近日，由中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院、浙江大學(xué)、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所等多家科研機(jī)構(gòu)聯(lián)合開發(fā)的SPDEv3.0 多學(xué)科整合數(shù)據(jù)分析平臺(tái)正式亮相，相關(guān)成果發(fā)表于國(guó)際權(quán)威期刊《...
IP屬地：遼寧
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植物科研效率迎來(lái) “加速度”！SPDEv3.0 重磅發(fā)布，全自動(dòng)化整合平臺(tái)破解多領(lǐng)域數(shù)據(jù)難題 -
SPDEv3.0---三小時(shí)內(nèi)完成基因家族的基本分析最近對(duì)SPDE完成了更新。在新的版本中，我進(jìn)一步提高了自動(dòng)化程度。在基因家族分析方面，可以在三個(gè)小時(shí)內(nèi)完成家族成員的識(shí)別、序列的提取、可視化等過程。下面是關(guān)于功能的基本介紹：...
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pfam文件的下載方法pfam本來(lái)有自己的官網(wǎng)（http://pfam-legacy.xfam.org/）。但這兩年pfam與interpro網(wǎng)站（https://www.ebi.ac.u...
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大佬有沒有遇到fastp過濾后，雙端序列個(gè)數(shù)不匹配的情況？該如何處理
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對(duì)及分析匯總（個(gè)人分析記錄貼）
0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來(lái)，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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@雨后漣漪 442167241到群（QQ）里來(lái)，在群文件中下載
如何使用SPDE進(jìn)行共線性分析（MCScanX）
在進(jìn)行共線性分析的時(shí)候需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：一個(gè)是blast文件，一個(gè)是gff文件。這兩個(gè)文件都是需要經(jīng)過相應(yīng)處理的。在這里還是稍微跟同學(xué)們說(shuō)一下原理：共線性的本質(zhì)其實(shí)就是找序列...
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@關(guān)敲柯 來(lái)群里吧854485483（QQ）
CIDP---啟動(dòng)子，基因全長(zhǎng)以及CDS序列提取
因?yàn)镃IDP需要目的序列，對(duì)于沒有生信基礎(chǔ)的同學(xué)來(lái)說(shuō)從基因組提取序列是一個(gè)相對(duì)痛苦的過程。所以給同學(xué)們?cè)O(shè)置了序列提取模塊。請(qǐng)同學(xué)們進(jìn)行軟件安裝以及命名文件夾和文件的時(shí)候避免使...
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大佬是否方便給個(gè)cmscan下載地址？
ncRNA注釋
簡(jiǎn)介 非編碼RNA(Non-coding RNA)指包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等不編碼蛋白質(zhì)的RNA，它們轉(zhuǎn)錄后直接在RNA 水平...
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CIDP---CRISPR sgRNA設(shè)計(jì)模塊
各位老師、同學(xué)，大家好，今天向大家推出一款我最新開發(fā)的、用于CRIPSR系統(tǒng)中sgRNA設(shè)計(jì)的軟件，CIDP。 還是老規(guī)矩，首先向同學(xué)們介紹為什么做這么一款軟件。 CRISP...
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CIDP---啟動(dòng)子，基因全長(zhǎng)以及CDS序列提取因?yàn)镃IDP需要目的序列，對(duì)于沒有生信基礎(chǔ)的同學(xué)來(lái)說(shuō)從基因組提取序列是一個(gè)相對(duì)痛苦的過程。所以給同學(xué)們?cè)O(shè)置了序列提取模塊。請(qǐng)同學(xué)們進(jìn)行軟件安裝以及命名文件夾和文件的時(shí)候避免使...
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CIDP---為sgRNA/guide RNA設(shè)計(jì)引物基本過程是設(shè)計(jì)完sgRNA后需要將sgRNA插入到載體序列中，這個(gè)時(shí)候就涉及到了插入哪個(gè)位點(diǎn)的問題。因?yàn)橥瑢W(xué)們手中可能有各種各樣的載體，所以在這里確實(shí)沒有辦法給同學(xué)們?cè)O(shè)置自動(dòng)...
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CIDP---CRISPR sgRNA設(shè)計(jì)模塊各位老師、同學(xué)，大家好，今天向大家推出一款我最新開發(fā)的、用于CRIPSR系統(tǒng)中sgRNA設(shè)計(jì)的軟件，CIDP。 還是老規(guī)矩，首先向同學(xué)們介紹為什么做這么一款軟件。 CRISP...
