時(shí)值春節(jié)，K攜妻去蘇州旅游。晚上睡前，妻愁眉不展。K問其原因，妻說(shuō)找不到人生的意義，于是開始了下面這段對(duì)話。 Q（代指妻）：我覺得人生是沒有意義的，我每天過著重復(fù)的生活，越來(lái)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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我是一名醫(yī)務(wù)工作者，退休后看看書，刻意提筆寫作，現(xiàn)在愿做一名寫作小學(xué)生，把文章分享給大家！
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gmx trjconv pbc 周期性邊界處理周期性邊界總結(jié)： 如果是單聚體， 則 trjconv -pbc mol -ur compact -center, -fit rot+trans 即可（或者嚴(yán)謹(jǐn)一點(diǎn)，trjco...
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應(yīng)該是坐標(biāo)位置或半徑之類的沒寫好吧，選的區(qū)域沒有包含口袋（全部都被氨基酸占據(jù)了）
用POVME3.0計(jì)算蛋白質(zhì)口袋和聚類
https://github.com/POVME/POVME 首先按照教程安裝povme3.0，每次使用的時(shí)候，用一個(gè)單獨(dú)的python27環(huán)境，source 路徑/mini...
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如何進(jìn)行虛擬篩選的方法學(xué)驗(yàn)證【轉(zhuǎn)載】作者：小墨[http://blog.molcalx.com.cn/author/infomolcalx-com]，如若轉(zhuǎn)載，請(qǐng)注明出處：《如何進(jìn)行虛擬篩選的方法學(xué)驗(yàn)證》htt...
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用POVME3.0計(jì)算蛋白質(zhì)口袋和聚類
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共價(jià)結(jié)合藥物的設(shè)計(jì)與開發(fā)【轉(zhuǎn)載】https://med.sina.com/article_detail_103_2_46000.html共價(jià)結(jié)合藥物的設(shè)計(jì)與開發(fā) 來(lái)源：藥渡[http://www.pharm...
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蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué):一門與分子生物學(xué)互補(bǔ)的知識(shí)[轉(zhuǎn)載]蛋白質(zhì)是生物體結(jié)構(gòu)和功能的基本單位。研究蛋白質(zhì)，有兩大類不同研究的思路。一種是分子生物學(xué)研究，其研究對(duì)象為大量的蛋白質(zhì)分子(例如western blotting中μg級(jí)別的上...
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[文獻(xiàn)學(xué)習(xí)] 運(yùn)行AutoDock Vina進(jìn)行虛擬篩選的1001種方法Jaghoori, M.M., Bleijlevens, B. & Olabarriaga, S.D. 1001 Ways to run AutoDock Vina for ...
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中草藥數(shù)據(jù)庫(kù) TCMID、SymMap、YaTCM、TCMSPTraditional Chinese Medicine Integrated Database[http://119.3.41.228:8000/tcmid/] 1. 什么...
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用VMD分析蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)——Prody的使用（Normal mode analysis）首先介紹一下Prody可以做的事情： prody原始文獻(xiàn)：ProDy: Protein Dynamics Inferred from Theory and Experimen...
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軟件安裝：winscp/putty/xmanager 安裝網(wǎng)上下載winscp，putty 將putty安裝到winscp指定目錄 如何設(shè)置通過winscp免密碼登錄putty？ xmanager 是收費(fèi)軟件，查找軟件包名字NetS...
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Autodock vina 和MGL tools linux版本操作（命令行操作）總結(jié)： step1. MGLtools 蛋白質(zhì)Edit——加polar H，加Kollman電荷后，Grid——Macromolecule——choose，自動(dòng)保存pro1....
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@艾諾薇拉 我看了一眼，gmx clustsize 計(jì)算的是氣相中分子或者原子的聚類，我用不到?jīng)]有實(shí)踐過，要是需要可以自己試一遍，cluster我也是通過嘗試學(xué)習(xí)的
gmx cluster命令學(xué)習(xí)
全文總結(jié) gmx_mpi cluster -f md_*_mol.xtc -s md_*.tpr -method gromos -o rmsd-clust_*.xpm -g ...
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gmx rms rmsf rmsdist總結(jié) gmx rms -f *.xtc -s *.tpr -o *_rmsd.xvg -m *_rmsd.xpm -tu ns gmx rmsf-f *.xtc -s *.t...
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gromacs xpm eps文件查看xpm文件是矩陣格式，刪除上方的注釋后，可以用Irfanview打開，But沒有注釋Label，沒有xy軸label，而且顏色也不好（黑白，而且感覺不到80level），需要...
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gmx cluster命令學(xué)習(xí)全文總結(jié) gmx_mpi cluster -f md_*_mol.xtc -s md_*.tpr -method gromos -o rmsd-clust_*.xpm -g ...
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Win10和Linux雙系統(tǒng)電腦，如何刪除Linux首先，我建議先登錄Linux系統(tǒng)，查看一下Linux掛載的盤，記錄下來(lái)，sudo fdisk -l ，我的電腦顯示為： 1. 檢查自己的電腦BIOS是 Legacy和UEFI...
