嚴格意義上說遺傳進化中的群體結(jié)構(gòu)應該包括PCA、群體進化樹和群體STRUCRURE，傳統(tǒng)的PCA和群體進化樹只能直觀的了解群體中個體的分類關系，但無法解釋群體間具體的分群數(shù)目...
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IP屬地：湖北
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GWAS | 2.群體結(jié)構(gòu) structure -
全基因組關聯(lián)分析數(shù)據(jù)分析流程原文鏈接：全基因組關聯(lián)分析數(shù)據(jù)分析流程 | Boer's Notebook (chipcui.top)[https://blog.chipcui.top/archives/%...
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@過路客 看了ragtag的文檔，他說的是至少需要 2 個agp文件，另一個應該是scaffold 序列與Hi-C數(shù)據(jù)scaffolding 產(chǎn)生的AGP文件
基于參考基因組的基因組組裝和注釋
將基因組組裝到染色體水平無非就是兩種方式： 獨立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided），即基于近緣或同一物種的基因組染色體同源性進...
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組間差異檢驗，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗，應用統(tǒng)計學上的假設檢驗方法，檢驗組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗都基于一個假設：組間沒有差異，變量之...
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@小范809 一個是開始的contig，另一個是scaffold
基于參考基因組的基因組組裝和注釋
將基因組組裝到染色體水平無非就是兩種方式： 獨立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided），即基于近緣或同一物種的基因組染色體同源性進...
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@莫欺_d02a 這些仍然適用。最新的可以參考Major Impacts of Widespread Structural Variation on Gene Expression and Crop Improvement in Tomato中的SV鑒定方法
基因組結(jié)構(gòu)變異檢測工具的整合
前言 從原核到真核，幾乎所有生物的表型變異，環(huán)境適應和物種形成都與基因組間的結(jié)構(gòu)變異有關。而關于結(jié)構(gòu)變異檢測的工具也有很多，幾乎都是基于二代測序數(shù)據(jù)。然而，由于不同的工具針對...
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基于參考基因組的基因組組裝和注釋
將基因組組裝到染色體水平無非就是兩種方式： 獨立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided），即基于近緣或同一物種的基因組染色體同源性進...
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還好，相比虛擬機占用資源小多了
Win10上體驗Linux子系統(tǒng)--Linux虛擬機的完美替代方案
其實在云計算領域，微軟很早之前就讓其 Azure 支持多個流行的 Linux 發(fā)行版，但對于普通用戶而言，真正的變化發(fā)生在后面的 Windows 10：微軟宣布將會在 Win...
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測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計 | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時，一般會提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎分析結(jié)果。因為可能需要自己來進行數(shù)據(jù)的預處理，記得一定要拿回raw data，同時弄清...
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fasta/fq文件處理萬能工具——Seqkit學習記錄
shenwei爪哥開發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬能工具。之前處理fq/fa文件時花時間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決。實在是提升效率，整合流程...
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一些實用的生信單行命令
基本awk和sed命令 從文件中提取2，4，5列： 輸出第五列中包含abc123的行： 輸出第五列中不包含abc123的行： 輸出第七列中符合正則表達式規(guī)則（以a-f中任一字...
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「生信練習題」從SnpEff注釋得到的VCF中過濾4DTV位點
在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
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SV工具包SURVIVOR的使用
SURVIVOR 是一套用于模擬/評估 SV、合并和比較樣本內(nèi)及樣本間 SV 的工具集，其還可對SV進行重新格式化及進行統(tǒng)計總結(jié)，其他詳細信息也可參考工具的wiki。 安裝 ...
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SV VCF格式的說明及轉(zhuǎn)換不同的結(jié)構(gòu)變異（structural variation，SV）鑒定工具鑒定出的VCF結(jié)果文件格式不盡相同，但也不是完全沒有規(guī)律可循，主要的格式就有兩種，分別是： BND n...
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PBS 作業(yè)管理系統(tǒng)
在上一篇中我們非常簡單地介紹了在 C 語言中嵌入 mpi4py 程序的方法。 前面我們所給出的各個例程一般都是在單臺計算機上直接使用 mpiexec 或 mpirun 執(zhí)行的...
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Viroblast & Sequenceserver
利用云服務搭建blast服務 使用Apache2 rewrite 重定向主頁 sequenceserver 界面更為美觀的blast網(wǎng)頁應用 使用 apache2設置訪問密碼
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「摸魚快報003」哈佛生物信息學課程叫你乖乖呆家學習
https://github.com/harvardinformatics/learning-bioinformatics-at-home 哈佛大學的科學家們?yōu)榱俗屩T位乖乖呆...