做samtools mpileup過程中出現亂碼。 這個是samtools版本的問題，這版samtools不支持-o關鍵字，改成管道輸出。 bcftools filter有問...
發(fā)簡信
IP屬地：內蒙古
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2023-03-15 重測序pipeline遇到的問題
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2021-12-27 phenazine程序的修改
run.conf.ini文件中reference database一定要用blast所用的數據庫，否則會顯示key error。 all_genes_with_categor...
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Diamond的使用
https://zouhua.top/archives/504431cd.html[https://zouhua.top/archives/504431cd.html]
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ChIP-seq基礎入門理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學習新的高通量數據分析流程時已經不再考慮代碼應該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個技術的目的和意義。 轉錄組主要研究的問題是基因在不...
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conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過conda安裝，省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經常是安裝到崩潰的軟件，conda一行命令就搞定了。前兩天有個胖友問我gatk 3.8的版本在哪里...
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宏基因組數據分析流程代碼熊金波實驗室出品 整理歸納：Larry 本次學習使用的服務器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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如何用SnpEff構建數據庫
一般的物種數據庫可以通過下面命令查詢： java -jar /edisk1/program/snpEff/snpEff.jar databases | grep -i "pr...
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作物的連作障礙和作物病害的區(qū)別
連作障礙是指一塊土地中種植近緣或是同種植物一年以上，植物生長正常，那么在相同土地上如果再栽種這種作物，病害會顯著增加。通常，連作障礙不是由單一的植物病原引起的。植物病害是個更...
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你知道如何比較兩個VCF文件嗎？
最近工作中遇到需要比對兩個不同的VCF文件，看看兩個VCF文件中哪些變異位點是相同的，哪些是不同的。為了尋找解決辦法，于是求救Google，發(fā)現了一篇非常不錯的教程。于是今天...
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分子動力學模擬 對自由能畫圖
如何使用gnuplot：https://stackoverflow.com/questions/35818875/gnuplot-pm3d-with-contour-line...
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染色體上畫基因結構圖分布圖之gggenes2018-11-7 基因結構圖繪制之gggenes 最重要的包參考鏈接補上 https://github.com/wilkox/gggenes 安裝包 注意這里繪圖需要將Rs...
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基因組組裝----SPAdes(一)
關于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.itdecent.cn/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用，但是由于結果整體不...
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FastQC&Trimmomatic的安裝及使用用FastQC或Trimmomatic去接頭，低質量堿基 Fastqc 1、可直接對.fq.gz壓縮文件操作2、結果默認路徑生成在同文件的目錄下，生成的文件夾為XX_fast...
