1 什么是特征篩選（Feature Selection） 特征篩選：從給定的特征集合中選擇出相關(guān)特征子集的過程，稱為“特征篩選”特征篩選的目的：1 降低維度災(zāi)難；2 去除不相...
IP屬地：湖南
-
一文搞懂——特征篩選 -
PrimerDesign使用總結(jié)
本文并非教程，只是總結(jié)一下日常學(xué)習(xí)的經(jīng)驗。因為本人也是小白，難免會有錯誤，歡迎各位交流指正。 https://github.com/zichner/primerDesign大...
-
Python如何成為科研效率的倍增器
究竟為什么要學(xué)編程，可能每個人在行動之前都會有這樣的疑問。因為炫酷，可以裝逼，熒幕上的黑客都帥呆了；因為潮流，整個社會都在宣傳學(xué)編程，各種廣告鋪天蓋地，再不學(xué)就out了。誠然...
-
art-illumina模擬測序1.安裝軟件及下載基因組數(shù)據(jù) 1.1 下載art-illumina測序軟件 鏈接 1.2 下載基因組數(shù)據(jù) 從genome下載基因組序列，解壓（釀酒酵母YJM1338） 2.模...
-
一文看懂病原微生物檢測（下篇）
作者：biofan審稿：童蒙編輯：amethyst 繼一文看懂病原微生物檢測（上篇）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
-
實驗技術(shù)（2）——引物設(shè)計相關(guān)【進(jìn)入正題】 前面提到的幾個探究蛋白互作相關(guān)的實驗，其實第一步都需要構(gòu)建合適的質(zhì)粒，那么就少不了設(shè)計靠譜的引物了。 通常來說，引物的設(shè)計需要遵守一些基本的原則。這些原則很細(xì)，...
-
多個轉(zhuǎn)錄變體間保守序列的查找使用熒光定量PCR進(jìn)行真核物種的基因表達(dá)量研究時，經(jīng)常會遇到這樣一個問題：有些基因經(jīng)常存在多個轉(zhuǎn)錄變體，我該使用哪個轉(zhuǎn)錄本的序列進(jìn)行引物的設(shè)計呢？ 1 什么是轉(zhuǎn)錄變體 要搞清...
-
病原微生物檢測引物及探針設(shè)計
最近在搞一個PCR法病原微生物檢測產(chǎn)品的引物及探針設(shè)計項目，在進(jìn)行調(diào)研初步了解后，發(fā)現(xiàn)此項目重難點在于序列數(shù)據(jù)庫構(gòu)建及模板序列的挖掘。 序列數(shù)據(jù)庫構(gòu)建主要是因為數(shù)據(jù)量...
-
如何利用NR庫快速進(jìn)行物種鑒定
作者：charon審稿：童蒙編輯：angelica 引言 在做基因或者蛋白質(zhì)功能注釋的時候，NR數(shù)據(jù)庫包含非常重要的信息。但是有沒有人跟我一樣遇到相同的苦惱，就是在運行的時候...
-
更新NT數(shù)據(jù)庫的二三事最近被要求更新一下NT數(shù)據(jù)庫，然后踩了好多坑，想記錄下來，避免以后再犯。 首先去官網(wǎng)上直接下載nt.fasta（wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
-
探針尋找之旅（9）——BWA-aln比對短序列探針到基因組
BWA-aln簡介 BWA（Burrow-Wheeler Aligner），是一款將DNA序列mapping到參考基因組上的軟件，能夠?qū)⒉町惗容^小的序列比對到一個較大的參考基...
-
如何在blast結(jié)果中添加詳細(xì)的物種信息
之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息，沒有添加詳細(xì)的信息，添加種屬信息很簡單，只要結(jié)果里生成XML格式，之后轉(zhuǎn)化成xls格式就O...
-
PCR引物設(shè)計大法引物是PCR成功的關(guān)鍵因素之一，雖然PCR的穩(wěn)健性很強(qiáng)，有時讓人覺得似乎隨便用什么引物都能擴(kuò)增出來，但是精心設(shè)計的引物能夠明顯提升PCR的成功率，如果你經(jīng)常做PCR，這能為你...
-
論引物特異性的重要性，順便帶你看懂花花綠綠的結(jié)果寫在前面 常做分子實驗的小伙伴們，一定都離不開引物設(shè)計，其重要性我相信不用多說。而在我們設(shè)計引物的過程中，引物的特異性往往決定PCR的產(chǎn)物是否有雜帶，從而影響下游實驗，直接影...
-
根據(jù)引物定位PCR產(chǎn)物序列及基因組位置查閱文獻(xiàn)或者專利時，有一個序列是你非常需要，但是相關(guān)文獻(xiàn)/專利只提供了相關(guān)引物以及該引物所在基因名，并沒有提供可擴(kuò)增得到的具體序列以及位置信息，當(dāng)然可以進(jìn)行PCR實驗擴(kuò)增出目...
-
用blast進(jìn)行短序列（20nt左右）的搜索
一句話概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。 這段時間用blastn比較多，所以遇到這個問題...
-
本地化BLAST+進(jìn)行目標(biāo)序列比對舉個栗子??： 最近對擬南芥中的一個叫做CBF的基因非常感興趣，現(xiàn)在我想看看這個CBF基因在一個新測序的物種Am基因組上是否存在，Am中有幾個CBF基因？這樣的查找可以通過本地...
-
ARGs-OAP: 抗性基因在線分析工具ARGs_OAP_v2.0（步驟1）：https://github.com/biofuture/Ublastx_stageoneARGs-OAP在線分析網(wǎng)站（步驟2）： ht...
