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根據(jù)注釋文件中基因位置提取序列
在基本的生信分析中，我們有時(shí)候需要某些基因的序列，而下載的參考基因組包中，一般不會(huì)提供每個(gè)基因的序列。下面分享一個(gè)簡(jiǎn)單的根據(jù)gff或gtf注釋文件提取目的基因序列的pytho...
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請(qǐng)查看我剛寫的文章 http://www.itdecent.cn/p/f3b304726bf7
非模式生物GO、KEGG富集分析
GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分，它可以將基因與功能相聯(lián)系起來。GO指的是Gene Ontology，是基因功能國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。目的在于建立一個(gè)適用于各...
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如何獲取GO和KEGG注釋、描述信息在非模式生物中，我們想要獲取相應(yīng)物種的GO或KEGG注釋信息，或者描述信息的渠道很少。數(shù)據(jù)分布不集中，需要我們花費(fèi)很長(zhǎng)時(shí)間去收集，整合，才能得到相應(yīng)的信息去做功能富集分析。下...
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大麥轉(zhuǎn)錄因子分析轉(zhuǎn)錄因子分析的流程 一、從轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫下載大麥轉(zhuǎn)錄因子CDS序列 PlantTFDB - Plant Transcription Factor Database @ CBI...
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非模式物種GO富集數(shù)據(jù)庫準(zhǔn)備（一）當(dāng)我們需要做非模式物種的富集時(shí)，進(jìn)行查詢后也沒有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)，那么需要我們自己準(zhǔn)備。那就需要這個(gè)物種的基因組數(shù)據(jù)fasta 和gtf 文件自行構(gòu)建。這里我以斑馬魚為例。斑馬魚其...
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fastp -- 結(jié)果文件以A01樣本為例： 1_rawdata/A01_R1.fq.gz 1_rawdata/A01_R2.fq.gz 經(jīng)過cutadapt后得到tempR1 = 'A01_cut...
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非模式生物GO、KEGG富集分析GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分，它可以將基因與功能相聯(lián)系起來。GO指的是Gene Ontology，是基因功能國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。目的在于建立一個(gè)適用于各...
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小麥三代轉(zhuǎn)錄組融合基因定量小麥三代轉(zhuǎn)錄組融合基因定量 三代轉(zhuǎn)錄組的序列普遍比較長(zhǎng)，得到的是完整的全長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄本，在后期處理過程中無需組裝，大大的降低了錯(cuò)誤率。二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的結(jié)果通常都是打斷后的序...
