前幾天學(xué)習(xí)了文獻(xiàn)CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1） -
m6A甲基化數(shù)據(jù)分析流程前面我們簡單介紹過m6A RNA甲基化修飾特征[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__...
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ggplot2一頁多圖排版的簡便方法更好的閱讀體驗(yàn)>> 要想在同一頁面上排列多個ggplot2圖形，基本的R函數(shù)par() 和 layout()是無效的。解決方案之一是使用 gridExtra包中的一些函數(shù)來排...
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R語言可視化（二十七）：序列l(wèi)ogo圖繪制27. 序列l(wèi)ogo圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用seqLogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用ggseqlogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用motifStack包...
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個性化ChIPseeker注釋peak結(jié)果，基因 or 功能區(qū)類型隨心選，好用的腳本等你來取??ChIP-seq、ATAC-seq等獲取到基因組范圍內(nèi)的peak后，需要對其進(jìn)行基因注釋以便進(jìn)行后續(xù)的分析。ChIPseeker做為peak注釋的R包，用來很不錯，但有時...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點(diǎn)亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白，也剛剛了解NG...
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methylKit甲基化分析
引言 methylKit是一個R軟件包，用于分析和注釋通過高通量亞硫酸氫鹽測序獲得的DNA甲基化信息。該軟件包旨在處理RRBS及其變體的測序數(shù)據(jù)。但是，如果提供正確的輸入格式...
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limma、DESeq2、edgeR差異分析及繪制韋恩圖不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標(biāo)。差異表達(dá)分析方法包括：基于Read數(shù)目：DESeq、limma和edgeR；基于組裝技術(shù)：Cuffdif和...
