在基本的生信分析中,我們有時(shí)候需要某些基因的序列,而下載的參考基因組包中,一般不會(huì)提供每個(gè)基因的序列。下面分享一個(gè)簡(jiǎn)單的根據(jù)gff或gtf注釋文件提取目的基因序列的pytho...
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非模式生物GO、KEGG富集分析GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分,它可以將基因與功能相聯(lián)系起來。GO指的是Gene Ontology,是基因功能國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。目的在于建立一個(gè)適用于各...
在非模式生物中,我們想要獲取相應(yīng)物種的GO或KEGG注釋信息,或者描述信息的渠道很少。數(shù)據(jù)分布不集中,需要我們花費(fèi)很長(zhǎng)時(shí)間去收集,整合,才能得到相應(yīng)的信息去做功能富集分析。下...
轉(zhuǎn)錄因子分析的流程 一、從轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫下載大麥轉(zhuǎn)錄因子CDS序列 PlantTFDB - Plant Transcription Factor Database @ CBI...
當(dāng)我們需要做非模式物種的富集時(shí),進(jìn)行查詢后也沒有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù),那么需要我們自己準(zhǔn)備。那就需要這個(gè)物種的基因組數(shù)據(jù)fasta 和gtf 文件自行構(gòu)建。這里我以斑馬魚為例。斑馬魚其...
以A01樣本為例: 1_rawdata/A01_R1.fq.gz 1_rawdata/A01_R2.fq.gz 經(jīng)過cutadapt后得到tempR1 = 'A01_cut...
GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分,它可以將基因與功能相聯(lián)系起來。GO指的是Gene Ontology,是基因功能國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。目的在于建立一個(gè)適用于各...
小麥三代轉(zhuǎn)錄組融合基因定量 三代轉(zhuǎn)錄組的序列普遍比較長(zhǎng),得到的是完整的全長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄本,在后期處理過程中無需組裝,大大的降低了錯(cuò)誤率。二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的結(jié)果通常都是打斷后的序...