最近一段時間正在努力學習單細胞相關的理論知識，發(fā)現(xiàn)單細胞測序和普通的真核細胞的轉(zhuǎn)錄組非常相似。兩者之間的最大的區(qū)別在于，一個測的是單個細胞的表達，一個測的是一堆細胞的表達之和...
發(fā)簡信
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如何簡單快捷的進行單細胞分析 -
零代碼學生信第十一天-臨床特征的比較生信套路分析的文章中臨床表型的比較往往用來進一步襯托基于特征基因構(gòu)建的分子亞型或者是風險模型，更具有臨床意義，而這里的臨床意義更多的指的是，預后價值和診斷價值。 這里給大家介...
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零代碼復現(xiàn)5-CAF細胞的套路文章原文鏈接： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9537943/ 背景： 癌癥相關成纖維細胞 （CAF） 參與腫瘤生長、...
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零代碼學生信第十天-差異基因的富集分析在上一節(jié)我們介紹了如何做差異法分析，通過差異分析可以了解在不同處理組存在哪些差異基因，接下來，我們需要對了解這些差異基因參與哪些生物學過程，有哪些生物功能，這時候需要對差異基...
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零代碼學生信第九天-差異分析的可視化有哪些？前面學習怎么做差異分析，差異分析的R包是需要根據(jù)數(shù)據(jù)進行選擇的，前面我們提到了芯片數(shù)據(jù)一般用limma包做差異，高通量的二代測序如果是count數(shù)據(jù)（全是整數(shù)），可以選擇使用...
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零代碼學生信第八天-什么是差異分析？怎么做差異分析？提到差異分析，大家都不陌生，什么是差異分析呢？差異分析的目的是為了什么呢？怎么做差異分析呢？ 首先差異分析是什么？ 差異分析又可以被稱為差距分析，主要就是為了查看兩組之間影響...
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零代碼復現(xiàn)3-肝細胞癌Anoikis相關亞群的鑒定及預后模型網(wǎng)址：http://www.sxdyc.com/zeroCodeTool 文章解讀的鏈接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkxMjMxO...
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零代碼復現(xiàn)2-基于TGF-β個性化純生信套路經(jīng)過團隊內(nèi)部加班加點，終于零代碼復現(xiàn)2與大家見面了，零代碼2的分析，更側(cè)重于某一個特定的功能集，進行直接建模，這個功能集可以從文獻中挖掘，KEGG 的通路，疾病的相關功能，單...
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零代碼復現(xiàn)1-BNIP3作為識別實體瘤預后和診斷的潛在生物標志物本文復現(xiàn)的是一篇單基因泛癌的文章，原文鏈接： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10466744/ 本文分析并不難，主...
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零代碼學生信第六天-怎么構(gòu)建風險模型（二）目前101算法組合用來構(gòu)建風險模型的文章越來越多了，那么這種分析怎么做的呢？ http://www.sxdyc.com/prognosticmodel 需要上傳四個文件 第一...
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零代碼學生信第五天-怎么構(gòu)建風險模型（一）NCBI一搜腫瘤的分析風險模型作為不可或缺的一部分，幾乎是每一篇生信文章必不可少的部分，那么我們到底怎么理解模型呢？ 準確來說，模型分兩種，一種是診斷模型，一種是預后模型，我...
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零代碼學生信第四天-單/多變量cox分析在腫瘤數(shù)據(jù)挖掘中，單變量cox分析（單因素cox分析）和多變量cox分析（多因素cox分析）是非常重要的一個環(huán)節(jié)。他們的目的到底是什么了，之前看到他們在答疑群中經(jīng)常群主會回復...
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零代碼學生信第三天-什么是TIDE？作為一個腫瘤科的小主治來說，數(shù)據(jù)挖掘是一個不錯的選擇，在看了很多文章后，我發(fā)現(xiàn)，基本上所有的腫瘤生信文章中，不可避免的都有免疫分析，在分析的過程中，會將樣本進行分組，預后差的...
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零代碼學生信第二天-TIP是什么？在免疫分析中，生信豆芽菜提供了一個TIP預測免疫 TIP預測免疫 - 生信豆芽菜 - 專門做分析的生信平臺. (sxdyc.com) 他的操作其實很簡單，就是上傳一個表達譜數(shù)...
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零代碼學生信第一天-如何進行免疫浸潤分析作為一個底層打工人，一邊搞臨床，一邊學生信，真的很崩潰。最近發(fā)現(xiàn)零代碼學生信對于我們這樣的醫(yī)學生來說實在是太友好了，為此，我把每天學習的心得寫下來，也算一場美好的記錄吧！ 免...