Cytoscape 具有非?；钴S的app開發(fā)社區(qū)，有很多可視化和分析策略被包裝成APP的形式發(fā)表在其官網(wǎng)中，在網(wǎng)絡圖繪制中占有比較重要的一席之地?？梢杂糜谡故網(wǎng)GCNA，基因...
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Cytoscape 常用參數(shù)
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Seurat 計算線粒體基因比例時，基因非MT-開頭Seurat可以利用PercentageFeatureSet計算線粒體基因比例并添加到meta.data，但是我們在使用 sce[["percent.mt"]] = Per...
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10X單細胞基礎+個性化合集2作者，Evil Genius 這一篇分享以下后三個部分 單細胞個性化分析之細胞通訊篇 單細胞個性化分析之CNV篇 單細胞個性化分析之轉(zhuǎn)錄因子篇 單細胞個性化分析之細胞通訊篇 ...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組分析---Scanpy（1）我們前面也分享過很多篇關(guān)于Seurat的使用，尤其是在單細胞轉(zhuǎn)錄組分析上，今天我們來分享和學習另外一個和它齊名的工具：scanpy。也許有人會說單細胞分析使用Seurat，m...
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Seurat數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（一）在做單細胞分析的過程中，我們通常要基于Seurat數(shù)據(jù)之上做多樣化的分析：針對某一子集，重新畫圖等等。所以，我們首先需要對Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)有一個基本的了解。 下面這個圖...
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單細胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細胞數(shù)據(jù)分析在進行完細胞自聚類或者細胞類型注釋后，一般需要對查到的差異基因可視化，用來顯示基因和細胞群的相關(guān)性，進行后續(xù)分析。當然Seurat和scanpy本身可...
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R語言用列數(shù)據(jù)畫PCA帶橢圓圖之前找了很多信息，見到的都是用行畫PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var這個函數(shù)，但這個函數(shù)橢圓我又死活加不上，再加上畫橢圓時的分組信息又沒法加在原數(shù)據(jù)里，糾結(jié)了...
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北京百奧益康醫(yī)藥科技有限公司是天津百奧醫(yī)藥科技有限公司的全資子公司，致力于提供前沿的單細胞組學全套解決方案，單細胞相關(guān)研發(fā)和服務團隊位于北京亦莊。<br><br>百奧益康現(xiàn)有管理團隊和技術(shù)團隊具有豐富的單細胞測序服務和研發(fā)經(jīng)驗，在單細胞研究領域深耕7年，曾成功領導打造了國內(nèi)領先的單細胞科研服務團隊，現(xiàn)已累積150+種不同組織類型、 10,000+個樣品的10x Genomics單細胞測序經(jīng)驗,累積服務客戶發(fā)文超百篇，影響因子超千分（包括CNS頂級期刊） 。
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Scissor:整合bulk+scRNA鑒定功能亞群前言 關(guān)注生信寶庫時間比較久的小伙伴會發(fā)現(xiàn)，我們除了更新免疫相關(guān)的推文外，最多的就是單細胞研究相關(guān)的算法的文獻解讀了。最近有一位粉絲通過后臺和我們說能不能更新一些單細胞聯(lián)合b...
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Seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式寫在前面 最近做圖的時候不會把umap圖分成實驗組和對照組兩個對比的圖。問了同學說是需要把分組信息加到@meta.data里面。順便系統(tǒng)學下Seurat對象數(shù)據(jù)格式。 參考：...
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【最新匯總】單細胞轉(zhuǎn)錄組分析與繪圖系列
分析 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkzMzE5NTM4NA==&mid=2247...
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兩次單細胞差異分析后的結(jié)果進行相關(guān)性散點圖繪制參考https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7m3V9AXonrCNc8w[https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7...
