@網(wǎng)文備份轉(zhuǎn)word 確實(shí)，當(dāng)時(shí)的筆記已經(jīng)過(guò)期太久啦，這都4年了哈哈
TCGAbiolinks包報(bào)錯(cuò)：“Can't subset columns past the end”2022年4月，TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了一次更新，原來(lái)的HT-RNASeq數(shù)據(jù)被替換成了Star-RNASeq，這導(dǎo)致原有的TCGAbiolinks包能正常下載數(shù)據(jù)，但是不能用G...
安裝WSL 在Windows Power Shell中 然后安裝Node.js, git安裝完成后進(jìn)行驗(yàn)證 如果npm -v報(bào)錯(cuò)： 說(shuō)明是執(zhí)行策略禁止了。需要修改執(zhí)行策略。以...
今天繪制森林圖遇到了這樣一個(gè)報(bào)錯(cuò)： 不知道是哪里出了問(wèn)題。找了一圈沒(méi)找到原因。最后無(wú)意中發(fā)現(xiàn)是因?yàn)閭魅氲膁ata參數(shù)的格式要求。原本的表格預(yù)處理流程： 此時(shí)這個(gè)表格是一個(gè)tb...
EMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個(gè)代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析。EMMAX認(rèn)為，每一個(gè)SNP對(duì)復(fù)雜性狀的解釋率都很低，每個(gè)組件的方差在運(yùn)算中...
報(bào)錯(cuò)無(wú)法構(gòu)建SimpleITK包 處理辦法比較簡(jiǎn)單，安裝一個(gè)較低版本的SimpleITK即可，實(shí)測(cè)1.2.4可用。 該報(bào)錯(cuò)處理過(guò)程來(lái)自CSDN博主@荷花姨[https://b...
處理大量醫(yī)學(xué)影像的時(shí)候，可能會(huì)夾雜一些非CT或者M(jìn)RI的影像，從而導(dǎo)致批量的循環(huán)報(bào)錯(cuò)，比如在一堆CT中摻雜了一個(gè)重建圖像： 通過(guò)讀取文件的header可以看到nii的shap...
示例代碼如下： 輸出的結(jié)果如下： 總結(jié)一下，內(nèi)連接就是取交集，外連接取并集，左連接和右連接是按其中某個(gè)的行去merge。
哪一步出的錯(cuò)？哪個(gè)函數(shù)？
R語(yǔ)言ESTIMATE包報(bào)錯(cuò)在運(yùn)行ESTIMATE包的時(shí)候，需要先把表達(dá)矩陣輸出成txt，然后運(yùn)行filterCommonGenes函數(shù)，轉(zhuǎn)換成gct文件，在轉(zhuǎn)換這一步總是報(bào)錯(cuò)，錯(cuò)誤提示是： 排除了變量...
一、認(rèn)識(shí)轉(zhuǎn)錄組 RNA作為基因組和蛋白質(zhì)組之間的鏈接部分，是分子生物學(xué)中獨(dú)特的核心活動(dòng)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是分析某一組織中的全部RNA的表達(dá)量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
做病理組學(xué)研究，需要安裝和導(dǎo)入openslide包，但是這個(gè)包比較特殊，安裝起來(lái)比較麻煩。記錄如下。 安裝 最開(kāi)始通過(guò)conda安裝，換了幾個(gè)channel都沒(méi)有找到，最后只...
掃描端口 下載好Xshell后，再下載安裝一個(gè)nmap插件。下載地址： 安裝完成后，打開(kāi)shell，不用登錄服務(wù)器，直接在本地運(yùn)行命令 -p 參數(shù)在nmap里意思是掃描指定的...
連接服務(wù)器 通過(guò)xshell連接到服務(wù)器。 配置環(huán)境并安裝依賴 在xshell中新建一個(gè)環(huán)境 創(chuàng)建完環(huán)境后，需要執(zhí)行conda init命令來(lái)初始化shell，隨后注銷(xiāo)并重新...
@凡夫俗子張之維 你要不就在重采樣的image上勾畫(huà)，要不就勾畫(huà)完之后把mask和image再配準(zhǔn)一下
pyradiomics報(bào)錯(cuò)“Inputs do not occupy the same physical space”今天遇到pyradiomics的一個(gè)新報(bào)錯(cuò)，記錄一下還是在提取特征的時(shí)候，彈出了報(bào)錯(cuò)： 關(guān)鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
@凡夫俗子張之維 你這個(gè)好像是mask和image沒(méi)配準(zhǔn)？
pyradiomics報(bào)錯(cuò)“Inputs do not occupy the same physical space”今天遇到pyradiomics的一個(gè)新報(bào)錯(cuò)，記錄一下還是在提取特征的時(shí)候，彈出了報(bào)錯(cuò)： 關(guān)鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
@zzg_60df 我也是校園網(wǎng)，但是沒(méi)掛梯子，如果是這樣的話，會(huì)不會(huì)是包的原因？您這個(gè)curl包的版本號(hào)是多少？要不要考慮把這個(gè)包卸了重新裝一下？如果還是解決不了，并且您不嫌麻煩的話，不妨試一下把R、Rstudio和Rtools全都卸掉重新裝一遍，之前我KEGG報(bào)錯(cuò)一直解決不了，重新卸了所有依賴包，清空了所有緩存，從頭開(kāi)始裝，最后搞定了，我水平有限只能想到這個(gè)笨辦法了哈哈
R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
@zzg_60df 我今天試了一下，沒(méi)有遇到您這個(gè)報(bào)錯(cuò)，不過(guò)我的host是ensemble.org，具體代碼如下：
bmart <- useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
dataset = "hsapiens_gene_ensembl",
host = "www.ensembl.org")
您能用瀏覽器打開(kāi)ensemble.org么？是校園網(wǎng)么？
R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
是哪一步報(bào)錯(cuò)的呢？好奇怪啊這個(gè)報(bào)錯(cuò)
R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...