石河子大學(xué)第一附屬醫(yī)院泌尿外科副主任醫(yī)師
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IP屬地：廣東
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純純的ggplot2畫好看的柱狀圖，統(tǒng)計、分面如果你有一個表，有三列，一列數(shù)據(jù)，一列分組，一列組別 當(dāng)然也可以在柱狀圖上添加點，這樣的好處是可以看到原始數(shù)據(jù) 如果不想顯示具體的P值，還可以自動標星號， 里面加一句 當(dāng)然最...
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DESeq2差異基因分析和批次效應(yīng)移除差異基因鑒定 基因表達標準化 不同樣品的測序量會有差異，最簡單的標準化方式是計算counts per million (CPM)，即原始reads count除以總reads...
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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上海嘉因生物科技有限公司，表觀遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)領(lǐng)跑者，上海市高新技術(shù)企業(yè)，博士后流動站?？蒲蟹?wù)領(lǐng)域主要產(chǎn)品線：CUT&Tag/ChIP-seq，ATAC-seq，1微克MeRIP-seq， eccDNA-seq（環(huán)狀DNA測序），單細胞ATAC-seq和單細胞RNA-seq。在臨床檢測領(lǐng)域，團隊開發(fā)了一整套針對cfDNA甲基化的實驗檢測技術(shù)和數(shù)據(jù)分析技術(shù)，相關(guān)應(yīng)用產(chǎn)品正在臨床實驗階段。
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KEGG、GO富集分析與GSEA并不是二選一最廣為人知的富集分析做法是把上調(diào)、下調(diào)基因分別或者合并，拿來做GO和KEGG富集分析。經(jīng)常有一些數(shù)據(jù)集，拿差異基因做得不到結(jié)果，那是因為確實富集不到任何通路，是正常的。不妨試...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
