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基因長度并不是end-start需求 tpm、fpkm這樣的數(shù)據(jù)，計(jì)算公式里都有“基因有效長度”，有些地方直接叫基因長度。之前計(jì)算這些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把這部分逐漸加到課程里，我就必須要...
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【陳巍學(xué)基因-5】單細(xì)胞mRNA測序歡迎關(guān)注公眾號：oddxix單細(xì)胞mRNA測序一直是科學(xué)家關(guān)注的一個熱點(diǎn)。目前市場主要有2種建庫方法，分別是Clontech公司推出的SMART法，和EpiCentre公司推...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞mRNA測序，需要解決2個難題：1. 一個人類細(xì)胞中，RNA總量大約只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
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你要的單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本建庫方案：smart-seq3來了
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 01 背景介紹 目前在NGS的科技服務(wù)市場上單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和三代是最火的兩個方向，也是由于工業(yè)技術(shù)升級帶來的研究的新方向和新視野（...
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Linux下gz文件解壓
gz文件是一種壓縮文件，以.gz或者.tar.gz（.tgz）為擴(kuò)展名，在Linux下常見，可以直接解壓使用這種壓縮文件。 .gz文件解壓如果是以.gz擴(kuò)展名結(jié)尾的gz文件，...
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預(yù)測差異表達(dá)基因集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控子的工具-Lisa劉小樂老師課題組發(fā)布了一個用于預(yù)測差異表達(dá)或共表達(dá)基因集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控子的工具Lisa文章為：《Lisa: inferring transcriptional regulator...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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生信地基系列--MACS3 Call peaks隨著測序技術(shù)的改進(jìn)，染色質(zhì)免疫沉淀后的高通量測序（ChIP-Seq）在研究全基因組蛋白質(zhì)-DNA相互作用方面越來越流行。為了解決缺乏強(qiáng)大的ChIP-Seq分析方法的問題，我們...
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ChIP-seq基礎(chǔ)入門理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個技術(shù)的目的和意義。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
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宏轉(zhuǎn)錄組分析：SortMeRNA鑒定過濾rRNA導(dǎo)讀 轉(zhuǎn)錄組測序一般期望得到的是mRNA的信息，但是總RNA當(dāng)中絕大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是無用的，所以需要去除總RNA中的rRNA，獲得較純的mRNA。真核生...
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生信雜談：去除rRNA走的歪路-Soremerna 和 rRNAfilter在我們處理轉(zhuǎn)錄組或宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時，去除rRNA數(shù)據(jù)是比較重要的環(huán)節(jié)之一，為什么呢？ 因?yàn)閞RNA（核糖體 RNA）是基因組中高度豐富和保守的成分，不能為轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究提供有用的...
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為什么說FPKM和RPKM都錯了？
這本是三年多之前我發(fā)在公眾號上的一篇舊文，一些偶然的機(jī)會，發(fā)現(xiàn)不少朋友也在討論這個問題，因此我重新做了梳理并發(fā)出來。這樣的討論是有益的，放在今天也不過時，我也愿意和更多的朋友...
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R包sva去除批次效應(yīng)關(guān)于sva包 sva的用戶說明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
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為什么要以數(shù)據(jù)庫的思維來理解單細(xì)胞數(shù)據(jù)在我們涉足單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會發(fā)現(xiàn)，我們在和一套新的理念打交道。在這套理念中，對象是常見的，數(shù)據(jù)是多維的，往往是一張核心表及其附屬。我們對一張表是熟悉的，Excel極大...
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【單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析-1】認(rèn)識Seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作一文了解單細(xì)胞對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)， 內(nèi)容構(gòu)成，對象的調(diào)用、操作，常見函數(shù)的應(yīng)用等。 1. 單細(xì)胞seu...
