時(shí)值春節(jié),K攜妻去蘇州旅游。晚上睡前,妻愁眉不展。K問其原因,妻說(shuō)找不到人生的意義,于是開始了下面這段對(duì)話。 Q(代指妻):我覺得人生是沒有意義的,我每天過著重復(fù)的生活,越來(lái)...
周期性邊界總結(jié): 如果是單聚體, 則 trjconv -pbc mol -ur compact -center, -fit rot+trans 即可(或者嚴(yán)謹(jǐn)一點(diǎn),trjco...
應(yīng)該是坐標(biāo)位置或半徑之類的沒寫好吧,選的區(qū)域沒有包含口袋(全部都被氨基酸占據(jù)了)
用POVME3.0計(jì)算蛋白質(zhì)口袋和聚類https://github.com/POVME/POVME 首先按照教程安裝povme3.0,每次使用的時(shí)候,用一個(gè)單獨(dú)的python27環(huán)境,source 路徑/mini...
作者:小墨[http://blog.molcalx.com.cn/author/infomolcalx-com],如若轉(zhuǎn)載,請(qǐng)注明出處:《如何進(jìn)行虛擬篩選的方法學(xué)驗(yàn)證》htt...
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https://med.sina.com/article_detail_103_2_46000.html共價(jià)結(jié)合藥物的設(shè)計(jì)與開發(fā) 來(lái)源:藥渡[http://www.pharm...
蛋白質(zhì)是生物體結(jié)構(gòu)和功能的基本單位。研究蛋白質(zhì),有兩大類不同研究的思路。一種是分子生物學(xué)研究,其研究對(duì)象為大量的蛋白質(zhì)分子(例如western blotting中μg級(jí)別的上...
Jaghoori, M.M., Bleijlevens, B. & Olabarriaga, S.D. 1001 Ways to run AutoDock Vina for ...
Traditional Chinese Medicine Integrated Database[http://119.3.41.228:8000/tcmid/] 1. 什么...
首先介紹一下Prody可以做的事情: prody原始文獻(xiàn):ProDy: Protein Dynamics Inferred from Theory and Experimen...
網(wǎng)上下載winscp,putty 將putty安裝到winscp指定目錄 如何設(shè)置通過winscp免密碼登錄putty? xmanager 是收費(fèi)軟件,查找軟件包名字NetS...
總結(jié): step1. MGLtools 蛋白質(zhì)Edit——加polar H,加Kollman電荷后,Grid——Macromolecule——choose,自動(dòng)保存pro1....
@艾諾薇拉 我看了一眼,gmx clustsize 計(jì)算的是氣相中分子或者原子的聚類,我用不到?jīng)]有實(shí)踐過,要是需要可以自己試一遍,cluster我也是通過嘗試學(xué)習(xí)的
gmx cluster命令學(xué)習(xí)全文總結(jié) gmx_mpi cluster -f md_*_mol.xtc -s md_*.tpr -method gromos -o rmsd-clust_*.xpm -g ...
總結(jié) gmx rms -f *.xtc -s *.tpr -o *_rmsd.xvg -m *_rmsd.xpm -tu ns gmx rmsf-f *.xtc -s *.t...
xpm文件是矩陣格式,刪除上方的注釋后,可以用Irfanview打開,But沒有注釋Label,沒有xy軸label,而且顏色也不好(黑白,而且感覺不到80level),需要...
全文總結(jié) gmx_mpi cluster -f md_*_mol.xtc -s md_*.tpr -method gromos -o rmsd-clust_*.xpm -g ...
首先,我建議先登錄Linux系統(tǒng),查看一下Linux掛載的盤,記錄下來(lái),sudo fdisk -l ,我的電腦顯示為: 1. 檢查自己的電腦BIOS是 Legacy和UEFI...