你這個(gè)序列長(zhǎng)度都是大于500嗎？
基因家族分析（4）：基因家族蛋白質(zhì)模體鑒定與可視化本文主要工作使用meme鑒定了SBT家族的蛋白質(zhì)模體組成對(duì)meme鑒定結(jié)果進(jìn)行處理并用ggplot2進(jìn)行可視化 4.蛋白質(zhì)與基因結(jié)構(gòu)可視化分析 4.1 蛋白質(zhì)模體預(yù)測(cè) Pro...
IP屬地：廣東
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@逐鴻 如果是你的目標(biāo)基因就保留提取相應(yīng)的序列 是吧
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡(jiǎn)單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對(duì)基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個(gè)網(wǎng)站對(duì)基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡(jiǎn)單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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用Python提取FASTA中最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本在對(duì)拼裝或者數(shù)據(jù)庫(kù)下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時(shí)，我們通常會(huì)對(duì)序列進(jìn)行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個(gè)‘gene’的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，所以動(dòng)手用python寫(xiě)一個(gè)腳本。 一、基本...
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請(qǐng)問(wèn)這個(gè)原始數(shù)據(jù)是基因組還是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)呢
用Python提取FASTA中最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本
在對(duì)拼裝或者數(shù)據(jù)庫(kù)下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時(shí)，我們通常會(huì)對(duì)序列進(jìn)行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個(gè)‘gene’的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，所以動(dòng)手用python寫(xiě)一個(gè)腳本。 一、基本...
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基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡(jiǎn)單分析本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對(duì)基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個(gè)網(wǎng)站對(duì)基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡(jiǎn)單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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@逐鴻 cdd的結(jié)果有一個(gè)short_name 是你說(shuō)的這個(gè)說(shuō)明吧？
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡(jiǎn)單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對(duì)基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個(gè)網(wǎng)站對(duì)基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡(jiǎn)單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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@學(xué)術(shù)程稻屬 好呢 謝謝
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時(shí)候，我們經(jīng)常需要對(duì)所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類(lèi)分組，逐個(gè)類(lèi)群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件安裝方便，運(yùn)行快速，調(diào)用簡(jiǎn)單，...
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請(qǐng)問(wèn)篩選到的哪個(gè)文件是直系同源基因 是Orthogroup_Sequences？ 謝謝
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時(shí)候，我們經(jīng)常需要對(duì)所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類(lèi)分組，逐個(gè)類(lèi)群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件安裝方便，運(yùn)行快速，調(diào)用簡(jiǎn)單，...
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中科院遺傳發(fā)育所在讀博士，研究水稻。關(guān)注植物免疫和群體遺傳進(jìn)化，經(jīng)常摸魚(yú)學(xué)生信。同名CSDN分享代碼，歡迎圍觀~
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秋天該很好。
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GeneDoc | 多序列比對(duì)總結(jié)
1?? 比對(duì)軟件對(duì)fasta 序列進(jìn)行比對(duì)??比對(duì)方法可以有MEGA(ClustalW，Muscle), ClustalX以及MAFFT等軟件。還可以用GeneDoc軟件自身進(jìn)...
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Seqkit小工具處理序列、提取序列IDSeqkit是一款專門(mén)處理fsata/q序列文件的軟件，由go語(yǔ)言編寫(xiě)，功能比較完善，軟件使用也很穩(wěn)定。 優(yōu)點(diǎn)1.能夠非常全面的處理fasta/q文件，運(yùn)行速度超快的序列工具...
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請(qǐng)問(wèn)這里用了什么軟件看結(jié)構(gòu)域的 沒(méi)明白
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡(jiǎn)單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對(duì)基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個(gè)網(wǎng)站對(duì)基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡(jiǎn)單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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鑒定成功后，我們點(diǎn)擊Download下載結(jié)果文件，并將它上傳(復(fù)制)到服務(wù)器上。我們這里認(rèn)定SBT蛋白質(zhì)家族都含有Peptidases_S8這一保守結(jié)構(gòu)域，因此我們依據(jù)結(jié)果文件對(duì)每條序列中是否含有保守結(jié)構(gòu)域進(jìn)行篩選，發(fā)現(xiàn)第十條序列中并不存在相應(yīng)的保守序列，因此我們結(jié)合這一結(jié)果得到最后的蛋白質(zhì)序列。對(duì)其中的序列數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，發(fā)現(xiàn)共有54條序列，與文獻(xiàn)中鑒定數(shù)量保持一致。
作者：逐鴻
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本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對(duì)基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個(gè)網(wǎng)站對(duì)基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡(jiǎn)單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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更加清晰辣 棒棒
Motif / Domain / Gene family
Motif Motif 是超二級(jí)結(jié)構(gòu)α+β組成， Domain 與其他區(qū)域相對(duì)獨(dú)立，僅有一處相連，domain可以由幾個(gè)motif形成。一個(gè)基因轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)分子中可以包含多個(gè)...
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Motif / Domain / Gene familyMotif Motif 是超二級(jí)結(jié)構(gòu)α+β組成， Domain 與其他區(qū)域相對(duì)獨(dú)立，僅有一處相連，domain可以由幾個(gè)motif形成。一個(gè)基因轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)分子中可以包含多個(gè)...
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@鞏翔宇I(lǐng)brahimovic 哈哈 謝謝
2022年度總結(jié)及2023展望
2022年是比較魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以來(lái)最大皮肉之苦，整個(gè)人從電瓶車(chē)上摔了下來(lái)，身上七七八八的擦傷，打完補(bǔ)丁后仿佛是個(gè)木乃伊，好在沒(méi)有破相和傷到骨頭。認(rèn)識(shí)到了電...
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【科研相關(guān)】使用PPT進(jìn)行科研繪圖(一)寫(xiě)在前面????PPT堪稱是個(gè)神器，不僅能做presentation，還能做Figure，而且上手還容易，畢竟大多數(shù)人從初中甚至小學(xué)就開(kāi)始接觸了。我就利用封控期間，學(xué)習(xí)了一下...
