1. 環(huán)境準(zhǔn)備 pythongff3文件：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html[https://www.gen...
IP屬地：云南
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染色體位置如何注釋到基因名 -
醫(yī)學(xué)搬瓦工一枚，及時(shí)記錄所學(xué)知識(shí)
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群體遺傳研究——變異注釋--snpEff和ANNOVARsnpEff snpEff4.0軟件之后默認(rèn)下載安裝所有動(dòng)物的庫(kù)（ensembl的庫(kù)） 但是ensembl的庫(kù)有個(gè)缺點(diǎn)就是注釋出來(lái)的基因是ensemblid，我們也不認(rèn)識(shí)它是...
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二代群體遺傳與重測(cè)序（下）五.種群歷史與基因交流 書(shū)接上回http://www.itdecent.cn/p/0147afc3334c[http://www.itdecent.cn/p/0147af...
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SMC++計(jì)算歷史有效群體含量（自用）
1轉(zhuǎn)為SMC++輸入格式 首先對(duì)VCF文件進(jìn)行bgzip壓縮和建tbi索引 2分析 3畫(huà)圖 部分內(nèi)容參考官網(wǎng)https://github.com/popgenmethods/...
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ROH-sliding-window-based run detection
進(jìn)入文件數(shù)據(jù)文件夾和激活conda cd /cd /mnt/d/peng/goat/sixregionsconda activate seletionRlibrary(det...
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筆記：按照不同的ROH長(zhǎng)度計(jì)算Froh（利用R包detectRUNS沒(méi)能成功，故通過(guò)腳本實(shí)現(xiàn)）
首先在計(jì)算Froh所需要的文件是利用detectRUNS包計(jì)算得到的ROH的長(zhǎng)度分布數(shù)據(jù) 然后我想篩選出那些長(zhǎng)度較長(zhǎng)的ROH片段，單獨(dú)計(jì)算Froh 由于個(gè)體數(shù)較多，所以想利用...
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群體選擇信號(hào)分析群體進(jìn)化與選擇信號(hào)：●生活在世界不同區(qū)域的生物群體在歷史長(zhǎng)河中經(jīng)歷千萬(wàn)年的自然選擇、人工馴化、遷徙、遺傳漂變等事件的洗禮，有的物種滅絕，有的物種分化出不同的亞種或亞群,甚至逐...
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2021-01-04根據(jù)SNP驗(yàn)證自然選擇—XPEHH分析轉(zhuǎn)載自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 選擇清除分析是常用于鑒定群體基因組水平受選擇區(qū)域的一種方法，其...
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XPEHH
前期準(zhǔn)備： 1 beagle填充，還有所謂的phasing（windows 版本） java -jar beagle.08Feb22.fa4.jar gt=B1B2.vcf...
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大家好，我叫楊俊偉，現(xiàn)就讀于中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)，在讀博士，主要從事生物信息學(xué)方面工作。<br><br>人生格言：Take pains, be perfect
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記錄一下ROH熱點(diǎn)計(jì)算和繪圖的過(guò)程
進(jìn)入目標(biāo)文件夾 分群體的單個(gè)個(gè)體 計(jì)算每個(gè)個(gè)體的ROH BN 62 BRA 70 Laos 53 LX 65 RJF 114 TLF...
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使用ADZE計(jì)算allelic richness (Ar) 和 private allele richness (pAr)0.寫(xiě)在前面 軟件官網(wǎng)：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/adze.html[https://web.stanford....
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ROH分析流程及各種參數(shù)的選取1前言 ROH參數(shù)的設(shè)置越看越復(fù)雜《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
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ROH分析及熱點(diǎn)區(qū)域計(jì)算0寫(xiě)在前面 腳本方面充斥著CHATGPT，復(fù)制粘貼。盡管每個(gè)步驟都實(shí)際運(yùn)行過(guò)，但因?yàn)槭且贿厡?shí)驗(yàn)一邊寫(xiě)，難免存在錯(cuò)誤各種排版，細(xì)節(jié)問(wèn)題懶得細(xì)摳了這篇文章又被鎖定了 1.文件處理...
