日常瞎掰 ??最近在分析scRNA-seq的數(shù)據(jù),三個樣本數(shù)據(jù)不大,用Seurat分析真的很香!奈何又要下載公共數(shù)據(jù)的樣本,這樣一搗騰,Seuart倒顯得有些力不從心了,何也...
日常瞎掰 ??最近在分析scRNA-seq的數(shù)據(jù),三個樣本數(shù)據(jù)不大,用Seurat分析真的很香!奈何又要下載公共數(shù)據(jù)的樣本,這樣一搗騰,Seuart倒顯得有些力不從心了,何也...
作者:ahworld鏈接:一文了解單細胞基因調控網(wǎng)絡(GRN)來源:微信公眾號著作權歸作者所有,任何形式的轉載都請聯(lián)系作者。 基因調控網(wǎng)絡(GRN)決定并維持cell-typ...
單細胞技術正在加強我們對細胞本身的理解。什么是細胞類型,不就是基因選擇性表達的結果嗎?而基因的選擇表達受到一系列的轉錄調控,在這個意義上,細胞命運背后的驅動力在于各自轉錄因子...
參考生信技能樹:pyscenic的轉錄因子分析結果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
1. 簡介 SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一個基于共表達和motif分析,計...
使用AUCell識別單細胞rna數(shù)據(jù)中具有活性“基因集”(i.e. gene signatures)的細胞。AUCell使用“曲線下面積”(Area Under the Cu...
在網(wǎng)上隨意瀏覽的時候,無意間發(fā)現(xiàn)另一種可以構建調控網(wǎng)絡的軟件,叫做GENIE3。這是一個R包,直接在R里運行。這款R包基于你的表達矩陣來推測基因之間的調控關系。 雖然共表達網(wǎng)...
獲取Seurat氣泡圖的繪圖數(shù)據(jù) 創(chuàng)建x軸分類標簽注釋 將注釋添加到data.usage方便繪圖調用 根據(jù)需求重排y軸繪圖標簽順序 重繪氣泡圖并基于facet分面方法為x軸添...
Permutation test 可以稱作是置換檢驗,F(xiàn)isher于20世紀30年代提出的一種基于大量計算(computationally intensive),利用樣本數(shù)據(jù)...