原因:R包不兼容 randomForestSRC包在 3.0.0 版本(及更新版本)中進(jìn)行了重大更新,移除了 var.select 函數(shù)。但Mime 包是在舊版本環(huán)境下開發(fā)的...
原因:R包不兼容 randomForestSRC包在 3.0.0 版本(及更新版本)中進(jìn)行了重大更新,移除了 var.select 函數(shù)。但Mime 包是在舊版本環(huán)境下開發(fā)的...
標(biāo)準(zhǔn)的seurat流程可以這樣進(jìn)行,包括創(chuàng)建對(duì)象,標(biāo)準(zhǔn)化,尋找高突變特征,歸一化,聚類等 ①創(chuàng)建 Seurat 對(duì)象 首先要明白 Seurat 對(duì)象的構(gòu)成。Seurat 對(duì)象...
思考:來自運(yùn)來大佬的筆記(現(xiàn)在走的路都是大佬為我們鋪好的路,要學(xué)會(huì)珍惜!) 如何將空間數(shù)據(jù)與表達(dá)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)在一起? 有了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),如何與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)用? 做了多層切...
一、數(shù)據(jù)集準(zhǔn)備 參考數(shù)據(jù)集(reference ) 查詢數(shù)據(jù)集(query ) 參考數(shù)據(jù)集和查詢數(shù)據(jù)集整合之后的數(shù)據(jù)集(anchors) 建議數(shù)據(jù)集在使用前進(jìn)行Normali...
單細(xì)胞參考映射簡(jiǎn)介 在此教程中,我們首先構(gòu)建一個(gè)整合的參考集,然后演示如何利用此參考集來注釋新的查詢數(shù)據(jù)集。生成參考集可以參考該文[https://satijalab.org...
這一篇我們做一個(gè)詳細(xì)的總結(jié),周五了,疫情還沒結(jié)束,父母也都老了,有時(shí)候真的感覺身為兒子實(shí)在不孝,常年在外,回家很少,家里有點(diǎn)事父母也不會(huì)跟我這個(gè)兒子說,小病小災(zāi)的也舍不得去醫(yī)...
可視化Visualization Convert bam to BigWig 1. bam to bedGraph:bedGraph存放區(qū)間的坐標(biāo)軸信息和相關(guān)評(píng)分的文件,一共...
與傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比,單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)噪聲很大,使得單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)包含大量的dropout事件(導(dǎo)致基因表達(dá)量為0或接近0),即使是一些標(biāo)記(Marker)基因也有可能表達(dá)...
關(guān)于單細(xì)胞氣泡圖的做法,我們寫過很多很多,但是這些圖基本上都是利用Seurat提取了數(shù)據(jù),然后在ggplot2中完成的。因?yàn)镾eurat包中的DotPlot函數(shù)的底層就是gg...
Seurat 提取亞細(xì)胞群并畫出給定基因列表的Dotplot圖 代碼如下: scale.min max影響圓圈顯示大小 上下限cols = c("yellow","red")...
作為一個(gè)生物信息工程師,看到這樣的圖,請(qǐng)解釋。 為什么CD14+ Mono和 Memory CD4 T 有怎么多的點(diǎn),卻沒有小提琴呢? 那, 我們要看看作圖細(xì)節(jié)了。 可惜并...
參考: https://github.com/satijalab/seurat/issues/1511[https://github.com/satijalab/seurat...
前段時(shí)間,一個(gè)單細(xì)胞分析同行提問,發(fā)現(xiàn)AverageExpression()和通過aggregate計(jì)算得到的基因表達(dá)均值,兩者的結(jié)果是不一樣的,疑惑問題出在哪里。 這個(gè)問題...
五一學(xué)了一個(gè)新的分析方法-CIBERSORT,這個(gè)包其實(shí)很早就想學(xué)的,因?yàn)楝F(xiàn)在一般的單細(xì)胞文章的套路,很難不用到它,那么它能干什么呢?它能夠推測(cè)出bulk RNA每一個(gè)樣本中...
適用背景 雖然單細(xì)胞絕大多數(shù)時(shí)候都關(guān)注差異表達(dá)基因(DEG),但在分析中途會(huì)發(fā)現(xiàn)有些奇奇怪怪的基因會(huì)在所有細(xì)胞中都高表達(dá),所以這篇文章才寫了下面這個(gè)函數(shù)ave_top,用于選...
原理:Harmony需要輸入低維空間的坐標(biāo)值(embedding),一般使用PCA的降維結(jié)果。 這是一種將細(xì)胞投射到共享嵌入中的算法,其中細(xì)胞按細(xì)胞類型而不是特定于數(shù)據(jù)集的條...
應(yīng)該是上傳就分開
TCGA 拷貝數(shù)變異(CNV)–使用maftools讀取和匯總gistic輸出文件(三)讀取和匯總gistic輸出文件 maftools : Summarize, Analyze and Visualize MAF Files[https://rdrr.io/b...
zhuang_gj 3月-09-2021 從TCGA下載Masked Copy Number Segment 數(shù)據(jù)-----解壓后進(jìn)行處理 marker file數(shù)據(jù)下載和處...
estimate包可以通過RNA-seq的數(shù)據(jù)來計(jì)算標(biāo)本的免疫及機(jī)制評(píng)分,進(jìn)而評(píng)估腫瘤的純度,其原理通過特征的腫瘤的RNA-seq的signture來評(píng)估以上內(nèi)容,其輸入文件...