令...
1. 使用Index Pattern配置數(shù)據(jù) 索引模式(Index Pattern)是kibana與ES之間數(shù)據(jù)溝通的橋梁。Kibana允許將ES中相同的一組索引定義為一個(gè)索...
HISAT2是一個(gè)快速和敏感的比對(duì)軟件,用于將二代測(cè)序數(shù)據(jù)(DNA和RNA)比對(duì)到基因組數(shù)據(jù)。 官網(wǎng):http://daehwankimlab.github.io/hisat...
論文是 Bioactivity descriptors for uncharacterized chemical compounds 本地存儲(chǔ)文件名 s41467-021-2...
本節(jié)來(lái)介紹如何使用ggplot2繪制氣泡圖,下面通過(guò)2個(gè)小栗子來(lái)可視化2002年全球人均收入與預(yù)期壽命之間的關(guān)系 加載R包 自定義顏色 ggplot2繪制氣泡圖 可以看到通過(guò)...
為什么有些人總是能發(fā)好幾篇純生信SCI?因?yàn)槿思艺莆樟朔椒?,例如利用同一份GEO數(shù)據(jù)可以發(fā)兩篇SCI,具體操作如下: 第一篇純生信SCI可以這樣做: 第一步,數(shù)據(jù)下載處理、合...
檢索實(shí)戰(zhàn)案例:近十年維生素C在普通感冒中的治療的文獻(xiàn) 大家好, 我們是科研風(fēng)雨路,點(diǎn)擊右上方“關(guān)注”,每天為你分享一些科研知識(shí),共同進(jìn)步。劃重點(diǎn)啦!接下來(lái)主要講解的是:老板讓...