日常瞎掰 ??最近在分析scRNA-seq的數(shù)據(jù)，三個樣本數(shù)據(jù)不大，用Seurat分析真的很香！奈何又要下載公共數(shù)據(jù)的樣本，這樣一搗騰，Seuart倒顯得有些力不從心了，何也...
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scanpy踩坑實錄 -
一文了解單細胞基因調控網(wǎng)絡（GRN）作者：ahworld鏈接：一文了解單細胞基因調控網(wǎng)絡（GRN）來源：微信公眾號著作權歸作者所有，任何形式的轉載都請聯(lián)系作者。 基因調控網(wǎng)絡（GRN）決定并維持cell-typ...
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RcisTarget || 從基因列表到調控網(wǎng)絡單細胞技術正在加強我們對細胞本身的理解。什么是細胞類型，不就是基因選擇性表達的結果嗎？而基因的選擇表達受到一系列的轉錄調控，在這個意義上，細胞命運背后的驅動力在于各自轉錄因子...
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pySCENIC的轉錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（一）
參考生信技能樹：pyscenic的轉錄因子分析結果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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SCENIC單細胞轉錄因子分析1. 簡介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一個基于共表達和motif分析，計...
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AUCell：在單細胞轉錄組中識別細胞對“基因集”的響應使用AUCell識別單細胞rna數(shù)據(jù)中具有活性“基因集”(i.e. gene signatures)的細胞。AUCell使用“曲線下面積”(Area Under the Cu...
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GENIE3——一款預測基因調控網(wǎng)絡的R包
在網(wǎng)上隨意瀏覽的時候，無意間發(fā)現(xiàn)另一種可以構建調控網(wǎng)絡的軟件，叫做GENIE3。這是一個R包，直接在R里運行。這款R包基于你的表達矩陣來推測基因之間的調控關系。 雖然共表達網(wǎng)...
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Seurat::DotPlot繪圖美化-facet方法添加X軸注釋標簽獲取Seurat氣泡圖的繪圖數(shù)據(jù) 創(chuàng)建x軸分類標簽注釋 將注釋添加到data.usage方便繪圖調用 根據(jù)需求重排y軸繪圖標簽順序 重繪氣泡圖并基于facet分面方法為x軸添...
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Permutation test（置換檢驗）以及在R中的應用Permutation test 可以稱作是置換檢驗，F(xiàn)isher于20世紀30年代提出的一種基于大量計算（computationally intensive），利用樣本數(shù)據(jù)...
