學(xué)無止境……
發(fā)簡信
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Broad Institue視頻筆記：Variant Calling with HaplotypeCaller這篇筆記是幾個視頻內(nèi)容的綜合，每個視頻里我只選取了幾張PPT。主講人舉例了一篇已經(jīng)發(fā)表的文章來進行具體的流程分析。這篇文章里的外顯子數(shù)據(jù)分析基本是一個比較標準的流程。樣品是來...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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淺淺的學(xué)習(xí)歷程<br>生信新手，打工人，搬運工。<br>像王子文一樣財務(wù)自由，才可實現(xiàn)生育自由<br>像李子柒一樣把一件事情做到極致，才可實現(xiàn)職業(yè)自由
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10X單細胞軌跡分析之回顧清明節(jié)了，放假期間好好放松一下自己，但是我仍然記得大學(xué)老師說過的一句話，放假休息的同時，總結(jié)過去，展望以后，所以說假期是一個承前啟后的時間段，今天我們不講新的東西，而是回顧一...
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【r<-包】管理你的R包——pacman包介紹
Tyler W. Rinker & Dason Kurkiewicz翻譯：詩翔 pacman包是一個整合了基礎(chǔ)包library相關(guān)函數(shù)的包，用于更方便地對R包進行管理。該包可...
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WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇，也講到了對于sam文件如何考慮MAPQ的過濾，這篇我主要想記錄一下bam文件在進行call variation之前的處理。??...
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WGS分析筆記（4）—— Call SNVs/indels??最近一直忙期末匯報和腳本編寫，沒來的及接著往下寫文章，年前把這一塊寫了，然后再往下的分析流程就比較特異性了，做一步寫一步那種，相對于這種已經(jīng)常規(guī)化的流程（除了一些細節(jié)上的...
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bcftools 替代samtools 產(chǎn)生vcf
使用samtools 1.10 發(fā)現(xiàn)不能生成vcf了 samtools mpileup bcftools call 中有 -c -m 參數(shù) 理解是 -c 用來call...
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單細胞學(xué)習(xí)筆記最近在學(xué)單細胞測序，學(xué)習(xí)了B站生信技能書樹的單細胞教程，https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn[https://www.bil...
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【RNA-seq自學(xué)4】樣品分析之質(zhì)量評估MultiQC及結(jié)果分析multiqc可以整合其它軟件的報告的軟件，能將fastqc生成的多個報告整合成一個報告的軟件，這樣能方便的查看所有測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。 MultiQC安裝及運行 安裝： con...
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努力努力再努力~<br>個人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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基因型填充(Genotype-Imputation)：從原理到操作移步 github 實現(xiàn)目錄跳轉(zhuǎn)，獲得更好的閱讀體驗 目錄 基因型填充1.1. 問題描述1.2. 技術(shù)來源的基因型缺失1.3. 缺失的判斷：缺失率1.4. 基因型缺失的影響1...
