1、cellphoneBD Rstudio 前期準(zhǔn)備工作 2、CellPhoneDB python中運(yùn)行
IP屬地：上海
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@246c59066361 只能用star
teprof2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定轉(zhuǎn)座子融合嵌合轉(zhuǎn)錄本
參考資料 轉(zhuǎn)座因子（TE）是豐富的遺傳學(xué)資源，其中包含著大量的調(diào)控序列。在TE內(nèi)部存在著潛在的隱性調(diào)控元件，在生理和病理中這些元件可以被表觀(guān)遺傳學(xué)機(jī)制重新激活，從而影響疾病的...
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@你聽(tīng)得到 R語(yǔ)言代碼自己寫(xiě)的
繪制scenic的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖
其實(shí)我想畫(huà)這張圖，是scenic分析后轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控圖。 出自健明大佬分享的教程 我記得小潔老師講過(guò)ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)有類(lèi)似的圖。回去找了教程，看到ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和這個(gè)圖...
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@你聽(tīng)得到 單細(xì)胞Seurat分析細(xì)胞間的差異分析
Cytoscape可視化單細(xì)胞SCENIC結(jié)果：不同細(xì)胞類(lèi)型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡(luò)圖
運(yùn)行SCENIC參考文獻(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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LightGBM算法 & XGBoost算法對(duì)比分析
官方文檔https://lightgbm.readthedocs.io/en/latest/index.html（微軟開(kāi)源） 參考文檔：機(jī)器學(xué)習(xí)算法之LightGBMhttp...
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單一驗(yàn)證、k折交叉驗(yàn)證（特例：留一法（LOOCV））、交叉驗(yàn)證確定最優(yōu)超參數(shù)一、單一驗(yàn)證 1、單一訓(xùn)練集和測(cè)試集 最簡(jiǎn)單的樣本集劃分就是只有訓(xùn)練集和測(cè)試集，而沒(méi)有驗(yàn)證集，因此無(wú)法利用驗(yàn)證集反過(guò)來(lái)對(duì)模型參數(shù)進(jìn)行調(diào)整。只能先給定一組超參數(shù)C，然后訓(xùn)練得到...
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ggplot2的主題設(shè)置
ggplot2畫(huà)圖的時(shí)候有幾個(gè)默認(rèn)主題，畫(huà)圖的時(shí)候我們可以自己挑選一個(gè)喜歡的內(nèi)置主題，也可以自己設(shè)置。其中內(nèi)置主題有以下幾個(gè)，我們用iris數(shù)據(jù)集看一下效果： theme_b...
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細(xì)胞通訊-iTALK使用方法作者：ahworld鏈接：細(xì)胞通訊-iTALK使用方法來(lái)源：微信公眾號(hào)-seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)系作者。 什么是細(xì)胞通訊？ 多細(xì)胞生物由不同類(lèi)型的...
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Cytoscape可視化單細(xì)胞SCENIC結(jié)果：不同細(xì)胞類(lèi)型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡(luò)圖運(yùn)行SCENIC參考文獻(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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單細(xì)胞差異基因EnrichmentMap使用教程參考文獻(xiàn)[https://www.nature.com/articles/s41596-018-0103-9]EnrichmentMap分析有助于研究人員獲得從基因組規(guī)模產(chǎn)生...
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用R畫(huà)Circular barplot圖（環(huán)狀柱形圖）參考文章：可視化之circular barplot 之前利用WGCNA分析得到了一組感興趣的基因（WGCNA學(xué)習(xí)筆記），然后又用cytoscape軟件得到一個(gè)表，里面有每一個(gè)...
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【Cytoscape網(wǎng)絡(luò)圖繪制】摸索入門(mén)篇這個(gè)軟件就是為了繪制網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖，圈圖等等酷炫的圖片，例如這樣： Cytoscape官網(wǎng) 一、配置環(huán)境和安裝 安裝Java 11 Java 11下載地址 無(wú)腦點(diǎn)擊安裝，我這里手...
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scRNA-Seq | 單細(xì)胞功能注釋和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多個(gè)亞群各自marker基因聯(lián)合進(jìn)行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個(gè)細(xì)胞亞群的 marker 基因，接下來(lái)我們對(duì)這些marker基因進(jìn)行功能注釋和富集分析...
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nature級(jí)別圖表：一個(gè)注釋氣泡熱圖函數(shù)（適用于單細(xì)胞及普通數(shù)據(jù)）之前我們寫(xiě)過(guò)一個(gè)函數(shù)，主要是展示單細(xì)胞比例圖（nature級(jí)別圖表：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞比例統(tǒng)計(jì)可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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teprof2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定轉(zhuǎn)座子融合嵌合轉(zhuǎn)錄本參考資料 轉(zhuǎn)座因子（TE）是豐富的遺傳學(xué)資源，其中包含著大量的調(diào)控序列。在TE內(nèi)部存在著潛在的隱性調(diào)控元件，在生理和病理中這些元件可以被表觀(guān)遺傳學(xué)機(jī)制重新激活，從而影響疾病的...
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samtools view 使用小結(jié)整理高通量測(cè)序中使用的軟件。 samtools是常用的對(duì)sam/bam文件操作的工具，其中samtools view命令可以實(shí)現(xiàn)查看序列、sam-bam文件轉(zhuǎn)換、過(guò)濾序列等功...
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Chrome瀏覽器插件的寫(xiě)法
1. 什么是Chrome插件 Chrome插件是一個(gè)用Web技術(shù)開(kāi)發(fā)、用來(lái)增強(qiáng)瀏覽器功能的軟件，它其實(shí)就是一個(gè)由HTML、CSS、JS、圖片等資源組成的一個(gè).crx[http...
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PePr識(shí)別組蛋白修飾ChIP-seq差異峰+bed文件注釋
PePr相關(guān)內(nèi)容: 文章連接:NCBI - WWW Error Blocked Diagnostic[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2489...
