步驟1：數(shù)據(jù)質(zhì)控： fastp代碼如下，保存為fastp.sh 執(zhí)行fastp命令，批量處理fastq文件 步驟2：call SNP，使用GATK的流程genome文件構(gòu)建索...
發(fā)簡信
IP屬地：內(nèi)蒙古
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2024-06-20 QTL-seq從原始數(shù)據(jù)開始的流程
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2024-03-02從gff文件中獲取多區(qū)域基因ID
注意，region.xls和 final_sorted_with_promoter.change.gene文件均為bed格式。bed格式前3列為必須有的，分別為染色體，起始位...
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2023-10-20尋找文件并壓縮
將當(dāng)前目錄下大于200Mb，且沒有壓縮的文件均壓縮 這個命令使用find命令來查找當(dāng)前目錄下大于200MB且不以".gz"結(jié)尾的文件。然后使用-exec選項將找到的文件傳遞給...
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2023-02-20更改vcf.gz 格式文件名稱
如果你想替換特定的樣本名稱，你可以創(chuàng)建一個包含舊名稱和新名稱的文件，然后使用bcftools reheader命令進(jìn)行替換。這個文件的格式應(yīng)該是每行一個舊名稱和一個新名稱，中...
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二代群體遺傳與重測序（中）二.變異結(jié)果注釋與統(tǒng)計 書接上回http://www.itdecent.cn/p/ab6a35502786[http://www.itdecent.cn/p/ab6a35...
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Cytoscape繪制相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)讀 用R軟件corr.test函數(shù)進(jìn)行兩組數(shù)組的相關(guān)性分析，用Cytoscape繪制相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖。 一、輸入數(shù)據(jù) 代謝數(shù)據(jù)：metabo.txt 16S數(shù)據(jù)：genus.tx...
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annovar注釋除人類以外SNP
快速注釋已經(jīng)得到的vcf文件 所需文件 ref.fa gff3文件或者gtf vcf文件 簡單流程 1.建立一文件夾 2. gff3文件轉(zhuǎn)變格式 gff3ToGenePred...
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2023-02-21 安裝agricolae報錯 non-zero exit status
安裝 R 包agricolae報錯：installation of package ‘a(chǎn)gricolae’ had non-zero exit status 往上查看時 發(fā)現(xiàn)...
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2023-02-20 SnpSift 安裝及使用
SnpSift 可以分割染色體，截取部分vcf文件。具體使用方法見：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details...
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您好 PCA.R 程序哪里有呢？謝謝。是自己寫的嗎？
重測序分析（10）群體進(jìn)化分析之PCA分析
PCA PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。首先利用線性變換，將數(shù)...
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理解OPLS-DA分析的原理和結(jié)果圖OPLS-DA：正交篇最小二乘法判別分析 原理： OPLS-DA不同于PCA，它是一種有監(jiān)督的判別分析統(tǒng)計方法。運(yùn)用偏最小二乘回歸建立代謝物表達(dá)量與樣本類別之間的關(guān)系模型，來...
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GATK流程生成多態(tài)性的 SNP/InDel
目的：提取群體中多態(tài)性較好的SNP和InDel。將GVCF文件進(jìn)行合并，并提取SNP和InDel，然后使用vcftools獲得在群體中多態(tài)性較好的SNP和InDel。 第一步...
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2022-06-21EXCEL批量轉(zhuǎn)pdf
import osimport xlwings as xw def excel2pdf(file):app = xw.App(visible=True,add_book=Fa...
