好記性不如爛筆頭，溫故而知新。踏實(shí)一些，不要著急，你想要的歲月都會(huì)給你！
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從gtf文件提取lncRNA
先查看gtf注釋文件中的gene_biotype個(gè)數(shù) 用R提取 R包： refGenome下載地址： https://cran.r-project.org/src/contr...
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R語言 Bioconductor包的安裝指南
R語言 Bioconductor包的安裝指南 (2012-09-15 19:11:55) http://r-china.org/forum.php?mod=viewthrea...
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R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記簡(jiǎn)介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測(cè)序(scRNA-se...
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搬磚的工人<br>
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8年生物信息學(xué)經(jīng)驗(yàn)。曾參與腫瘤檢測(cè)與微生物項(xiàng)目，現(xiàn)為 Biotech AIDD工程師。分享硬核技術(shù)、行業(yè)洞察和學(xué)習(xí)路徑，助你掌握生物信息學(xué)前沿！
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生信阿拉丁，為實(shí)用而生
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ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡(jiǎn)單教程
大家好這里是有時(shí)候季更，有時(shí)候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生，公眾號(hào)：基因組學(xué)研究...
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隨筆記錄，方便查找；<br>歡迎掃碼交流
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ATAC-seq背景知識(shí) 真核生物的DNA并不是裸露的，而是會(huì)與組蛋白結(jié)合。DNA纏繞在組蛋白上，形成串珠式結(jié)構(gòu)，珠是組蛋白，線是DNA。這樣的結(jié)構(gòu)進(jìn)一步折疊，并在其它蛋白的輔助下形成染色質(zhì)...
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ATAC-Seq 數(shù)據(jù)分析（上）背景： 染色質(zhì)和染色體的結(jié)構(gòu)和功能 每一條染色單體由單個(gè)線性DNA分子組成。細(xì)胞核中的DNA是經(jīng)過高度有序的包裝，否則就是一團(tuán)亂麻，不利于DNA復(fù)制和表達(dá)調(diào)控。這種有序的狀態(tài)...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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Linux篇：shell中while read line的用法及實(shí)戰(zhàn)
01 前言 在shell腳本中，我們經(jīng)?？吹揭韵碌囊环N結(jié)構(gòu)： while read linedo…done < file 可能不熟悉shell的人看到這個(gè)會(huì)有點(diǎn)懵，其實(shí)這是s...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個(gè)公眾號(hào)也翻譯了這篇文章，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
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用泊松分布解釋 NGS 測(cè)序數(shù)據(jù)的 duplication 問題
tags： NGS duplication 不管從哪個(gè)角度看我們都希望測(cè)序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)中 duplicate 率盡量低。怎樣降低 duplicate 率？ 構(gòu)建文庫時(shí)，核酸提...
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討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)，只用知道一個(gè)分析的大致流程并完整跑下來即可。太多的細(xì)節(jié)，只會(huì)讓我們對(duì)于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
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生信坑底躺著不動(dòng)的男人<br>簡(jiǎn)書不常在，有問題可私信
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生信工作者。
