使用susieR鑒定多個(gè)因果變異位點(diǎn)只需要兩個(gè)輸入文件，一個(gè)輸入文件是包含Zscore值的SNP位點(diǎn)（zscore.txt），另一個(gè)文件是LD matrix（LD.matri...
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Sum of Single Effects Linear Regression (susieR)：多個(gè)因果變異位點(diǎn)的鑒定
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GWAS：plink進(jìn)行meta分析
之前教程提到過(guò)Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以進(jìn)行Meta分析。命令如下所示： 輸入文件gwas1.plink文件如下所示： 輸出結(jié)果如下所示...
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基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）的計(jì)算
基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）是兩個(gè)不同的概念。一般而言，通過(guò)PLINK、GCTA等工具計(jì)算...
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GWAS：表型的標(biāo)準(zhǔn)化（the normalization of phenotype）
GWAS表型的標(biāo)準(zhǔn)化方法一般有Quantile normalization、Inverse rank normalization、Z-score normalization等...
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GWAS：mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS) 分析
mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用：通過(guò)對(duì)多個(gè)表型相似的GWAS summary結(jié)果進(jìn)行聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)更多的表型相關(guān)基因座。以抑郁癥狀...
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GWAS：mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS) 分析
mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用：通過(guò)對(duì)多個(gè)表型相似的GWAS summary結(jié)果進(jìn)行聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)更多的表型相關(guān)基因座。以抑郁癥狀...
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Post-GWAS: single-cell disease relevance score (scDRS) 分析1、scDRS的計(jì)算原理如下所示： 圖片來(lái)源：Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distingui...
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Post-GWAS：LDSC 的 Partitioned Heritability 分析
LDSC 除了可以計(jì)算基因多效性、遺傳度、遺傳相關(guān)性[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MDA2MDQzMQ==&mid=224748...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220522
本周最新文獻(xiàn)速遞20220522 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Single-nucleus chromatin accessibility profiling high...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220515
本周最新文獻(xiàn)速遞20220515 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highl...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220508
本周最新文獻(xiàn)速遞20220508 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Plasma proteome analyses in individuals of European a...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220423
本周最新文獻(xiàn)速遞20220423 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Nonlinear control of transcription through enhancer–p...
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圖片一直上傳失敗，需要看的親們請(qǐng)移步我的博客，同名：橙子牛奶糖
本周最新文獻(xiàn)速遞20220410
本周最新文獻(xiàn)速遞20220410 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Mapping genomic loci implicates genes and synaptic bi...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220410
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220327
本周最新文獻(xiàn)速遞20220327 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Genetic regulation of post-translational modification...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220313
本周最新文獻(xiàn)速遞20220313 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Prediction of histone post-translational modification...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220306本周最新文獻(xiàn)速遞20220306 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Genome-wide analysis provides genetic evidence that A...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220227本周最新文獻(xiàn)速遞20220227 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Genetic associations of protein-coding variants in hu...
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本周最新文獻(xiàn)速遞20220123本周最新文獻(xiàn)速遞20220123 一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一 文獻(xiàn)題目： Multi-ancestry eQTL meta-analysis of human brain iden...
