這個世界流行離開，但我們卻不擅長告別
IP屬地：北京
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫的一個R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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你到底想要什么樣的umap/tsne圖？隨著生物學背景知識的增加，單細胞圖譜的可視化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函數(shù)直接繪制的umap/tsne圖往往很難達到要求了，這就要求我們提高繪圖技...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實現(xiàn)方式??最近一直在學習單細胞方面的知識，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學習了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實看...
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討厭又迷人的reads去重復在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細節(jié)，只用知道一個分析的大致流程并完整跑下來即可。太多的細節(jié)，只會讓我們對于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關緊要“細節(jié)就被我們刻...
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您好，請問READs在參考基因上的分布統(tǒng)計圖如果是5’端高，是什么原因？
【陳巍學基因-2】RNA-seq
歡迎關注oddxix RNA-seq是高通量測序中最常見的一種應用，本期視頻介紹其：1.方法原理2.生物信息分析 表達差異（1）火山圖展示（2）聚類分析（3）GO分析（4）P...
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【單細胞入門必讀】單細胞RNA-seq技術和數(shù)據(jù)分析簡介
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 單細胞RNA測序(scRNA...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學院服務器 高通量相關基礎知識 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是一個Python下和Canop...
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個人覺得AD和DP可以分別設定閾值過濾一下
為什么我得到的VCF中Allele Depth（AD）比預期的低好多？（GATK官方解答）
疑問： 當我想要通過VCF文件查看一個突變位點的變異reads支持數(shù)時，發(fā)現(xiàn)文件展示的DP (total depth) 和AD (allele depth)的數(shù)量對應不上是咋...
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MANTA的結果文件其實就是VCF格式的，合并結果可以試試GATK4的GatherVcfs，或其他可以合并VCF的工具。但是我沒有實操過，不知道建議可不可行，也許我想的過于簡單了。如果您試過了，也歡迎您回來反饋一下。
一文讀懂SV檢測軟件Manta的結果文件
Manta輸出VCF文件 Manta運行完畢后，將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結果文件。 如果...
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中心極限定理的最最通俗解釋一、什么是中心極限定理 在適當?shù)臈l件下，大量相互獨立隨機變量的均值經(jīng)適當標準化后依分布收斂于正態(tài)分布。每次從這些總體中隨機抽取 n 個抽樣，一共抽 m 次。 然后把這 m 組...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對后續(xù)分析至關重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準確率和效率。Trimmomatic 是...
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MANTA的結果中，在INFO中有SVLEN中描述除了染色體易位以外的其他結構變異的長度。對于插入缺失倒位來說，可以通過算法找到片段兩側端點，所以可以計算長度。對于染色體易位來說，只能確定一側端點位置，另一側確是找不到的，長度也無從計算。如果找到了，就可以算做插入，倒位之類的結構變異了。這是僅僅我的個人理解，不敢自稱老師的。。
一文讀懂SV檢測軟件Manta的結果文件
Manta輸出VCF文件 Manta運行完畢后，將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結果文件。 如果...
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“每對染色體中的兩條,基因相同,只需測一條就可知另一條的基因。如果是這樣的話,需測22對常染色體,那么剩下的就自然是兩條性染色體,因為X染色體與Y染色體構造有所不同（Y染色體比X少一部分）,所以兩條都要測?！? 這句話讀起來很別扭。
在實際的測序中，是沒有辦法只測一條染色體，留一條不測的。測序時通常取的是細胞，本就包含來自父本和母本的兩套染色體，沒有辦法把他們分開測序。雙端測序中read1和read2的關系
??在跟著健明老師學習生物信息學的過程中，少走了很多彎路，躲過了很多坑，在指導下淺嘗過一些。但是自己常?？墼恚蛛p叒叕落坑，百思不得其解。以下是之前遇到的問題，今天整理帶大...
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平移并連接到另一段染色體上，在IGV上會表現(xiàn)為截斷序列出現(xiàn)在一個斷點的左側，和一個斷點的右側。
一文讀懂SV檢測軟件Manta的結果文件
Manta輸出VCF文件 Manta運行完畢后，將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結果文件。 如果...
