發(fā)簡信
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ROH、近交系數(shù)、親緣系數(shù)、IBD、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計算的基因組近交系數(shù)是個體真實的近交系數(shù)，它比傳統(tǒng)系譜...
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系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進化歷史必不可少的信息，我們可以利用它得到一些重要歷史線索，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進化與多樣化（Character evoluti...
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2022《Cell》 作物馴化與育種中的整合基因組學導讀 野生植物被成功地馴化為農(nóng)作物是人類文明的大事件。該過程的成功很大程度上要歸功于持續(xù)的人工選擇。本文總結(jié)了過去十年在作物馴化和育種研究中的新發(fā)現(xiàn)。作物基因組圖譜的構(gòu)建和眾...
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老師可以嘗試下這個agriGO v2.0的網(wǎng)址：http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/
我這里可以打開，期待對它的推文算法文獻閱讀9：ColinearScan (現(xiàn)代共線性算法的啟發(fā)版)
ColinearScan是世界級共線性/多倍化/生物信息分析大牛/奠基人/發(fā)展人王希胤老師在北大讀博開發(fā)的一款共線性算法軟件。其實，后來的MCScan、MCScanX和WGD...
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老師你好，你提到block.csv可以用來找對角線上的基因（pair）,請問可以簡單描述一下思路嗎？
【比較基因組】共線性分析（WGDI）
如果一個物種在進化過程中發(fā)生了多倍體化，那么，在基因組上就會存在一些共線性區(qū)域（即兩個區(qū)域之間的基因是旁系同源基因，其基因的排布順序基本一致）。多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍...
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寫一封信 | 給踏入大學的小朋友
展信安，萬萬沒想到，我還是選擇帶一個本科生班級（都柏林學院22園藝1班）。知道我的，或許都清楚，其實我并不喜歡別人喊我「老師」云云。與我而言，叫一聲「老師」和一聲「師兄」，是...
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指北 | 園藝學，到底是干啥的？
這幾天晚上，與新入學的小朋友聊了下，發(fā)現(xiàn)絕大多數(shù)，對「園藝學」專業(yè)幾乎完全不了解。我們就說實話吧，對于任何一個專業(yè)，除了極少數(shù)人外，幾乎沒有一定明確要學哪個專業(yè)，或者明確不學...
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2022-09-16多倍化以及二倍化今天讀了一篇綜述很有趣，把關(guān)鍵知識點記錄一下。 1. 多倍化分為同源多倍化和異源二倍化，區(qū)分兩者的關(guān)鍵且唯一之處是 multisomic inheritance。 Diff...
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淺談多倍體概念以及多倍體形成的幾種途徑多倍體，擁有三套及三套以上完整染色體組的生物體。 根據(jù)多倍體是否經(jīng)歷或已經(jīng)完成二倍體化，可以將多倍體分為古多倍體 (paleopolyploid) 和近多倍體 (neopol...
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2022《Horticulture Research》| 泛轉(zhuǎn)錄組+GWAS/eQTL解析茶樹次級代謝物調(diào)控網(wǎng)絡2022年7月，劉仁義團隊（福建農(nóng)林大學）和張興坦團隊（福建農(nóng)林大學/中國農(nóng)科院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所）在Horticulture Research期刊（IF=7.291）發(fā)表...
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為什么要做基因家族（前言）基因家族的概念 基因家族 : 來源于同一個祖先，由一個基因通過基因復制而產(chǎn)生的兩個或多個拷貝而構(gòu)成的一組基因，他們在結(jié)構(gòu)和功能上面具有明顯的相似性，編碼相似的蛋白質(zhì)產(chǎn)物。 包...
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分析 | GO 富集分析
從研一來到組里，一直聽到 GO 富集分析幾個字。直到現(xiàn)在，研二基本結(jié)束了，我都沒做過，也不會做。有一個大概的認識，就是，自己的基因集中某種功能基因的占比要高于這種功能的基因在...
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全基因組重測序流程【超細致??！】
自己在研究生的第一個項目就是處理重測序數(shù)據(jù)，在做的過程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個重測序的上游分析流程分享給大家，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了，相信跟著學習實踐一定能夠收獲...
