在查找了相當(dāng)一部分資料發(fā)現(xiàn)，NEGAHIT對于微生物的無參組裝比較適合，在SOAP denovo官網(wǎng)網(wǎng)頁都有說明。 安裝 使用conda直接安裝 然后檢查是否安裝成功： 使用...
IP屬地：江蘇
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MEGAHIT 微生物 de novo 組裝
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kmergenie 安裝及使用由于需要做微生物的De novo無參組裝，查了一些資料發(fā)現(xiàn)大多軟件需要先確定K值，而kmergenie能夠根據(jù)數(shù)據(jù)的得到最佳的K值，下邊記錄一下安裝過程 依賴： python...
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VCF通常用于記錄單個樣本的體細(xì)胞突變相關(guān)結(jié)果，MAF用于整合所有樣本的體細(xì)胞突變注釋結(jié)果
WGS變異分析后，下游進(jìn)行maftools分析
經(jīng)過WGS上游分析之后，會產(chǎn)生類似于樣本對應(yīng)的*_hg38_multianno.txt文件： 然后通過合并txt文件，調(diào)整數(shù)據(jù)，生成一個多樣本融合txt文件： 一、通過腳本合...
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WGS變異分析后，下游進(jìn)行maftools分析經(jīng)過WGS上游分析之后，會產(chǎn)生類似于樣本對應(yīng)的*_hg38_multianno.txt文件： 然后通過合并txt文件，調(diào)整數(shù)據(jù)，生成一個多樣本融合txt文件： 一、通過腳本合...
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服務(wù)器端部署網(wǎng)站上線
Step1: 首先把所有寫好的文件放在html這個文件夾中，然后上傳文件到服務(wù)器 Step2: 在服務(wù)器創(chuàng)建/var/www/html文件夾，并把上一步的文件轉(zhuǎn)移到這個文件夾...
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Bulk RNA-seq上游分析流程（Salmon）
轉(zhuǎn)錄組分析一般通過比對或非比對的方法對基因表達(dá)進(jìn)行定量，得到一個樣本-基因表達(dá)矩陣用于下游數(shù)據(jù)分析。下游分析通常是進(jìn)行差異表達(dá)分析，對差異基因進(jìn)行功能注視，如Gene Ont...
