石河子大學(xué)第一附屬醫(yī)院泌尿外科副主任醫(yī)師
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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純純的ggplot2畫好看的柱狀圖，統(tǒng)計(jì)、分面如果你有一個(gè)表，有三列，一列數(shù)據(jù)，一列分組，一列組別 當(dāng)然也可以在柱狀圖上添加點(diǎn)，這樣的好處是可以看到原始數(shù)據(jù) 如果不想顯示具體的P值，還可以自動(dòng)標(biāo)星號(hào)， 里面加一句 當(dāng)然最...
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雖像駱駝一樣負(fù)重前行，仍懷揣夢(mèng)想。
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分享各種各樣的科研日常。
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DESeq2差異基因分析和批次效應(yīng)移除差異基因鑒定 基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化 不同樣品的測(cè)序量會(huì)有差異，最簡(jiǎn)單的標(biāo)準(zhǔn)化方式是計(jì)算counts per million (CPM)，即原始reads count除以總reads...
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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上海嘉因生物科技有限公司，表觀遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)領(lǐng)跑者，上海市高新技術(shù)企業(yè)，博士后流動(dòng)站?？蒲蟹?wù)領(lǐng)域主要產(chǎn)品線：CUT&Tag/ChIP-seq，ATAC-seq，1微克MeRIP-seq， eccDNA-seq（環(huán)狀DNA測(cè)序），單細(xì)胞ATAC-seq和單細(xì)胞RNA-seq。在臨床檢測(cè)領(lǐng)域，團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一整套針對(duì)cfDNA甲基化的實(shí)驗(yàn)檢測(cè)技術(shù)和數(shù)據(jù)分析技術(shù)，相關(guān)應(yīng)用產(chǎn)品正在臨床實(shí)驗(yàn)階段。
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KEGG、GO富集分析與GSEA并不是二選一最廣為人知的富集分析做法是把上調(diào)、下調(diào)基因分別或者合并，拿來做GO和KEGG富集分析。經(jīng)常有一些數(shù)據(jù)集，拿差異基因做得不到結(jié)果，那是因?yàn)榇_實(shí)富集不到任何通路，是正常的。不妨試...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
