"不要將DoubletFinder應(yīng)用于代表多個(gè)不同樣本的匯總scRNA-seq數(shù)據(jù)。 例如,如果您對表示跨10Xlane測序的WT和突變細(xì)胞系的匯總數(shù)據(jù)運(yùn)行DoubletFinder,則將從WT和突變細(xì)胞生成artificial doublet,它們在您的數(shù)據(jù)中不存在。 這些artificial doublets 會歪曲結(jié)果。 值得注意的是,可以對通過在多個(gè)10Xlane上分割單個(gè)樣本而生成的數(shù)據(jù)運(yùn)行DoubletFinder。" 這句話真心看不懂,不走捷徑了,我去看原文
DoubletFinder相信各位做單細(xì)胞的童鞋們,都遇到過去除多細(xì)胞的情況,而Cellranger默認(rèn)的是前1%(3000cell),對于低質(zhì)量的細(xì)胞有了算法來確認(rèn)是否保留,但是對于多細(xì)胞而言,Ce...