大佬把空轉(zhuǎn)的Seurat對象轉(zhuǎn)成Scanpy的Anndata對象我還是沒找到相應(yīng)的方法，能指點(diǎn)一下嗎，說個(gè)包名就行
從Scanpy的Anndata對象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫）2022-06-14關(guān)鍵字 Anndata對象轉(zhuǎn)成Seurat對象 h5文件讀寫 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補(bǔ)充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.itdecent.cn/p/48a6886...
太厲害了，跟你一樣試過那些軟件全都報(bào)錯，目前還有個(gè)小問題就是，我的空轉(zhuǎn)是多個(gè)樣本整合的數(shù)據(jù)，如果用這個(gè)代碼進(jìn)行重構(gòu)之后好像就區(qū)分不了不同的切片了，請問這個(gè)有辦法改進(jìn)嗎
從Scanpy的Anndata對象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫）2022-06-14關(guān)鍵字 Anndata對象轉(zhuǎn)成Seurat對象 h5文件讀寫 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補(bǔ)充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.itdecent.cn/p/48a6886...
按照這個(gè)方法還是報(bào)相同的錯誤，請問這是怎么回事啊
單細(xì)胞不同樣本數(shù)據(jù)整合-解決AnnData合并時(shí)ValueError: cannot reindex from a duplicate axis問題項(xiàng)目場景： 使用scanpy包進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析時(shí)，往往需要整合多個(gè)樣本的數(shù)據(jù)，也就是將多個(gè)AnnData對象合并為一個(gè)AnnData對象。 例如將adata_1和adata...
你好，我想請教一下，就是圖上四個(gè)角的點(diǎn)形狀順序一定要是這樣嗎，比如你左下角是個(gè)三角形的，但是我的三角形在右上角，這種可以嗎
10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium || 空間位置校準(zhǔn)Space Ranger 10X公司提供兩款空間轉(zhuǎn)錄組軟件，和單細(xì)胞對應(yīng)的軟件很相似，最大區(qū)別在于增加了空間信息的可視化。那么，如何將空間信息準(zhǔn)確定位以及如何將基因表達(dá)量準(zhǔn)確...
請問一下畫netVisual_circle的時(shí)候，圖形四周留白空間很大怎么辦呢，計(jì)算設(shè)置margin = 0.001都沒什么用
單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
請問一下多個(gè)樣本間的多個(gè)切片也是用相同的方式整合嗎
單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat-多樣本整合（淺談空間批次）單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞分析類似，不可避免的會遇到多樣本的問題，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析(Merge合并) 單細(xì)胞空間...
任何call體細(xì)胞突變的軟件都可以
SNP在染色體上的密度分布圖有兩種方法，先看比較簡單的一種： 結(jié)果： 第二種方法就比較復(fù)雜了，需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：一個(gè)是包含染色體長度的文件chr_length.txt，格式如下： 一個(gè)是包含各個(gè)基...
想請教一下，如果是想將多個(gè)物種的單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合到一起分析，目前用的比較多的是哪一種呢
sc-Review:物種間單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析TY - JOURAU - Shafer, Maxwell E. R.M3 - 10.3389/fcell.2019.00175TI - Cross-Species ...
請問xCell可以使用自定義的signature嗎
表達(dá)譜分析組織中細(xì)胞組分情況 --- CIBERSORT & xCell腫瘤微環(huán)境是近年來的研究熱點(diǎn)。復(fù)雜而動態(tài)的微環(huán)境中，腫瘤細(xì)胞與浸潤性免疫細(xì)胞、基質(zhì)細(xì)胞等相互作用，這在促進(jìn)或抑制腫瘤生長、侵襲、轉(zhuǎn)移以及對病人臨床預(yù)后方面可能具有多方面的影響...
請問一下為什么同樣的regulon會有extended呢，這個(gè)怎么理解呢，需要從結(jié)果中刪除嗎
SCENIC | 從單細(xì)胞數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞類型在2019/08/07的Nature刊中，中科院景乃禾課題組發(fā)表了文章——Molecular architecture of lineage allocation and t...
@江灣青年 使用的時(shí)候有時(shí)候網(wǎng)絡(luò)問題沒法做，就想著能不能把數(shù)據(jù)庫下下來本地運(yùn)行
生信筆記7-小鼠和人的基因名稱轉(zhuǎn)換
下載速度太慢了，有沒有好心人上傳百度云啊
GATK bundle 數(shù)據(jù)下載GATK 在官網(wǎng)中提供了resource bundle，里面包含了所需要的很多數(shù)據(jù)。目前提供FTP 和 Google Cloud bucket 2種下載方式，由于用不了Goo...
請問一下這個(gè)hs_hgnc_tfs.txt是什么文件，要從數(shù)據(jù)庫下載嗎
使用pyscenic進(jìn)行單細(xì)胞調(diào)控子計(jì)算注：pyscenic發(fā)表在Nature protocol上，題為：A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regula...
麻煩問一下樣本組之間的差異基因相關(guān)的配體-受體，程序一次只能針對一種細(xì)胞類型進(jìn)行DEG分析，但是您圖上為什么是好幾種細(xì)胞類型，這個(gè)是后續(xù)自己畫的嗎
細(xì)胞通訊-iTALK使用方法作者：ahworld鏈接：細(xì)胞通訊-iTALK使用方法來源：微信公眾號-seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 什么是細(xì)胞通訊？ 多細(xì)胞生物由不同類型的...
@周運(yùn)來就是我 感謝，已經(jīng)解決了
10X單細(xì)胞測序分析軟件:Cell ranger單細(xì)胞測序有著漫長的過去，卻只有短暫的歷史---誰說的！ 說她漫長是因?yàn)榈饺缃褚灿惺畮啄甑臍v史了，說她段短暫是因?yàn)獒槍渭?xì)胞的分析工具越來越有意義開發(fā)周期卻越來越短。一般生物...
請問一下，我現(xiàn)在有一個(gè)樣本，但是測了兩條lane，然后我將兩條lane的R1 R2分別合并，再運(yùn)行cellranger count，但是得到了這個(gè)錯誤Samples not detected among demultiplexed FASTQs，不同lane之間不能直接這樣合并再進(jìn)行count嗎
10X單細(xì)胞測序分析軟件:Cell ranger單細(xì)胞測序有著漫長的過去，卻只有短暫的歷史---誰說的！ 說她漫長是因?yàn)榈饺缃褚灿惺畮啄甑臍v史了，說她段短暫是因?yàn)獒槍渭?xì)胞的分析工具越來越有意義開發(fā)周期卻越來越短。一般生物...
