@網(wǎng)文備份轉(zhuǎn)word 確實，當(dāng)時的筆記已經(jīng)過期太久啦，這都4年了哈哈
TCGAbiolinks包報錯：“Can't subset columns past the end”2022年4月，TCGA數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了一次更新，原來的HT-RNASeq數(shù)據(jù)被替換成了Star-RNASeq，這導(dǎo)致原有的TCGAbiolinks包能正常下載數(shù)據(jù)，但是不能用G...
安裝WSL 在Windows Power Shell中 然后安裝Node.js, git安裝完成后進(jìn)行驗證 如果npm -v報錯： 說明是執(zhí)行策略禁止了。需要修改執(zhí)行策略。以...
今天繪制森林圖遇到了這樣一個報錯： 不知道是哪里出了問題。找了一圈沒找到原因。最后無意中發(fā)現(xiàn)是因為傳入的data參數(shù)的格式要求。原本的表格預(yù)處理流程： 此時這個表格是一個tb...
EMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析。EMMAX認(rèn)為，每一個SNP對復(fù)雜性狀的解釋率都很低，每個組件的方差在運算中...
報錯無法構(gòu)建SimpleITK包 處理辦法比較簡單，安裝一個較低版本的SimpleITK即可，實測1.2.4可用。 該報錯處理過程來自CSDN博主@荷花姨[https://b...
處理大量醫(yī)學(xué)影像的時候，可能會夾雜一些非CT或者M(jìn)RI的影像，從而導(dǎo)致批量的循環(huán)報錯，比如在一堆CT中摻雜了一個重建圖像： 通過讀取文件的header可以看到nii的shap...
示例代碼如下： 輸出的結(jié)果如下： 總結(jié)一下，內(nèi)連接就是取交集，外連接取并集，左連接和右連接是按其中某個的行去merge。
哪一步出的錯？哪個函數(shù)？
R語言ESTIMATE包報錯在運行ESTIMATE包的時候，需要先把表達(dá)矩陣輸出成txt，然后運行filterCommonGenes函數(shù)，轉(zhuǎn)換成gct文件，在轉(zhuǎn)換這一步總是報錯，錯誤提示是： 排除了變量...
一、認(rèn)識轉(zhuǎn)錄組 RNA作為基因組和蛋白質(zhì)組之間的鏈接部分，是分子生物學(xué)中獨特的核心活動。轉(zhuǎn)錄組測序是分析某一組織中的全部RNA的表達(dá)量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
做病理組學(xué)研究，需要安裝和導(dǎo)入openslide包，但是這個包比較特殊，安裝起來比較麻煩。記錄如下。 安裝 最開始通過conda安裝，換了幾個channel都沒有找到，最后只...
掃描端口 下載好Xshell后，再下載安裝一個nmap插件。下載地址： 安裝完成后，打開shell，不用登錄服務(wù)器，直接在本地運行命令 -p 參數(shù)在nmap里意思是掃描指定的...
連接服務(wù)器 通過xshell連接到服務(wù)器。 配置環(huán)境并安裝依賴 在xshell中新建一個環(huán)境 創(chuàng)建完環(huán)境后，需要執(zhí)行conda init命令來初始化shell，隨后注銷并重新...
@凡夫俗子張之維 你要不就在重采樣的image上勾畫，要不就勾畫完之后把mask和image再配準(zhǔn)一下
pyradiomics報錯“Inputs do not occupy the same physical space”今天遇到pyradiomics的一個新報錯，記錄一下還是在提取特征的時候，彈出了報錯： 關(guān)鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
@凡夫俗子張之維 你這個好像是mask和image沒配準(zhǔn)？
pyradiomics報錯“Inputs do not occupy the same physical space”今天遇到pyradiomics的一個新報錯，記錄一下還是在提取特征的時候，彈出了報錯： 關(guān)鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
@zzg_60df 我也是校園網(wǎng)，但是沒掛梯子，如果是這樣的話，會不會是包的原因？您這個curl包的版本號是多少？要不要考慮把這個包卸了重新裝一下？如果還是解決不了，并且您不嫌麻煩的話，不妨試一下把R、Rstudio和Rtools全都卸掉重新裝一遍，之前我KEGG報錯一直解決不了，重新卸了所有依賴包，清空了所有緩存，從頭開始裝，最后搞定了，我水平有限只能想到這個笨辦法了哈哈
R語言biomart包獲取小鼠的基因長度接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
@zzg_60df 我今天試了一下，沒有遇到您這個報錯，不過我的host是ensemble.org，具體代碼如下：
bmart <- useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
dataset = "hsapiens_gene_ensembl",
host = "www.ensembl.org")
您能用瀏覽器打開ensemble.org么？是校園網(wǎng)么？
R語言biomart包獲取小鼠的基因長度接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
是哪一步報錯的呢？好奇怪啊這個報錯
R語言biomart包獲取小鼠的基因長度接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...