寫在前面 早些時候，TBtools中增加了唐海寶老師和王希胤老師早年的作品MCScan【注：當(dāng)然事實(shí)上是MCScanX】的GUI Wrapper。這個工具事實(shí)上適用于多基因組...
IP屬地：山東
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TBtools | 更靈敏但也準(zhǔn)確的串聯(lián)重復(fù)鑒定邏輯 -
矯正基因結(jié)構(gòu)注釋 - 做有良心的基因家族分析寫在前面 半個月前，我推了一個《任何人都能掌握-基因家族分析》的騰訊課程（原本事實(shí)是開給課題組）。在熱身課程（完全免費(fèi)）中，將我個人對基因家族分析的認(rèn)知和其意義均做了說明，感...
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windows下SRA Toolkit下載原始數(shù)據(jù)打臉時刻來了~~~~之前在Linux下用SRA Toolkit下載數(shù)據(jù)效果不好，所以，果斷的將它拉入了黑名單。但是最近下載數(shù)據(jù)，用windows版本的SRA Toolkit，...
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基因家族專題(1)：基礎(chǔ)知識與研究思路介紹
基因家族是最近比較火的一個研究話題，被稱為打開生物學(xué)問題百寶箱的鑰匙，接下里幾周抽時間和大家簡單分享一些我最近學(xué)到的東西。 基本概念介紹 基因家族（gene family），...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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隨筆 | 時時刻刻，有人在給你打分~
年輕時，一般不會明白為什么年長的總要提「態(tài)度」一詞。而事實(shí)上，這就是現(xiàn)實(shí)。無論一個人的內(nèi)心如何活動，思想如何，甚至是出發(fā)點(diǎn)如何，人們對他的評判最終只會基于他的行動，更或者說，...
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主要關(guān)注于脊椎動物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡書原賬號：WhyDoWeAge
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Batch SMART 最強(qiáng)序列特征[結(jié)構(gòu)域]預(yù)測軟件寫在前面 前天，在學(xué)位論文的完善中，有兩個疑似ERF成員始終令我困擾。植物轉(zhuǎn)錄因子中有個超家族AP2，包括兩個亞家族，一個也叫AP2，另一個叫ERF。前者往往含有兩個AP2結(jié)...
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如何在NCBI批量下載基因家族序列？在做生信下游基因分析的時候，我們通常需要下載興趣基因的序列信息構(gòu)建進(jìn)化書什么的，如果興趣基因比較少，那么可以直接在NCBI上搜索這個基因下載序列。但如果興趣基因很多，如果逐個...
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基因家族分析（1）數(shù)據(jù)準(zhǔn)備及軟件安裝基因組數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 進(jìn)行全基因水平的基因家族鑒定之前，需要準(zhǔn)備好一套基因組數(shù)據(jù)，基因組數(shù)據(jù)可以從公共數(shù)據(jù)庫下載，也可以根據(jù)基因組文獻(xiàn)提供的地址到指定網(wǎng)站進(jìn)行下載。一套完整的數(shù)據(jù)...
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如何使用SPDE進(jìn)行基因ID的批量替換以及基因ID的批量轉(zhuǎn)換最近有同學(xué)向我反映想要大規(guī)模替換基因ID實(shí)在太難。今天為大家提供SPDE的解決方案。順便嘮叨一句，SPDE是我在生信實(shí)踐過程中遇到問題以及解決問題的產(chǎn)物，如果有些問題我覺得大...