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基因組比對(duì)及T2T kmer可視化軟件---RAviz功能介紹老規(guī)矩，先和同學(xué)們介紹一下為什么要做這么一款軟件？基因組比對(duì)paf格式文件： 當(dāng)同學(xué)們需要進(jìn)行基因組層面的序列比較時(shí)，通常要面對(duì)如上所示的比對(duì)結(jié)果文件，這個(gè)文件可能有幾十萬(wàn)甚...
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@68e13bfc6728 我覺得是，也就是說(shuō)，如果你的序列不是cds序列，這個(gè)是用不了的
diamond & blast：DNA蛋白序列比對(duì)
導(dǎo)讀 用query基因、DNA序列、16S擴(kuò)增子序列、蛋白序列比對(duì)基因注釋、物種注釋 、基因功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)。Blast準(zhǔn)確性高，速度慢。Diamond速度更快，常用于二代測(cè)序...
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@朱橘橘 謝謝對(duì)SPDE感興趣，目前，SPDE已經(jīng)滿員兩個(gè)群，可加到第三個(gè)QQ群中：442167241
如何使用SPDE進(jìn)行基因家族分析---序列的獲取以及比對(duì)
看同學(xué)們掙扎在拿獎(jiǎng)學(xué)金、畢業(yè)和升學(xué)的路上而苦于沒有文章是時(shí)候給大家解決一下這個(gè)問題了。首先，我們需要解決的是序列的問題。我本身是做植物研究的，對(duì)植物較為了解，這幾個(gè)基因組網(wǎng)站...
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@e04031c50da8 加到群里吧，目前的版本已經(jīng)可以實(shí)現(xiàn)動(dòng)物的，在這里交流不太方便
GFAP---Transcription factor模塊
對(duì)于一些沒有生信基礎(chǔ)的同學(xué)來(lái)說(shuō)，想要從一堆未知功能的基因中挑選出想要的轉(zhuǎn)錄因子，可能還要花費(fèi)大量的時(shí)間成本去學(xué)習(xí)這個(gè)過程。而轉(zhuǎn)錄因子又在植物中起著非常重要的作用，因此又不得不...
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@4f6196e92c65 這不是獨(dú)立的軟件，是SPDE的功能之一，可以考慮加到群里
For circos模塊---circos文件的準(zhǔn)備
circos軟件在展示基因組信息方面具有十分重要的作用。關(guān)于該軟件的使用可以在網(wǎng)上找到很多教程，但關(guān)于如何準(zhǔn)備運(yùn)行circos所需要的文件則沒有軟件可以實(shí)現(xiàn)。因此，特意開發(fā)了...
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GFAP---pfam_go_kegg模塊后來(lái)發(fā)現(xiàn)，即便努力實(shí)現(xiàn)了各科代表物種的注釋，但在某些情況下還是直接注釋可能更方便些。于是對(duì)GFAP添加了一個(gè)新的模塊，該模塊直接用pfam, GO, KEGG官網(wǎng)數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋...
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請(qǐng)教大佬一個(gè)問題：比對(duì)結(jié)果里面標(biāo)注負(fù)鏈的，它對(duì)應(yīng)的位置信息是怎么算呢？是按照負(fù)鏈來(lái)還是按照正鏈來(lái)？minimap2有沒有自動(dòng)調(diào)整？
Minimap2比對(duì)隨筆
Minimap2是李恒大牛在2018年開發(fā)的針對(duì)于三代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)的工具，minimap2的優(yōu)勢(shì)是速度快，而且聽說(shuō)比對(duì)的結(jié)果也比較不錯(cuò)，不知道甩samtools幾條街；缺...
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@白菜罐 謝謝提問，這其實(shí)是個(gè)經(jīng)驗(yàn)值，一般認(rèn)為1e-5就差不多，這個(gè)值越小，代表?xiàng)l件越苛刻，出來(lái)的結(jié)果可能越準(zhǔn)確，但一般不會(huì)設(shè)太小，如果太小，有可能出現(xiàn)假陰性的情況
如何使用SPDE進(jìn)行基因家族分析---序列的獲取以及比對(duì)
看同學(xué)們掙扎在拿獎(jiǎng)學(xué)金、畢業(yè)和升學(xué)的路上而苦于沒有文章是時(shí)候給大家解決一下這個(gè)問題了。首先，我們需要解決的是序列的問題。我本身是做植物研究的，對(duì)植物較為了解，這幾個(gè)基因組網(wǎng)站...
