最近正式踏入全新賽道，此前一直做科研服務(wù)工作，如今加入mRNA疫苗企業(yè)，一切都要從零開(kāi)始系統(tǒng)學(xué)習(xí)。我始終相信，最好的學(xué)習(xí)方式就是持續(xù)輸出，因此后續(xù)會(huì)在公眾號(hào)定期更新mRNA疫...
發(fā)簡(jiǎn)信
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從零學(xué) mRNA 疫苗 | 全流程核心知識(shí)點(diǎn)總結(jié)（序列優(yōu)化、LNP優(yōu)化、作用機(jī)制） -
一文讀懂PDB格式 protein database bank
最近在做分子對(duì)接和分子模擬，涉及到了一些盲區(qū)，必去pdb文件是按照列位數(shù)儲(chǔ)存信息的，跟其他文件的空格或者制表符分割很不同，所以也可能出現(xiàn)一些錯(cuò)誤，比如信息錯(cuò)位，因此有必要了深...
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三行代碼搞定AutoDock Vina批量分子對(duì)接分子對(duì)接是藥物發(fā)現(xiàn)和蛋白研究中的核心步驟，但傳統(tǒng)流程中，從分子下載、軟件配置到結(jié)果分析，往往需要繁瑣的操作和大量參數(shù)調(diào)試，讓新手望而卻步。 今天就給大家分享一套極簡(jiǎn)方案——用...
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大隊(duì)列CT胰腺癌PANDA 模型 醫(yī)生結(jié)合AI后，病灶檢測(cè)靈敏度提升 8.5%，胰腺癌識(shí)別靈敏度提升 20.5%，住院醫(yī)師性能接近專(zhuān)家水平胰腺癌（PDAC）因早期難發(fā)現(xiàn)、預(yù)后極差被稱(chēng)為“癌王”，多數(shù)患者確診時(shí)已處于晚期，錯(cuò)失手術(shù)機(jī)會(huì)。近期，《Nature Medicine》發(fā)表的一項(xiàng)研究顯示，中國(guó)團(tuán)隊(duì)研發(fā)的AI...
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最新影像組學(xué)多模態(tài)模型預(yù)測(cè)肺癌新輔助免疫化療 作者開(kāi)源模型 可以用于自己研究中直接提取特征或者經(jīng)過(guò)微調(diào)后再提取特征2024年一項(xiàng)發(fā)表于《Journal for ImmunoTherapy of Cancer》的多中心研究顯示，通過(guò)術(shù)前平掃+增強(qiáng)CT構(gòu)建的深度學(xué)習(xí)模型（LUNAI-fCT）...
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CIRCexplorer3 | 踩坑之路
創(chuàng)建circexplorer3環(huán)境 python版本需為2.7+ 軟件版本問(wèn)題 注意：Samtools=0.1.18.0，Bowtie=1.0.0.0，tophat=2.0....
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一文掌握最新版本Monocle3單細(xì)胞軌跡（擬時(shí)序）分析許多大佬的軟件想要構(gòu)建一個(gè)大而美的生態(tài)，從 monocle2 開(kāi)始就能做單細(xì)胞的質(zhì)控、降維、分群、注釋這一系列的分析，但不幸的是我們只知道 monocle 系列還是主要做擬時(shí)...
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SeuratExtend 可視化教程（1）：?jiǎn)渭?xì)胞分析的高顏值繪圖指南在單細(xì)胞RNA測(cè)序分析中，可視化是揭示數(shù)據(jù)背后生物學(xué)模式的關(guān)鍵步驟。Seurat作為單細(xì)胞分析的主流工具，雖然功能強(qiáng)大，但在可視化方面仍有提升空間。今天就為大家介紹Seura...
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手把手教你構(gòu)建人+EBV融合基因組：10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組定量參考文件制作全攻略
在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究中，參考基因組的質(zhì)量直接決定了基因定量的準(zhǔn)確性。對(duì)于研究 Epstein-Barr 病毒（EBV）相關(guān)疾?。ㄈ?Burkitt 淋巴瘤、鼻咽癌等）的科研人員...
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100個(gè)GEO基因表達(dá)芯片或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理27 GSE83456寫(xiě)在前邊 雖然現(xiàn)在是高通量測(cè)序的時(shí)代，但是GEO、ArrayExpress等數(shù)據(jù)庫(kù)儲(chǔ)存并公開(kāi)大量的基因表達(dá)芯片數(shù)據(jù)，還是會(huì)有大量的需求去處理芯片數(shù)據(jù)，并且建?；蝌?yàn)證自己所研究...
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100個(gè)GEO基因表達(dá)芯片或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理26 GSE28623100個(gè)GEO基因表達(dá)芯片或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理 寫(xiě)在前邊 雖然現(xiàn)在是高通量測(cè)序的時(shí)代，但是GEO、ArrayExpress等數(shù)據(jù)庫(kù)儲(chǔ)存并公開(kāi)大量的基因表達(dá)芯片數(shù)據(jù)，還是會(huì)有大量的...
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CibersortX的替代者BayesPrism用單細(xì)胞數(shù)據(jù)去卷積得到普通轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞類(lèi)型比例CibersortX網(wǎng)站是常用的工具，但是是網(wǎng)頁(yè)上傳數(shù)據(jù)，現(xiàn)在網(wǎng)頁(yè)503打不開(kāi)，而B(niǎo)ayesPrism在PMID: 37717006[https://pubmed.ncbi....
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單細(xì)胞分析揭示鼻咽癌微環(huán)境中免疫逃逸的多種模式嘗試換一種文獻(xiàn)閱讀筆記分享方式，只記錄重要結(jié)論，新技術(shù)，新方法，新知識(shí) 主要發(fā)現(xiàn) 鼻咽癌免疫逃逸的三種模式 部分腫瘤細(xì)胞降低MHC表達(dá)。 腫瘤細(xì)胞的主要組織相容性復(fù)合體（MH...
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100個(gè)GEO基因表達(dá)芯片或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理GSE21257(009)100個(gè)GEO基因表達(dá)芯片或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理 寫(xiě)在前邊 雖然現(xiàn)在是高通量測(cè)序的時(shí)代，但是GEO、ArrayExpress等數(shù)據(jù)庫(kù)儲(chǔ)存并公開(kāi)大量的基因表達(dá)芯片數(shù)據(jù)，還是會(huì)有大量的...
