博主，請問這個代碼中ica_space_df對象是怎么獲得的
【單細胞】ggplot2美化monocle2軌跡展示結果前面測試過monocle2/3，但是在畫圖的時候，尤其是用默認軟件畫圖的時候總是覺得不夠好看。比如下面這個paper中的數據（https://pubmed.ncbi.nlm....
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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CARD.visualize.pie函數畫出來后可以使用ggsave函數保存出來
空間轉錄組去卷積分析工具介紹——CARD
簡介 ??目前，單細胞技術發(fā)展迅速，單細胞轉錄組測序可以幫助我們獲得組織中每個細胞的基因表達水平，但卻無法獲得對應空間位置上的信息?？臻g轉錄組技術（spatial trans...
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空間轉錄組去卷積分析工具介紹——CARD簡介 ??目前，單細胞技術發(fā)展迅速，單細胞轉錄組測序可以幫助我們獲得組織中每個細胞的基因表達水平，但卻無法獲得對應空間位置上的信息?？臻g轉錄組技術（spatial trans...
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@asdzxc123 哈哈，爭取以后多更新
Seurat學習與使用（一）
簡介 ??Seurat是一個r包，被設計用于單細胞rna-seq數據的細胞質控和分析。Seurat旨在使用戶能夠識別和解釋單細胞轉錄組數據中的異質性來源，同時提供整合不同類型...
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Seurat學習與使用（二）前言 ??好久沒寫簡書了，這兩年多一直在做著單細胞的數據分析，有單細胞數據分析需求的朋友可以私信我。??目前單細胞轉錄組單個樣本的成本不斷降低，發(fā)表一篇高分文章的樣本要求也越...
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你好，請問下這種報錯是啥原因，可以解決嗎
```
celfiles.gcrma <- gcrma(celfiles)
Adjusting for optical effect......Done.
Computing affinities.Error in matrix(NA, nrow = max(cbind(pmIndex, mmIndex)), ncol = 1) :
invalid 'nrow' value (too large or NA)
```使用Bioconductor 分析芯片數據（一）
1、下載安裝R相關包 GEOquery 是 NCBI 存儲標準化的轉錄組數據的基因表達綜合數據庫 GEO 的接口程序。 2、下載芯片數據 教程中我們使用 Dr Andrew ...
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你好，請問這個問題你解決了嗎，我也遇到了
Bioconductor 分析芯片數據教程
這是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程，原文在這里，教程條理清晰，對我理解芯片數據分析流程幫助很大，就把它翻譯了過來。 ...
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博主你好，想問下第二種方法下載的Series Matrix Files文件表達矩陣都是小數是代表數據已經經過Normalize的標準化處理了嗎
GEO數據庫視頻學習筆記（芯片數據下載和數據讀?。?/a>
之前寫的的CHIP-seq和RNA-seq很多練習的數據都是從GEO數據庫下載的。但是從來沒有細致的了解過GEO這個數據庫。趁著還沒復工，再多學一點新知識~這次的筆記是生信技...
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你好，想請問下plot_genes_branched_pseudotime函數畫出來的圖中那個Branch（圖中Y_15和Y_39）是怎么判定哪個對應熱圖Cellfate1和Cellfate2的？
單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操
軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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你好，有個疑問想請教下，如果我只是想對你這圖中的分支點2進行分析，cell fate2的細胞我知道是State4的細胞，那怎么確定cell fate1是哪些細胞，是只是State3的細胞還是后續(xù)State3 2 1主干上的細胞，或者是State3 2 1 6 7所有細胞
monocle2 擬時間分支點分析結果解讀
How to map cell fate to branches? 擬時間分析結果有很多重要的結果，但是這些結果如何解讀？比如下圖的分支點分析結果： 從圖中可以看到，行代表基...
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你這個熱圖上說的Pre-branch細胞是State1 2 3有問題，按照github作者的回復應該只是包括State1 3
scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程
擬時（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關研究中使用頻...
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你好，想請問下跑這步時報錯是什么原因
···
sim <- fitGAM(sim)
Error in .local(counts, ...) :
For now tradeSeq only works downstream of slingshotin this format.
Consider using the method with a matrix as input instead.
···NBIS系列單細胞轉錄組數據分析實戰(zhàn)（八）：擬時序細胞軌跡推斷
第八節(jié)：擬時序細胞軌跡推斷 在本節(jié)教程中，我們將學習如何通過擬時序分析推斷細胞分化軌跡。slingshot包可以對單細胞RNA-seq數據進行細胞分化譜系構建和偽時間推斷，它...
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可以用這個命令先進行分組，然后再使用FindMarkers函數求組間差異
```
integrated$group<-ifelse(integrated@assays$RNA@counts['gene',]>0,'group1','group2')
```Seurat學習與使用（一）
簡介 ??Seurat是一個r包，被設計用于單細胞rna-seq數據的細胞質控和分析。Seurat旨在使用戶能夠識別和解釋單細胞轉錄組數據中的異質性來源，同時提供整合不同類型...
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@Wind_2a35 需要準備下配置文件 perl ./homer/configureHomer.pl -install mm10
利用HOMER預測目標序列的motif（從運行程序到結果解讀，以及注意事項）
關于查找motif，目前有很多種軟件可以進行預測。我所在的實驗室通常使用FIMO（MEME套件里的一個），但是有很多文獻里也提到了HOMER這個軟件，并且不乏一些影響因子很高...
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@那片天很藍 Merge_data這個seurat對象里面就有的，代表樣本信息，在meta.data槽下
Seurat學習與使用（一）
簡介 ??Seurat是一個r包，被設計用于單細胞rna-seq數據的細胞質控和分析。Seurat旨在使用戶能夠識別和解釋單細胞轉錄組數據中的異質性來源，同時提供整合不同類型...
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您好，我使用diffbind運行這句命令出現以下錯誤，由于軟件封裝的deseq2，想問下有沒有快速的解決的方法
Error in estimateSizeFactorsForMatrix(counts(object), locfunc = locfunc, : every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric means
```
tmp<-dba.contrast(tmp,categories=DBA_TREATMENT,minMembers=2)
```ChIP 差異peak 腳本（DESeq2&DiffBind）
ChIP-seq-analysisIn-depth-NGS-Data-Analysis-Course 以下使用DESeq2 & DiffBind R 包，來分析差異的peak...
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你看下你的seurat對象的Idents是不是分群的，如果不是需要換過來
Seurat學習與使用（一）
簡介 ??Seurat是一個r包，被設計用于單細胞rna-seq數據的細胞質控和分析。Seurat旨在使用戶能夠識別和解釋單細胞轉錄組數據中的異質性來源，同時提供整合不同類型...
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單細胞轉錄組測序解析流感病毒體內感染2018年Cell Systems文章：Dissection of Influenza InfectionInVivoby Single-Cell RNA Sequencin...
