一個基因組學研究生
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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PRO-seq文獻閱讀Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...
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ChIP-seq和CUT&Tag技術ChIP-seq：利用染色質(zhì)免疫共沉淀 + 高通量測序研究某種蛋白質(zhì)結合的基因組區(qū)域 1. 甲醛交聯(lián)：將所有蛋白和其結合的DNA固定下來 2. 染色質(zhì)片段化：裂解細胞、DNA...
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隨機森林原理介紹與適用情況（綜述篇）一句話介紹 隨機森林是一種集成算法（Ensemble Learning），它屬于Bagging類型，通過組合多個弱分類器，最終結果通過投票或取均值，使得整體模型的結果具有較高...
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在Linux服務器下載諾禾致源釋放的數(shù)據(jù)
https://www.cnblogs.com/biohy/p/14046336.html[https://www.cnblogs.com/biohy/p/14046336....
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2022-04-20【文獻分享】李家洋院士：野生異源四倍體水稻的從頭馴化最近看到李家洋院士團隊2021年在《cell》發(fā)表的這篇文章A route to de novo domesticationof wild allotetraploid ri...
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MSTmap：遺傳圖譜分析軟件一、MSTmap軟件介紹 MSTmap有網(wǎng)頁版、Linux版兩個版本： 在線網(wǎng)頁版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...
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構建遺傳圖譜---作圖群體如何選擇？
基因定位最有效且最常用的方法就是先構建遺傳連鎖圖譜再進行基因定位，該方法對于數(shù)量性狀和質(zhì)量性狀的基因定位都適用。 構建連鎖圖譜的前提是建立作圖群體，建立作圖群體需要考慮幾個因...
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調(diào)節(jié)性R-loops：促進基因表達和基因組穩(wěn)定性（一）R-loops是一種含RNA-DNA雜合體的三鏈結構，經(jīng)常在轉(zhuǎn)錄中形成。R-loop的錯誤調(diào)控與DNA損傷、轉(zhuǎn)錄延伸缺陷、過度重組和基因組不穩(wěn)定性有關。與這種非計劃的...
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用gffread從基因組中提取基因、轉(zhuǎn)錄本、蛋白、啟動子、非編碼序列
https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e[https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e]1...
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ANNOVAR | 變異注釋【上】
一、簡介 會得到一系列變異數(shù)據(jù)，這些變異數(shù)據(jù)只是告訴我們在基因組的某個位置發(fā)生了一段序列的改變，至于這個改變會不會影響生物學功能，我們并不清楚。而注釋就是將基因組的序列變異數(shù)...
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“對于同一個物種，不管它的樣本是哪種組織（正常的或病變的），也不管有多少個不同的樣本，只要它們都擁有相同數(shù)量的基因，那么它們的r_mean都將是一致的”這一句可能有問題。只能說一個樣本中所有基因表達豐富的均值與測序狀態(tài)無關，由樣本中轉(zhuǎn)錄的基因總數(shù)決定，而非基因總數(shù)。因此，樣本來自哪種組織，取樣時間等都會影響此樣本中轉(zhuǎn)錄基因的總數(shù)。
RNA-seq中的那些統(tǒng)計學問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標準化方法
目錄 1. 標準化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計學問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標準化方法目錄 1. 標準化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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『R腳本練習』dplyr各種join
在剛接觸用代碼行處理數(shù)據(jù)的時候，受到課題組的影響，是從shell入門的，具體說逃不過sed grep awk,在這之前我只會用excel下的函數(shù)，excel下有個很好的垂直查...
