會(huì)做實(shí)驗(yàn)的生物信息小蚊紙~~~
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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R使用筆記：ggplot2 & ggpubr 給boxplot添加significance levels本次筆記內(nèi)容：用ggpubr的stat_compare_means()給boxplot加上significant labels編寫(xiě)函數(shù)選擇P值小于某一值的pairs，并只在圖...
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conda安裝本地blast出現(xiàn)錯(cuò)誤
因?yàn)橐褂帽镜豣last 我從conda安裝，命令如下： conda install -c bioconda blast ##安裝過(guò)程如下： Collecting packa...
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R語(yǔ)言pheatmap熱圖色條控制小技巧本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語(yǔ)言的pheatmap包，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖，要求低值...
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宏基因組分析流程分析內(nèi)容如下圖所示： 具體分析步驟如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控，使用 kneaddata 軟件， 該軟件先調(diào)用 Trimmomatic 過(guò)濾數(shù)據(jù)，然后利用 bowtie2 或 bmtag...
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ggplot2繪圖學(xué)習(xí)-箱線圖和小提琴圖最近考種數(shù)據(jù)回來(lái)了，今年測(cè)得單株，本想用箱線圖表示，后來(lái)一并把小提琴圖也做了，順便做個(gè)筆記吧。 利用SUMIF對(duì)相同rowname數(shù)據(jù)合并 首先遇到了一個(gè)問(wèn)題，由于之前在收花...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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生信技能樹(shù)，生信菜鳥(niǎo)團(tuán)，jimmy
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R語(yǔ)言可視化學(xué)習(xí)筆記之添加p-value和顯著性標(biāo)記上篇文章中提了一下如何通過(guò)ggpubr包為ggplot圖添加p-value以及顯著性標(biāo)記,本文將詳細(xì)介紹。利用數(shù)據(jù)集ToothGrowth進(jìn)行演示 比較方法 R中常用的比較方...
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分子模擬和基因組學(xué)大雜燴，我們是生物信息愛(ài)好者，開(kāi)源，共享盡在生信雜談~ 請(qǐng)關(guān)注微信公眾號(hào)生信雜談（xiaoddrz）獲取更多原創(chuàng)精彩內(nèi)容！<br>若您只是做基因的可以通過(guò)右側(cè)文集篩選文章
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主要轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)
TRANSFAC 數(shù)據(jù)庫(kù) 有兩個(gè)版本，公開(kāi)版和專業(yè)版 JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù) JASPAR是收集有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合位點(diǎn)模體的最全面的公開(kāi)的數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)眾所包含的數(shù)據(jù)都經(jīng)...
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用Seurat移除細(xì)胞周期的影響
如何用Seurat去除細(xì)胞周期對(duì)下游分析的影響? 首先，我們基于G2/M和S期的標(biāo)志物表達(dá)給每個(gè)細(xì)胞賦值評(píng)分。這些標(biāo)志物集合與他們的表達(dá)水平應(yīng)當(dāng)成反比的關(guān)系，而且兩者都不表達(dá)...
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使用monocle包進(jìn)行pseudotime分析
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! monocle是一個(gè)專門(mén)用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的R包，提供了聚類，pseudotime, 差異分析等多種功能，該項(xiàng)目的網(wǎng)址如下 https://...
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實(shí)驗(yàn)記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時(shí)間分析概要 本文主要討論Seurat對(duì)象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對(duì)象導(dǎo)入②未經(jīng)過(guò)任何處理的Seurat對(duì)象...
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最近不常登陸簡(jiǎn)書(shū)，若評(píng)論問(wèn)題沒(méi)有及時(shí)回復(fù)，可以發(fā)郵件交流 bioinfortime@163.com
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Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)教程
這是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程，原文在這里，教程條理清晰，對(duì)我理解芯片數(shù)據(jù)分析流程幫助很大，就把它翻譯了過(guò)來(lái)。 ...
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中科院上海生科院碩博連讀生。<br>
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生信筆記收藏匯總
更新日期：2018/3/13 這里匯總一些生信分析和數(shù)據(jù)可視化相關(guān)的推文或筆記，為知筆記里存的東西太雜太亂，花了一天的時(shí)間初步整理了下。點(diǎn)擊跳轉(zhuǎn)的是為知筆記提供的鏈接，可能需...
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