"不要將DoubletFinder應(yīng)用于代表多個(gè)不同樣本的匯總scRNA-seq數(shù)據(jù)。 例如，如果您對表示跨10Xlane測序的WT和突變細(xì)胞系的匯總數(shù)據(jù)運(yùn)行DoubletFinder，則將從WT和突變細(xì)胞生成artificial doublet，它們在您的數(shù)據(jù)中不存在。 這些artificial doublets 會歪曲結(jié)果。 值得注意的是，可以對通過在多個(gè)10Xlane上分割單個(gè)樣本而生成的數(shù)據(jù)運(yùn)行DoubletFinder。" 這句話真心看不懂，不走捷徑了，我去看原文
DoubletFinder相信各位做單細(xì)胞的童鞋們，都遇到過去除多細(xì)胞的情況，而Cellranger默認(rèn)的是前1%（3000cell），對于低質(zhì)量的細(xì)胞有了算法來確認(rèn)是否保留，但是對于多細(xì)胞而言，Ce...
我個(gè)人覺得，merge翻譯成 “合并” 比 “整合” 更加合理
使用merge整合多組單細(xì)胞數(shù)據(jù)開始操作 第一步：準(zhǔn)備原始測序數(shù)據(jù) 我們下載第一個(gè)：GSE106273_RAW.tar（183.5 Mb）[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
我找了半天，也沒看到單細(xì)胞做免疫浸潤的數(shù)據(jù)以及代碼呀
利用單細(xì)胞集合做免疫浸潤分析以前一直用經(jīng)典的MCP法分免疫浸潤 總感覺不好 上篇文章上也寫過 這次用腸癌單細(xì)胞6萬多的細(xì)胞的特異性基因，特異性基因我是一個(gè)一個(gè)看的，我選的標(biāo)準(zhǔn)是logfc大于1，而且如果...
作為表格文本處理命令awk的延伸，Heng Li開發(fā)了專門處理生物信息學(xué)的文件（例如bed, sam, vcf, gtf等）的命令bioawk，我們了解一下。 簡介 bioa...
當(dāng)我們使用的程序輸入與輸出的是多個(gè)文件，無法使用管道命令。生物信息學(xué)的程序中這種情況實(shí)際是比較常見的，假如說程序program需要2個(gè)輸入與2個(gè)輸出，那么其會產(chǎn)生4個(gè)中間結(jié)果...
偶然逛到博客，善意提醒一句，不要輕易使用“rm -rf libstdc++.so.6”，如果沒有登入root，可能就宕機(jī)了，很悲催那種。即使要刪除這個(gè)鏈接，也要先開一個(gè)登入root的窗口。
GLIBCXX_3.4.26 not found問題在linux下執(zhí)行程序報(bào)一下錯(cuò)誤./demo: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (re...
寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組組裝指標(biāo)評估 為什么...
技巧1：先禮后兵，禮貌開頭 Dear Editor and Reviewers, Thank you for your letter and for the reviewer...
0.腫瘤純度[http://222.70.95.243:6893/files/ESTIMATE%E5%88%86%E6%95%B0/estimate.html#%E8%82%...
我的基因組跑下來少了三分之二
NECAT: Nanopore數(shù)據(jù)的高效組裝工具NECAT是肖傳樂老師團(tuán)隊(duì)開發(fā)的一個(gè)針對Nanopore數(shù)據(jù)組裝的軟件，目前該工具尚未發(fā)表，除了https://github.com/xiaochuanle/NECAT有軟件...
brew出了問題，找了一圈解決方案，在你這兒找到了答案。感謝??
update Homebrew 太慢，更換Homebrew的更新源更新源的選擇 默認(rèn)官方的更新源都是存放在GitHub上的，這也是中國大陸用戶訪問緩慢的原因，一般來說我們會更傾向選擇國內(nèi)提供的更新源，在此推薦中國科大以及清華大學(xué)提供的更新源...
@浩渺予懷 能給點(diǎn)兒建議嗎？
PacBio長序列糾錯(cuò)軟件之LoRDEC三代數(shù)據(jù)中錯(cuò)誤主要是隨機(jī)錯(cuò)誤和Indel，一方面可以通過CCS、Arrow等三代內(nèi)部自糾錯(cuò)，另一方面也可借助二代高通量短序列進(jìn)行進(jìn)一步糾錯(cuò)。目前已經(jīng)有幾款工具，本文主要介紹L...
這個(gè)軟件有點(diǎn)兒迷，我?guī)譳的isoform一股腦給干到不到100bp，其中保留的部分在原isoform還找不到。
PacBio長序列糾錯(cuò)軟件之LoRDEC三代數(shù)據(jù)中錯(cuò)誤主要是隨機(jī)錯(cuò)誤和Indel，一方面可以通過CCS、Arrow等三代內(nèi)部自糾錯(cuò)，另一方面也可借助二代高通量短序列進(jìn)行進(jìn)一步糾錯(cuò)。目前已經(jīng)有幾款工具，本文主要介紹L...
安裝glibc的時(shí)候直接干掉了系統(tǒng)的默認(rèn)配置，不怕影響其他軟件的使用嗎？
LoRDEC 利用二代數(shù)據(jù)糾錯(cuò)PacBio 數(shù)據(jù)LoRDEC是一個(gè)利用二代測序短序列reads 矯正三代測序長reads 的工具，利用準(zhǔn)確度高的NGS數(shù)據(jù)構(gòu)建de Bruijn Graph（DBG）對三代長Reads進(jìn)行糾...
