可以直接看看 ANNOVAR 或 SnpEff 或 VEP 的官方使用文檔，操作并不難
RNA-seq 檢測(cè)變異之 GATK 最佳實(shí)踐流程tags： RNA-seq GATK STAR SNP INDEL RNA-seq 序列比對(duì) 對(duì) RNA-seq 產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行變異檢測(cè)分析，與常規(guī)重測(cè)序的主要區(qū)別就在序列比...
這里的示例需要在 linux 系統(tǒng)下進(jìn)行操作
Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)教程這是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程，原文在這里，教程條理清晰，對(duì)我理解芯片數(shù)據(jù)分析流程幫助很大，就把它翻譯了過(guò)來(lái)。 ...
@生信雜談 可以的
用泊松分布解釋 NGS 測(cè)序數(shù)據(jù)的 duplication 問(wèn)題tags： NGS duplication 不管從哪個(gè)角度看我們都希望測(cè)序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)中 duplicate 率盡量低。怎樣降低 duplicate 率？ 構(gòu)建文庫(kù)時(shí)，核酸提...
前言 這次學(xué)習(xí)的本體是來(lái)自劍橋大學(xué)[https://training.csx.cam.ac.uk/bioinformatics/]: Vladimir Kiselev, Ta...
根本原因就是為了避免導(dǎo)致 正反鏈混淆。 如果kmer是偶數(shù)，我們會(huì)發(fā)現(xiàn)基因組上有些序列（如，CGCGCGCG，kmer=4）的Kmer在反向互補(bǔ)后得到的序列仍然是它自身！這是...
@騎驢轉(zhuǎn)拉薩 應(yīng)該是“或”不是“和”，抱歉，我修改一下
NGS 數(shù)據(jù)過(guò)濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說(shuō)明tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
暑期回家學(xué)車(chē)的時(shí)候，我為了保持自己的學(xué)習(xí)狀態(tài)，于是去看《利用Python進(jìn)行數(shù)據(jù)分析》。為了能夠運(yùn)行書(shū)上的代碼，我去GitHub上下載它們隨書(shū)數(shù)據(jù)，不經(jīng)意間發(fā)現(xiàn)這本書(shū)要在今年...
一、前言 作為簡(jiǎn)書(shū)上第一篇文章，先介紹下小背景，即為什么爬知乎第一大V張公子的138w+關(guān)注者信息？ 其實(shí)之前也寫(xiě)過(guò)不少小爬蟲(chóng)，按照網(wǎng)上各種教程實(shí)例去練手，“不可避免”的爬過(guò)...
CEL 是芯片的原始數(shù)據(jù)，txt 格式數(shù)據(jù)估計(jì)是經(jīng)過(guò)處理后得到的表達(dá)量數(shù)據(jù)，你再仔細(xì)研究一下
Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)教程這是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程，原文在這里，教程條理清晰，對(duì)我理解芯片數(shù)據(jù)分析流程幫助很大，就把它翻譯了過(guò)來(lái)。 ...
最后的字寫(xiě)得真漂亮！
Eat-Pray-Love：飯島愛(ài)講個(gè)笑話，小百合的十大是沒(méi)有十個(gè)帖子的。 年后的某日，忽在Reading版看到有同級(jí)生發(fā)貼，提到當(dāng)初為了找本溫暖治愈的書(shū)求個(gè)內(nèi)心的輕松旅行的時(shí)候，看著小清新的書(shū)名不意竟闖入女...
為何要在 windows 中做數(shù)據(jù)分析呢，linux 環(huán)境會(huì)方便很多，建議在Linux 中運(yùn)行
Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)教程這是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程，原文在這里，教程條理清晰，對(duì)我理解芯片數(shù)據(jù)分析流程幫助很大，就把它翻譯了過(guò)來(lái)。 ...
@soooob Q20也是一個(gè)指標(biāo)，可以通過(guò)FASTQC結(jié)果看數(shù)據(jù)整體質(zhì)量情況。BQSR能做的只是針對(duì)堿基質(zhì)量的校準(zhǔn)，如果數(shù)據(jù)有其他的污染，當(dāng)然也會(huì)影響
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