寫在前面 早些時(shí)候,TBtools中增加了唐海寶老師和王希胤老師早年的作品MCScan【注:當(dāng)然事實(shí)上是MCScanX】的GUI Wrapper。這個(gè)工具事實(shí)上適用于多基因組...
寫在前面 早些時(shí)候,TBtools中增加了唐海寶老師和王希胤老師早年的作品MCScan【注:當(dāng)然事實(shí)上是MCScanX】的GUI Wrapper。這個(gè)工具事實(shí)上適用于多基因組...
寫在前面 半個(gè)月前,我推了一個(gè)《任何人都能掌握-基因家族分析》的騰訊課程(原本事實(shí)是開給課題組)。在熱身課程(完全免費(fèi))中,將我個(gè)人對(duì)基因家族分析的認(rèn)知和其意義均做了說(shuō)明,感...
打臉時(shí)刻來(lái)了~~~~之前在Linux下用SRA Toolkit下載數(shù)據(jù)效果不好,所以,果斷的將它拉入了黑名單。但是最近下載數(shù)據(jù),用windows版本的SRA Toolkit,...
基因家族是最近比較火的一個(gè)研究話題,被稱為打開生物學(xué)問題百寶箱的鑰匙,接下里幾周抽時(shí)間和大家簡(jiǎn)單分享一些我最近學(xué)到的東西。 基本概念介紹 基因家族(gene family),...
年輕時(shí),一般不會(huì)明白為什么年長(zhǎng)的總要提「態(tài)度」一詞。而事實(shí)上,這就是現(xiàn)實(shí)。無(wú)論一個(gè)人的內(nèi)心如何活動(dòng),思想如何,甚至是出發(fā)點(diǎn)如何,人們對(duì)他的評(píng)判最終只會(huì)基于他的行動(dòng),更或者說(shuō),...
寫在前面 前天,在學(xué)位論文的完善中,有兩個(gè)疑似ERF成員始終令我困擾。植物轉(zhuǎn)錄因子中有個(gè)超家族AP2,包括兩個(gè)亞家族,一個(gè)也叫AP2,另一個(gè)叫ERF。前者往往含有兩個(gè)AP2結(jié)...
在做生信下游基因分析的時(shí)候,我們通常需要下載興趣基因的序列信息構(gòu)建進(jìn)化書什么的,如果興趣基因比較少,那么可以直接在NCBI上搜索這個(gè)基因下載序列。但如果興趣基因很多,如果逐個(gè)...
基因組數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 進(jìn)行全基因水平的基因家族鑒定之前,需要準(zhǔn)備好一套基因組數(shù)據(jù),基因組數(shù)據(jù)可以從公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載,也可以根據(jù)基因組文獻(xiàn)提供的地址到指定網(wǎng)站進(jìn)行下載。一套完整的數(shù)據(jù)...
最近有同學(xué)向我反映想要大規(guī)模替換基因ID實(shí)在太難。今天為大家提供SPDE的解決方案。順便嘮叨一句,SPDE是我在生信實(shí)踐過程中遇到問題以及解決問題的產(chǎn)物,如果有些問題我覺得大...