本次筆記內(nèi)容:用ggpubr的stat_compare_means()給boxplot加上significant labels編寫(xiě)函數(shù)選擇P值小于某一值的pairs,并只在圖...
因?yàn)橐褂帽镜豣last 我從conda安裝,命令如下: conda install -c bioconda blast ##安裝過(guò)程如下: Collecting packa...
本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語(yǔ)言的pheatmap包,先生成隨機(jī)數(shù)據(jù): data1如下: 查看數(shù)據(jù)范圍: 使用上面的矩陣做熱圖,要求低值...
分析內(nèi)容如下圖所示: 具體分析步驟如下: 數(shù)據(jù)質(zhì)控,使用 kneaddata 軟件, 該軟件先調(diào)用 Trimmomatic 過(guò)濾數(shù)據(jù),然后利用 bowtie2 或 bmtag...
最近考種數(shù)據(jù)回來(lái)了,今年測(cè)得單株,本想用箱線圖表示,后來(lái)一并把小提琴圖也做了,順便做個(gè)筆記吧。 利用SUMIF對(duì)相同rowname數(shù)據(jù)合并 首先遇到了一個(gè)問(wèn)題,由于之前在收花...
擬時(shí)(pseudotime)分析,又稱細(xì)胞軌跡(cell trajectory)分析,通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程,在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
上篇文章中提了一下如何通過(guò)ggpubr包為ggplot圖添加p-value以及顯著性標(biāo)記,本文將詳細(xì)介紹。利用數(shù)據(jù)集ToothGrowth進(jìn)行演示 比較方法 R中常用的比較方...
TRANSFAC 數(shù)據(jù)庫(kù) 有兩個(gè)版本,公開(kāi)版和專業(yè)版 JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù) JASPAR是收集有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合位點(diǎn)模體的最全面的公開(kāi)的數(shù)據(jù)庫(kù),該數(shù)據(jù)庫(kù)眾所包含的數(shù)據(jù)都經(jīng)...
如何用Seurat去除細(xì)胞周期對(duì)下游分析的影響? 首先,我們基于G2/M和S期的標(biāo)志物表達(dá)給每個(gè)細(xì)胞賦值評(píng)分。這些標(biāo)志物集合與他們的表達(dá)水平應(yīng)當(dāng)成反比的關(guān)系,而且兩者都不表達(dá)...
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! monocle是一個(gè)專門(mén)用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的R包,提供了聚類,pseudotime, 差異分析等多種功能,該項(xiàng)目的網(wǎng)址如下 https://...
概要 本文主要討論Seurat對(duì)象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性,分兩種情況:①經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對(duì)象導(dǎo)入②未經(jīng)過(guò)任何處理的Seurat對(duì)象...
這是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程,原文在這里,教程條理清晰,對(duì)我理解芯片數(shù)據(jù)分析流程幫助很大,就把它翻譯了過(guò)來(lái)。 ...
更新日期:2018/3/13 這里匯總一些生信分析和數(shù)據(jù)可視化相關(guān)的推文或筆記,為知筆記里存的東西太雜太亂,花了一天的時(shí)間初步整理了下。點(diǎn)擊跳轉(zhuǎn)的是為知筆記提供的鏈接,可能需...