劉小澤寫于2020.2.6最近再一次做起了轉(zhuǎn)錄組，但這一次需求有點小改變，需要自己定制一下，具體原因看本文吧。其中要特別表揚花花??同學(xué)，幫了個大忙！ 問題由來 我們一般進行富...
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一個看似簡單的需求——修改富集分析的dotplot圖 -
單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-12-RPKM概念及計算方法劉小澤寫于19.7.9+12-第二單元第十講：RPKM概念及計算方法筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:...
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ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個基因在不同的數(shù)據(jù)庫有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串數(shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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技能帖 | 基因ID和基因名如何快速互換，三分鐘即可做到
在我們進行組學(xué)數(shù)據(jù)分析或者看別人給我們的數(shù)據(jù)報告的時候，經(jīng)常會看到諸如ENSG00000141738 之類的名稱，面對這樣的名稱，我們往往是得不到任何信息的，更不可能把這樣的...
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請問解決了嗎
13.GEO數(shù)據(jù)集的R語言差異分析和代碼解析--2.差異分析
一、舉例回顧 本節(jié)下載GSE1009數(shù)據(jù)集，使用limma包進行差異分析舉例。 GSE1009 樣本量：共6個樣本，其中后3個為糖尿病腎病(DN)腎小球樣本，前3個為正常腎小...
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Stringtie的使用說明
參考文獻：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads幫助文...
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trim_galore 報錯以及解決今天在跑smart-seq2數(shù)據(jù)的上游，突然發(fā)現(xiàn)有一個trim_galore處理過的文件命名不太一樣，其他文件命名都類似‘SRR19781608_2_val_2.fq.gz’...
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生信云服務(wù)器跑hisat2報錯以及解決
用conda安裝hisat2后一直出現(xiàn)如下報錯 我首先讀取了對應(yīng)報錯文件的內(nèi)容 發(fā)現(xiàn)該文件內(nèi)確實缺少了'GLIBCXX 3.4.26'和'GLIBCXX 3.4.29' 內(nèi)容...
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單細胞分析——如何確定合適的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期內(nèi)容同時發(fā)布于單細胞天地微信公眾號。 在進行單細胞分析時，非常重要的一步就是聚類分群，而在這個過程當中經(jīng)常令人困惑的是如何選擇一個合適的分辨率（re...
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單細胞 | Seurat文件生成最近想使用文獻中的數(shù)據(jù)集，發(fā)現(xiàn)每篇文獻提供的數(shù)據(jù)格式都不太一樣，創(chuàng)建seurat對象會遇到一些問題。以標準的輸入文件為例，命名為barcodes.tsv.gz、feature...
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科研小白學(xué)習(xí)筆記：從GitHub安裝R包報錯-1
最近從GitHub安裝R包時經(jīng)常會報錯： 在網(wǎng)上查找后發(fā)現(xiàn)好像是從GitHub安裝R包經(jīng)常會出現(xiàn)的問題，與代碼無關(guān)。并且很多時候過一段時間再安裝，報錯就會消失。但盡管如此，還...
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科研小白學(xué)習(xí)筆記：.bashrc文件損壞，linux?無法激活環(huán)境因為每次運行cellranger都要重新執(zhí)行： export PATH=/home/data/｛用戶名｝/sys_soft/cellranger/cellranger-7.1...
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FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報告的詳細解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測序平臺編號，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運行cellranger及結(jié)果解讀
單細胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細胞的小伙伴對Cell Ranger這個軟件都不陌生，我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
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科研小白學(xué)習(xí)筆記：conda虛擬環(huán)境下安裝上游分析需要的包
我使用的安裝代碼是 nohup conda install -y sra-tools subread hisat2 multiqc trim-galore & 第一次安裝失敗...
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科研小白學(xué)習(xí)筆記：通過linux服務(wù)器下載sra文件
通過linux服務(wù)器終端下載轉(zhuǎn)錄組測序文件的方式有很多，不同數(shù)據(jù)庫可能需要執(zhí)行不同的下載代碼，我在這簡單梳理一下。（因為剛接觸linux系統(tǒng)，肯定會存在紕漏，敬請指正?。?..
