gzh原文點(diǎn)我，歡迎同時(shí)關(guān)注[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247489477&idx=1&s...
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一文讀懂R語(yǔ)言corrplot相關(guān)熱圖分析及美化?。。。ǜ綀D詳解，建議收藏）
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CRISPR/Cas9 設(shè)計(jì)sgRNACRISPR/Cas9 系統(tǒng)作為細(xì)菌和古細(xì)菌的獲得性免疫系統(tǒng)， 通過(guò) RNA 介導(dǎo)特異性的切割外源遺傳物質(zhì)， 用以對(duì)抗入侵的病毒和質(zhì)粒。利用 Cas9 來(lái)摧毀入侵 DNA 的...
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基因長(zhǎng)度并不是end-start需求 tpm、fpkm這樣的數(shù)據(jù)，計(jì)算公式里都有“基因有效長(zhǎng)度”，有些地方直接叫基因長(zhǎng)度。之前計(jì)算這些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把這部分逐漸加到課程里，我就必須要...
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OS/PFS/DFS/DSS各種生存指標(biāo)傻傻分不清
各種生存分析-傻傻分不清 作者：白介素2 OS 總體生存期： Overall Survival 定義： 結(jié)局指標(biāo)是死亡時(shí)間，這個(gè)死亡是任何原因?qū)е碌乃劳龆妓氵M(jìn)去，只關(guān)心是否死...
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一種ceRNA關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的新穎畫法，R語(yǔ)言繪制沖擊圖（?；鶊D）教程在ceRNA相關(guān)的研究中，例如circRNA-miRNA-mRNA，或者lncRNA-miRNA-mRNA的靶向關(guān)系圖譜，一般通過(guò)網(wǎng)絡(luò)圖呈現(xiàn)。首先可以肯定的是，網(wǎng)絡(luò)圖是一種清...
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如何實(shí)現(xiàn)GSEA-基因富集分析？基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一種針對(duì)全基因組表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)的分析方法，將基因與預(yù)定義的基因集進(jìn)行比較。即綜合現(xiàn)有的對(duì)基...
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ENCORI database 批量查找miRNA作用的靶基因starbase(ENCORI) database網(wǎng)址[http://starbase.sysu.edu.cn/index.php] 數(shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)單介紹可以看下知乎這個(gè)視頻 知...
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虎年大吉！TBtools 打工人返工了！
Emmm.... 去年12月份，黎老板說(shuō)除夕給大伙特供「TBtools」虎年大吉開(kāi)機(jī)動(dòng)畫~當(dāng)時(shí)的說(shuō)法是“構(gòu)思都有了，放假回家，抽空再畫”.....然后從除夕開(kāi)始鴿，一天兩天三...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對(duì)這個(gè)過(guò)程進(jìn)行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘-使用GEOquery包
健明大神說(shuō)過(guò)若是想學(xué)會(huì)使用R包，就去看那個(gè)包的說(shuō)明書，因此去學(xué)習(xí)了GEOquery包說(shuō)明書。翻譯不當(dāng)之處請(qǐng)去看原文。文章來(lái)源：http://www.bioconductor....
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SRA數(shù)據(jù)(2)------SRA數(shù)據(jù)處理
上次分享我們通過(guò)兩種方式下載得到了SRA數(shù)據(jù)，今天就開(kāi)始對(duì)SRA進(jìn)行處理（以SRR5489805為例）。SRA（Sequence ReadArchive）數(shù)據(jù)庫(kù)是用于存儲(chǔ)二代...
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NCBI批量下載SRA文件并用SRA Toolkit提取Fastq文件準(zhǔn)備工作：先下載安裝IDM（百度：internet download manager，收費(fèi)軟件，有綠色漢化版），IDM支持?jǐn)帱c(diǎn)續(xù)傳和多線程，并且可以自建下載隊(duì)列批量下載，非常...
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單/多個(gè)基因在組間同時(shí)展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點(diǎn)圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個(gè)實(shí)例操作 【ggplot2的基本思路見(jiàn)前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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Matplotlib：給子圖添加colorbar（顏色條或漸變色條）描述 當(dāng)我們給圖配漸變色時(shí)，常常需要在圖旁邊把colorbar顯示出來(lái)，這里記一下當(dāng)有多個(gè)子圖時(shí)如何顯示colorbar 操作 以下操作均在Jupyter notebook中...
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贈(zèng)你一只金色的眼 - 富集分析和表達(dá)數(shù)據(jù)可視化
GOplot包介紹 GOplot包用于生物數(shù)據(jù)的可視化。更確切地說(shuō)，該包將表達(dá)數(shù)據(jù)與功能分析的結(jié)果整合并進(jìn)行可視化。但是要注意該包不能用于執(zhí)行這些分析，只能把分析結(jié)果進(jìn)行可視...
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ggplot2圖例設(shè)置ggplot2對(duì)圖例的設(shè)置主要為guides()功能下的guide_colorbar()和guide_legend()兩個(gè)函數(shù)： guide_colorbar()函數(shù)內(nèi)部函數(shù)...
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ggplot2繪制帶有標(biāo)準(zhǔn)差圖ggplot2-為折線圖和條形圖添加誤差線 以ToothGrowth數(shù)據(jù)為例,進(jìn)行處理 tg <- ToothGrowth head(tg) library(ggplot2)...
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SVG矢量圖導(dǎo)入PPT文字缺失解決辦法. SVG(Scalable Vector Graphics）:意為可縮放的矢量圖形。 . 矢量圖：也稱為面向?qū)ο蟮膱D像或繪圖圖像，在數(shù)學(xué)上定義為一系列由線連接的點(diǎn)。說(shuō)人話就...
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如何下載TCGA數(shù)據(jù)/TCGA數(shù)據(jù)下載小教程1. 什么是TCGA？TCGA中有哪些數(shù)據(jù)？ TCGA的全稱是The Cancer Genome Atlas, 這個(gè)項(xiàng)目始于2005年，它旨在使用基因測(cè)序和生物信息學(xué)編目與癌...