@老板拿兩盒鳳梨酥 可能是你的基因集確實沒有富集，還有就是可能你的物種和數(shù)據(jù)庫里的差距太大，在尋找同源基因的時候沒有找到，導(dǎo)致后邊沒有富集。
非模式生物KEGG富集分析寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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先獲得每個ko對應(yīng)的K的數(shù)量，以文中的圖為例是ko00100對應(yīng)的K有663個，然后可以用R語言獲得一個重復(fù)ko00100 663次的table，類似這種操作。
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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@keep_8a60 KO號是不對應(yīng)物種的，選特定物種的時候在pathway那里應(yīng)該有organism的選項。
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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@小明在做游戲 首先獲得每個ko對應(yīng)的K的數(shù)量，以文中的圖為例是ko00100對應(yīng)的K有663個，然后可以用R語言獲得一個重復(fù)ko00100 663次的table，類似這種操作。
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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一個高雜合真菌基因組組裝腳本（改代碼版）
前言及背景 什么是基因組de?novo測序？其是對某一物種進(jìn)行高通量測序，利用高性能計算平臺和生物信息學(xué)方法，在不依賴于參考基因組的情況下進(jìn)行組裝，從而繪制該物種的全基因組序...
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我太不理解您所說的brite具體是指什么，其實pathway也是一個brite，較低層級的brite就是特定的酶，一般是沒法富集的，而更高層級的brite又太寬泛了，不適合于直接富集。這是我個人的一個理解，可以供您參考。
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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基因組組裝----SPAdes(一)
關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.itdecent.cn/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用，但是由于結(jié)果整體不...
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生物類論文查重那些事1歡迎大家關(guān)注 生信菌 公眾號，后續(xù)內(nèi)容會同步發(fā)布到微信公眾號。 前言 又到了一年一度的畢業(yè)季，今年學(xué)術(shù)圈學(xué)術(shù)不端的大瓜不少，明星翟博士事件也是煽風(fēng)點(diǎn)火，疫情使得本來就“不...
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WGCNA構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)一這次用的數(shù)據(jù)是幾百個小鼠性狀的數(shù)據(jù)。 一：安裝 打開Rstudio 二：運(yùn)行 1.構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò) 2.尋找最佳 β 首先確定sftpowerEstimate = 6。還有ne...
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目前做結(jié)構(gòu)變異，歡迎交流
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第一步相當(dāng)于得到背景基因，后續(xù)做富基分析時再用差異基因做。
非模式生物KEGG富集分析
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@老楊_5843 是的，這一步是先把你自己的物種的基因或蛋白和KEGG數(shù)據(jù)庫中的做比對
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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fastQC對RNA-seq質(zhì)控
FastQC - A high throughput sequence QC analysis tool fastqc安裝 1. 下載fastqc安裝包（http://www...
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FastQC處理二代測序原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量結(jié)果解讀當(dāng)二代測序的原始數(shù)據(jù)拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的質(zhì)量。常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformatics.babraham...
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linux 小技巧（隨時更新）linux tips最近更新2020.12.29 使用linux 時一些常用的小命令，每次都要去查太費(fèi)勁，所以把自己常用的命令總結(jié)出來 1. 查看cpu核心、內(nèi)存大小、硬盤使用情況 cpu 核心...
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自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下?。?！ emapper首先得到注釋...
個人介紹
就讀于中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院，做大型真菌遺傳育種的研究，自學(xué)了一些生物信息學(xué)的知識，記錄一些日常有意思的工作。