來源：Levine ME, Lu AT, Quach A, Chen BH, Assimes TL, Bandinelli S, Hou L, Baccarelli AA, ...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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讀文獻(xiàn)：PhenoAge方法介紹 -
第7篇：用Y叔的ChIPseeker對(duì)peaks進(jìn)行注釋和可視化上一步驟（第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR）用IDR對(duì)重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評(píng)估，同時(shí)得到了merge后的一致性的peaks——sample-idr，接下來就是對(duì)p...
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多目標(biāo)進(jìn)化算法中的pareto解及pareto前沿介紹
多目標(biāo)求解會(huì)篩選出一個(gè)相對(duì)較優(yōu)的解的集合，在這個(gè)集合里就要用到pareto找出相對(duì)優(yōu)的解或者最優(yōu)解。 多目標(biāo)優(yōu)化問題的數(shù)學(xué)模型一般可以寫成如下形式: fig 2表示n個(gè)目標(biāo)函...
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R做多元線性回歸全攻略R中的線性回歸函數(shù)比較簡(jiǎn)單，就是lm()，比較復(fù)雜的是對(duì)線性模型的診斷和調(diào)整。這里結(jié)合Statistical Learning和杜克大學(xué)的Data Analysis and ...
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mediation analysis（中介分析）初步了解寫在前面，資料整合嘍~感謝各位作者！ 轉(zhuǎn)自：https://blog.csdn.net/D07Qs2KxkH0KkSxEx/article/details/79205022 ...
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一起來了解一下基因區(qū)間RangeData劉小澤寫于19.3.30我們肯定都遇到許多利用坐標(biāo)去處理范圍信息的需求，比如要定位基因組的某個(gè)位置，這個(gè)位置可能代表了gene model 、genetic variants...
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methylKit甲基化分析
引言 methylKit是一個(gè)R軟件包，用于分析和注釋通過高通量亞硫酸氫鹽測(cè)序獲得的DNA甲基化信息。該軟件包旨在處理RRBS及其變體的測(cè)序數(shù)據(jù)。但是，如果提供正確的輸入格式...
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bioconductor入門第二彈--GRanges概述太長(zhǎng)不看系列 IRanges提供最簡(jiǎn)單的注釋信息，起點(diǎn)，終點(diǎn)以及寬度（終點(diǎn)位置-起點(diǎn)位置） Granges和IRanges類似，但是具有染色體編號(hào)和正負(fù)鏈信息 廢話超多系列 ...
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歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)<生信修煉手冊(cè)><br>關(guān)注公眾號(hào)，可以加入微信群，一起交流溝通
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methylKit 進(jìn)行差異甲基化分析
methylKit 是一個(gè)用于分析甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)的R包，不僅支持WGBS，RRBS和目的區(qū)域甲基化測(cè)序，還支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的數(shù)據(jù)。 其核心功...
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機(jī)器學(xué)習(xí)基礎(chǔ)（1）- ROC曲線理解本文用于理解ROC曲線的定義，繪制過程及其應(yīng)用實(shí)現(xiàn)，主要用于自我溫習(xí)回顧基礎(chǔ) 基本目錄如下： 什么是ROC曲線？1.1 ROC曲線的歷史1.2 ROC曲線的定義1.3 ROC...
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MethyIC-Seq是什么？和BS-Seq的關(guān)系是什么？
從根本上說，MethylC-Seq技術(shù)實(shí)際上就是Bisulfite Sequencing (BS-Seq)方法的優(yōu)化版本。或者談不上優(yōu)化，個(gè)人理解是兩者面向的需要處理的基因組...
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陪讀，最后我成了孤家寡人
12年的陪讀生活結(jié)束了，兒子也考上了最理想的大學(xué)，我們也在親戚朋友之間確實(shí)風(fēng)光了一把。老公常說兒子優(yōu)秀，是因?yàn)槲矣胁?，我說是老公呵護(hù)的周到，我們一直相敬如賓。 送完兒子上大學(xué)...
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走進(jìn)單細(xì)胞10X genomics了解什么是UMI，什么是barcode，再做分析之前，知道他們是在測(cè)序中引入，了解為什么引入即可。 看個(gè)簡(jiǎn)介的視頻吧 從了解10X genomics開始陳巍學(xué)基因：http:...
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cell ranger的使用--cellranger count
幫助文檔地址 https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/l...
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EM算法：期望最大化算法
MLE（極大似然估計(jì)法）是一種非常有效的參數(shù)估計(jì)方法，但在概率模型中，有時(shí)既含有觀測(cè)變量 (observable variable), 又含有隱變量(hidden varia...
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簡(jiǎn)書行內(nèi)公式出問題了，公式變的有些混亂了
EM算法：期望最大化算法
EM算法：期望最大化算法 MLE（極大似然估計(jì)法）是一種非常有效的參數(shù)估計(jì)方法，但在概率模型中，有時(shí)既含有觀測(cè)變量 (observable variable), 又含有隱變量...
