上一步驟（第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR）用IDR對(duì)重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評(píng)估，同時(shí)得到了merge后的一致性的peaks——sample-idr，接下來(lái)就是對(duì)p...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker對(duì)peaks進(jìn)行注釋和可視化 -
學(xué)習(xí)下研究比較熱的基因劉小澤寫(xiě)于18.12.25各種各樣的基因研究，總有那么些經(jīng)典的基因，如果不理解基因代表的生物學(xué)意義，那么做分析也是阻礙重重，所以，通過(guò)看文獻(xiàn)查資料，希望可以補(bǔ)一下這方面的背景...
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簡(jiǎn)單理解RNA-Seq今天就當(dāng)一個(gè)小故事看吧，看了statQuest，感覺(jué)講的很棒，于是分享給大家原版視頻后臺(tái)回復(fù)“RNAseq”??花花今天效率太低寫(xiě)不完推送，于是我從晚上10點(diǎn)半開(kāi)始幫她，有點(diǎn)緊...
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用tophat和cufflinks分析RNAseq數(shù)據(jù)(2018-05-28)
轉(zhuǎn)自：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213 用tophat和cu...
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tophat軟件比對(duì)-實(shí)戰(zhàn)（2018-05-29）1 比對(duì)的是：使用idba_ud拼接的AER314-4raw_data基因組與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。 2 bowtie2做index（bowtie2使用conda安裝） 建索引：bow...
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單端測(cè)序與雙末端測(cè)序問(wèn)題
問(wèn)題 Paired-End測(cè)序與Mate-Pair測(cè)序相對(duì)于單端測(cè)序有何優(yōu)勢(shì)？ Paired-End中的Read1和Read2到底是啥關(guān)系？它們是如何參與拼接和比對(duì)的呢？ M...
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UV-M6A 數(shù)據(jù)分析流程
fastq測(cè)序文件去除rRNA、mapping input（雙端測(cè)序） for i in UV_12h UV_2h WT_2h WT_12h ; do bowtie2 -x ...
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【r<-生信|芯片分析】Bioconductor分析基因芯片數(shù)據(jù)我2017年用的域名失效了，我之前那個(gè)網(wǎng)站也沒(méi)用了，所以這篇文章之前提供的鏈接跳轉(zhuǎn)不過(guò)去。我現(xiàn)在直接在簡(jiǎn)書(shū)提供全文，然后新的鏈接是：https://www.shixiangw...
