發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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我這一步目前沒(méi)有出現(xiàn)過(guò)報(bào)錯(cuò)，代碼沒(méi)有寫(xiě)錯(cuò)，請(qǐng)問(wèn)報(bào)錯(cuò)的信息什么呢
基于R對(duì)TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)，以L(fǎng)UAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項(xiàng)包括submitter_id，vital_status，t...
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這個(gè)應(yīng)該得到的是生存期（以月份為單位）
基于R對(duì)TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)，以L(fǎng)UAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項(xiàng)包括submitter_id，vital_status，t...
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您的意思是clin還是臨床數(shù)據(jù)，
臨床數(shù)據(jù)在xena官網(wǎng)下載的。
clin就是前面整理好的phe，我換了個(gè)名稱(chēng)，那里寫(xiě)得有點(diǎn)問(wèn)題，少了一行賦值代碼 clin <- phe ， “三、COX回歸分析”部分有基于R對(duì)TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)，以L(fǎng)UAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項(xiàng)包括submitter_id，vital_status，t...
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RStudio Version 1.3.959
R3.6基于R對(duì)TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)，以L(fǎng)UAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項(xiàng)包括submitter_id，vital_status，t...
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就是phe，我換了個(gè)名稱(chēng)，那里寫(xiě)得有點(diǎn)問(wèn)題，少了一行賦值代碼 clin <- phe ， “三、COX回歸分析”部分有
基于R對(duì)TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)，以L(fǎng)UAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項(xiàng)包括submitter_id，vital_status，t...
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免疫學(xué)碩士一枚～<br>生信熱愛(ài)者但是小白一枚~<br>目前成就為0~<br>加油哦，一大波成就正在路上啦~<br>啾~豬莎要加油哦~
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閑云野鶴邢岫煙——紅學(xué)家為什么評(píng)她是"書(shū)中第一流人物"?邢岫煙，在群星璀璨的大觀(guān)園中，她似乎是最不起眼的一個(gè)。 她出身寒微，才華也不算出眾，但是作者卻給她取了一個(gè)非常有詩(shī)意的名字——岫煙。 讓人忍不住想起“云無(wú)心以出岫，鳥(niǎo)倦飛而知...
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利用PYTHON爬取上市公司年報(bào)并生成財(cái)務(wù)分析
因?yàn)樾【幨且粋€(gè)比較懶的人，所以有時(shí)候就想能不能通過(guò)一些方式提高日常工作中那些定時(shí)定點(diǎn)需要做的工作，于是在閑暇時(shí)間抱著聯(lián)系python的目的寫(xiě)下了這段關(guān)于財(cái)務(wù)分析的代碼，感謝去...
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您是說(shuō)我導(dǎo)入的數(shù)據(jù)嗎，是從xena數(shù)據(jù)庫(kù)下載的
基于R對(duì)TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)，以L(fǎng)UAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項(xiàng)包括submitter_id，vital_status，t...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴(lài)ROC曲線(xiàn)及KM plot可視化）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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用RStudio制作簡(jiǎn)歷最簡(jiǎn)單的辦法很早的時(shí)候，我給自己做過(guò)一個(gè)個(gè)人簡(jiǎn)歷[swcyo.gitee.io/cv]的網(wǎng)站并上傳到Github上了，但是由于Github很不穩(wěn)定，所以我又導(dǎo)到碼云上，不得不說(shuō)碼云確實(shí)很...
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寶藏R包tinyarray：常用圖表一鍵收走最近抽空整理了以前寫(xiě)的函數(shù)，規(guī)范tinyarray包，反復(fù)檢查和優(yōu)化，調(diào)整了好久，終于得到下面的check結(jié)果 今天把他提交到CRAN了(是提交不是接收哈，沒(méi)有那么快)整理了...
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查找基因的啟動(dòng)子、UTR、TSS等區(qū)域以及預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)
基礎(chǔ)知識(shí) 首先我們了解一些基礎(chǔ)知識(shí)（注：文中圖片皆可點(diǎn)擊放大查看?。?啟動(dòng)子（promoter）：與RNA聚合酶結(jié)合并能起始mRNA合成的序列。轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)（TSS）：轉(zhuǎn)錄時(shí)...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析寫(xiě)在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時(shí)候感覺(jué)是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫(xiě)的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)，不斷記錄反思，也...
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ggcor | 相關(guān)分析和可視化的擴(kuò)展工具昨天在明哥的公眾號(hào)【小明的數(shù)據(jù)分析筆記本】上看到了他正在探討一幅相關(guān)性矩陣圖。 這幅圖其實(shí)就是通過(guò)Mantel test檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)，可視化環(huán)境變量矩陣（如pH，有機(jī)碳，總氮，鹽...
