發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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判斷GEO芯片數(shù)據(jù)表達(dá)矩陣是否需要log2轉(zhuǎn)換通過(guò)exprs函數(shù)獲取表達(dá)矩陣后我們可以通過(guò)以下三種方法判斷是否需要進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 1.肉眼識(shí)別 最簡(jiǎn)單粗暴的方法就是，根據(jù)數(shù)值大小粗略估計(jì)：如果表達(dá)量的數(shù)值在50以內(nèi)，通...
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如何找到稱心如意的抗體--不要自己瞎找啦買抗體是永遠(yuǎn)的頭等大事 試劑千萬(wàn)種，靠譜第一條，抗體沒(méi)買對(duì)，延畢兩行淚。你一定問(wèn)過(guò)這個(gè)問(wèn)題，怎么挑抗體？答案常有以下幾點(diǎn)： 1. 買大品牌，CST、Abcam、Sigma、R...
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2021-07-23計(jì)劃
今日計(jì)劃： 1.回復(fù)實(shí)驗(yàn)為何目前只做化療抵抗，后續(xù)做放療抵抗（上午）2.取核酸檢查報(bào)告（上午）3.看昭昭醫(yī)考視頻，復(fù)習(xí)執(zhí)業(yè)醫(yī)師（全天）4.閱讀化療抵抗的文獻(xiàn)（全天）
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雜志社郵件
Dear professorsI am Ming Chen, the author of this study “Low expression of CHRDL1 and S...
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SCLC綜述
近年來(lái)放療和精準(zhǔn)治療成為 SCLC 研究熱點(diǎn)。于放射治療而言，介入的最佳時(shí)機(jī)、劑量和分割、照射范圍和 PCI 逐漸達(dá)成共識(shí)或者通過(guò)研究遴選出優(yōu)選方案； 于精準(zhǔn)治療而言，包括靶...
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《癌生物學(xué)》—珠江腫瘤《癌生物學(xué)》第八章 （1）細(xì)胞周期控制時(shí)鐘 細(xì)胞周期時(shí)鐘是一些相互作用的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)，它們接收胞內(nèi)和胞外的各種不同來(lái)源的信號(hào)，對(duì)其進(jìn)行整合后決定細(xì)胞的命運(yùn)。 細(xì)胞周期 G0期，...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記
1. apply，sapply，lapply，tapply，vapply以及mapply的用法 1.1 apply() apply（m，dimcode，f，fargs） m...
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“Simplicity is the ultimate sophistication.”
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其實(shí)這段代碼我一直以來(lái)有一個(gè)問(wèn)題：`model_lasso <- glmnet(x, y, family="binomial", nlambda=50, alpha=1)` 這里，為何family要選binomial？來(lái)自官方的說(shuō)明：For binomial logistic regression, the response variable y should be either a factor with two levels, or a two-column matrix of counts or proportions. 在Glmnet官方示例文件中，載入數(shù)據(jù)的y是一個(gè)邏輯向量：`0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 0 `這樣的形勢(shì)；這里對(duì)于表達(dá)組數(shù)據(jù)，我覺(jué)得family應(yīng)該選“cox”更合適，這時(shí)候的y是一個(gè)兩列矩陣，time/status，后者是一個(gè)binary變量，1代表死亡，0代表正常審查。survival包的`Sruv`方法可以產(chǎn)生這個(gè)矩陣。這也應(yīng)該是我們最常用的類型。
Angeladaddy 評(píng)論自TCGA數(shù)據(jù)挖掘九：lasso回歸 -
R語(yǔ)言操作——TCGA數(shù)據(jù)處理
獲取表達(dá)矩陣，處理TCGA的count數(shù)據(jù)，1表示為行。 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 加 ENTREZID列，用于富集分析（symbol轉(zhuǎn)entrezid，然后inner_join） 轉(zhuǎn)化空格...
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CIBERSORT 免疫浸潤(rùn)(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤(rùn)計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
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GSEA 從數(shù)據(jù)到美圖0.輸入文件和R包 文件有兩個(gè)，一個(gè)是差異分析結(jié)果；一個(gè)是msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)下載的gmt文件。 gsea要求的輸入數(shù)據(jù)格式是排序后的logFC值，數(shù)據(jù)類型為向量，向量名字是e...
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RColorBrewer與ggplot2如何用RColorBrewer包配置自己需要的顏色 使用RColorBrewer中默認(rèn)的顏色RColorBrewer中的配色方案可以說(shuō)是高大上啦，基本能夠滿足大部分的使用場(chǎng)景...
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2021-03-05回復(fù)編輯的信件： Frontiers in Molecular Biosciences[https://www.frontiersin.org/journals/698]Mo...
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2021.03.03抗體 1. VEGF 和IL-6的抗體購(gòu)買： VEGF VEGFA和MDSC的密切關(guān)系 文獻(xiàn)（1）：Inhibition of JAK2/STAT3 reduces tumo...
